醫學科研論文的主體部分，一般包括前言、資料與方法、結果、討論等部分。在賽恩斯編譯看來，撰寫醫學科研論文是一項嚴肅、意義重大的工作，作者必須以科學的態度實事求是地去寫，一定要注意醫學科研論文的科學性、實用性、先進性及可讀性。以下結合工作體會，簡要探討醫學科研論文主體部分的寫作。
一、前言。前言部分主要講清楚所研究問題的來源及本文的目的性。課題來源可以從文獻中來，也可從臨床實際工作中提出，需要在前言部分簡明扼要地寫清楚，所要研究的是什麼問題，問題的提出是從何而來的？本文準備解決哪些問題。有時一項科研工作已持續多年，該論文是以前某一階段工作的總結，則要說明該項科研工作總的目的，以前發表的論文已解決了其中的某個問題，本篇論文是準備解決其中哪個問題。
總之，前言中要將論文的目的寫清楚，使讀者看了一目了然，知道本文所研究問題的來源、重要性以及研究目的是什麼。前言的內容無需在文中重複，初寫者常將前言部分內容和討論部分重複，這是不允許的。
二、資料與方法。這部分是論文的重要組成部分，其篇幅較大需要詳細撰寫的理由是：使讀者看了後能重複，以及便於審稿者覆核。「資料」主要交待作者用什麼具體實驗對象或什麼具體的資料來進行研究，「方法」指用什麼具體實驗方法或搜集資料的方法來收集資料。撰寫的內容一般包括以下幾點：
1.對象。要寫明研究對象入選的方法，診斷標準和納入或排除標準，入選研究對象的樣本數，研究對象的一般特徵，研究對象的分組方法等。
2.研究方法。要交待清楚基本設計方案，研究場所，幹預措施，盲法的具體實施情況，測量指標及判斷結果的標準，質量控制所採用的措施等。
3.統計學方法。包括資料收集方法的介紹，採用何種統計方法，如採用計算機分析，計算機的型號及何種計算機軟體都必須一一交待。在選擇統計學方法之前，首先應確定研究資料是計數資料還是計量資料。
三、結果。結果的內容包括真實可靠的觀察和研究結果，測定的數據，導出的公式，典型病例、取得的圖像、效果的差異(有效與無效)、科學研究的理論結論等。對不符合主觀設想的數據和結果，應作客觀的分析報導。有的醫學論文可將實驗方法與結果連寫。臨床醫學論文中也可將療效標準、治療結果和併發症寫在結果內。
結果部分應根據不同情況分段敘述，可以設小標題。結果表達時應注意以下幾點，一是數據表達要完整，報告結果的例數與入選研究對象的例數應吻合，剔除例數與剔除理由應交待，如有數據不全應作解釋；二是統計處理時，當相對數的分母太小時，應報導絕對數，而且應用的率和比應正確，選擇的各種統計分析方法要正確，複雜的統計分析要作解釋。總之，結果必須完整、清晰、準確無誤，不允許有絲毫的含混和差錯。
四、討論。討論的內容應當從實驗和觀察結果出發，實事求是，切不可主觀推測，超越數據所能達到的範圍。討論的質量很大程度上取決於作者文獻掌握的多少，作者的分析能力如何，切忌將討論部分寫成他人文獻的綜述。歸納起來，討論部分應表達下列內容：
1.應緊密結合本文研究所獲得的重要發現，以及從中引出的結論進行討論，而不是重複結果部分的內容。特別是要對新的發現、文獻尚未報導的內容進行深入討論，包括可能的機制、臨床應用範圍以及從研究結果對總體的推論。必須強調應緊密結合本文發現進行討論，且所作的推論必須恰當。
2.應討論本文發現和文獻報導同類研究的結論有何不同，哪些文獻支持本文發現，哪些文獻報導與本文結論不同，切忌冗長的文獻綜述式的闡述。
3.應對本文研究不足之處進行討論；可能存在的偏倚，以及偏倚的來源；對本文研究的內部真實性和外部真實性進行討論；要肯定本文的結論尚需進行哪些項目的研究等。
4.提出進一步的研究方向、展望、建議和設想。
討論部分的寫作，要注意以下幾點：一是不要過高地解釋結果；二是不要對結果解釋不全；三是不要對結果進行無關的解釋；四是不要對結果進行錯誤的解釋。