關於臨床醫學論文討論部分的撰寫，其目的一般是解釋研究的結果，判斷前面解釋，並得出結論。該研究想說明什麼？得出的數據和結果能說明什麼？結果和結論之間的邏輯關係是什麼？切忌脫離該研究的結果而只根據文獻對論文標題中幾個關鍵詞展開文獻綜述。
藍譯編譯認為，在開始撰寫之前，先要明確自己準備下幾個結論，每個結論分別從這個研究的哪些結果中推導出，如何推導。其次，需要複習文獻，複習與該研究相關的文獻，如類似的研究目的、研究指標、結果或結論。需要研究有關文獻全文，而不僅是摘要。需要分析研究其方法、結果及結論的異同，而不僅是分析結論。可以參考綜述類文章，但應以原始研究文章為主。
總之，一定要緊緊圍繞該研究的主要結果和主要結論，討論主要結論、比較主要結論、應用主要結論。下面幾點往往是這一部分的主要內容。
一、論述該研究的主要結論。要再次強調主要結果，進而強調主要結論。要清晰地論述結果為什麼支持結論，結論與結果之間的邏輯關係，強調結論與研究目的的關係。如果該研究存在第二、第三個結論，最好分段分別論述。不同類型研究的結論對於「病因」和「療效」的肯定程度有很大的區別。「描述性研究」研究結果中的「分布特徵」就只能提示「可能有關」的結論，「分析性研究」研究結果中的「危險因素」就只能提示「可能病因」的結論，「實驗性研究」研究結果中的「觀察組與對照組幹預效果差異」就可以下「是因果關係」的結論。
可以從該研究的方法學角度對該研究結果及結論的可靠性進行討論，但切忌對該研究的結果及結論的可能機理進行過多的討論，並試圖用以證明該研究結論的可靠性。
二、論述該研究結論與文獻中結論的區別。在將該研究與文獻中的結論和結果進行比較時，需注意對樣本、總體、研究方法、研究指標、指標測定方法等各方面均進行分析比較，從方法學的異同進而分析結果和結論的異同。
三、強調該研究的強項及創新點，討論該研究的不足及局限性。一般每一項研究都有其創新點，如果某項研究毫無創新點，那麼這項研究就失去存在的意義。該研究的強項和創新點應由研究者對該研究的方法、結果和結論與文獻中相關研究項目進行比較而得出。如該研究的結果和結論與文獻有所不同，或由於該研究的測定方法更先進、樣本量更大、觀察時間更長、質控方法更嚴密、研究方法更權威，因此該研究的結果更可靠，結論更可信。反之，研究的不足及局限性往往也是由於該研究的方法學所決定的。
四、提出建議。作者可以根據該研究的結論對目前臨床實踐中的程序、常規、流程提出修改建議。可以對進一步的相關臨床科學研究提出建議。