牛頓是英國偉大的數學家、物理學家、天文學家和自然哲學家。1727年3月20日，牛頓逝世。牛頓被埋葬在威斯敏斯特大教堂，但他的傳奇卻並沒有因此停止。
牛頓死後，曾留下了一個大箱子。這個神秘的箱子被稱之為——牛頓的「黑匣子」。這個箱子放在了劍橋大學，牛頓離開劍橋時並沒有將它帶走。箱子裡留存了牛頓後半生所關心的東西，因此這個箱子被發現後立刻引起了世界轟動。
牛頓會在這個箱子裡為人們留下什麼稀世珍寶或者驚世駭俗的偉大發明呢？人們都很期待。
牛頓死後，他的好友畢肖普·霍斯利奉命檢查了他的這個箱子。但當他打開箱子看了一眼後，立刻慌張地將箱子蓋上。對於箱子裡究竟裝了什麼東西，畢肖普·霍斯利奉閉口不言。100年後，戴維·布魯斯特再次開啟了箱子，但是他也沒有透露箱子裡究竟裝了什麼東西。
難道箱子裡藏著魔鬼不成？為何一百多年過去了，人們還是無法得知牛頓的箱子裡裝了什麼，為何見到箱子裡面內容的人都如此諱莫如深？
終於，在世人的強烈要求之下。這個箱子終於被公之於眾。但是當人們看到這個箱子裡的內容時，都沉默了。大家都被驚訝得張口結舌，無法相信自己看到的一切。
原來，牛頓箱子裡裝滿了全是神學的內容，這一箱子的書籍和研究成果都是他否定哲學研究神學的著作。在他碰到自己無法解釋的事情時，他稱這個是「神的第一推動力」，他還說「上帝創造萬物，我們是他的僕人而尊敬他，敬畏他」。
此時的牛頓已經成為了神學家而不是科學家了，牛頓晚年沉迷於鍊金術，牛頓為此還留下了10萬字的實驗數據和手稿。牛頓的「黑匣子」的秘密被發現後，人們終於看到了另一個不同尋常的牛頓。
牛頓作為世界理性第一人的地位也受到了人們的質疑，這我們就不難理解為何最先看到箱子內容的人的反應了。牛頓是被公認的權威，黑匣子裡隱藏著的卻是一個不折不扣的神學家所做的一切。
牛頓的後半生未能有所成就，其原因也就在此處。