WES:下一個泛癌種免疫治療伴隨診斷標誌物TMB檢測的金標準

2020-12-09 領星GenomiCare

2020年4月7日,默克公司宣布美國食品藥品監督管理局(FDA)已接受了抗PD-1治療藥物Keytruda的補充生物製品許可申請(sBLA),並授予了優先審評的資格。這意味著Keytruda單藥用於治療無法切除或轉移性實體瘤(高組織腫瘤突變負荷(TMB-H)≥10個突變/兆鹼基且既往治療後疾病進展)的成年和兒童患者的適應症可能會被加速批准。

TMB作為免疫治療伴隨診斷標誌物的種子選手已有時日。早在2013年,Immunity雜誌上發表的一篇綜述就指出,腫瘤所攜帶的突變越多產生的新抗原可能就越多,從而更易被免疫細胞識別,引起強烈的抗腫瘤免疫反應。隨後,多項在黑色素瘤、非小細胞肺癌等癌種的研究中也觀察到了高腫瘤突變負荷患者的免疫治療療效更好的現象。不過,也有幾項臨床試驗(CheckMate-227、NEPTUNE)的結果不甚理想,在這些臨床試驗中TMB沒能準確預測抗腫瘤免疫治療的療效。

在2019年ESMO上公布的一項臨床試驗(KEYNOTE-158)的結果讓TMB的處境又有了轉機,並使Keytruda以TMB作為泛癌腫免疫治療伴隨診斷標誌物的適應症獲得了FDA優先審評的資格。

以下是KEYNOTE-158試驗的結果

KEYNOTE -158(NCT02628067)是一項多中心、多隊列、非隨機、開放標籤的試驗。該研究共納入了1032例患者,可評估TMB的患者共751例,其中99例(13.2%)為TMB-H(≥10個突變/兆鹼基)。

研究結果顯示,非TMB-H組的客觀緩解率(ORR)僅為6.7%,而TMB-H組的ORR為30.3%,排除其中14個MSI-H(微衛星不穩定性高)的患者帶來的幹擾,其ORR也高達27.1%。

目前,利用數百個基因的基因檢測產品通過生物分析算法所估算出的TMB值雖然能夠高度接近通過全外顯子組測序(WES)檢測出的真實TMB值,但檢測TMB的金標準依然是WES。領星的臨床全外顯子組測序(CWES)是在普通WES的基礎上增加臨床級別的生物信息分析和解讀的WES產品,其檢測的TMB結果也能反映患者腫瘤組織真實的TMB值。

當然,除了能夠檢測TMB這一個免疫治療標誌物,進行CWES檢測能夠獲得的腫瘤基因組信息極為龐大,可以在腫瘤治療的全過程中為患者各階段的需求提供解決方案、指導精準治療。例如在上述臨床試驗中,TMB-H組中的患者對keytruda單藥的響應率近30%,對於剩下70%的患者來說,仍需尋找其他更為有效的治療方案。CWES則能夠為這類患者後續的治療方案制定提供指導。

領星CWES專為中國腫瘤患者打造的全面基因檢測產品

自創辦之初,領星就始終堅持臨床全外顯子組測序在中國腫瘤精準診療中的應用,在全外顯子組測序的基礎上結合患者的病史、病理等臨床信息,提供可選擇的治療方案,並對患者進行終身隨訪和持續的新藥信息更新。

目前,領星已建立了超過10000例中國實體腫瘤患者包括臨床全外顯子組在內的資料庫(「基因+臨床」),覆蓋細分癌種超過50種,並構建了中國不同腫瘤患者的基因變異譜,以便更準確地判斷不同的腫瘤類型及預測預後,為中國的患者匹配更精準的臨床治療方案。

領星CWES通過精細檢測人所有基因(約2.7萬)的全部外顯子區域,能夠重點針對以下6個臨床診治方向,給出相關基因的變異情況和臨床治療路徑推薦信息:

1、靶向藥物的靶點基因

· 100%覆蓋NMPA(中國藥監局)和FDA(美國藥監局)批准的全部已上市靶向藥物,以及國內、外實時開展的靶向藥物臨床試驗

2、免疫治療的重要標誌物

· TMB、MSI/MMR的真實值以及其他耐藥或超進展相關基因

· 100%覆蓋NMPA(中國藥監局)和FDA(美國藥監局)批准的全部已上市免疫藥物,以及國內、外實時開展的免疫藥物臨床試驗

3、遺傳性腫瘤相關的易感基因(135個)

· 幫助醫生對實體瘤患者的遺傳風險進行評估

4、化療療效或毒副作用相關的基因(49個)

· 為化療毒副作用的評估提供參考信息

5、腫瘤分型、診斷和預後相關的其他基因

· 中國肝癌患者所特有的高頻突變位點和變異類型

· 神經腫瘤「整合診斷」的要求的分子分型標誌物

6、匹配泛癌種的融合靶點藥物

· 按癌種提供重要的融合基因檢測結果,或結合RNAseq覆蓋所有基因融合信息

此外,對於目前尚無標準治療手段或多線治療後現有標準療法已無法起效的難治性病例,CWES也有機會為這類患者提供更多的可能性。例如已上市藥物的超適應症應用、尚處於臨床試驗中的藥物的匹配、多藥物聯用或多治療手段聯用等方法,CWES能為這類超常規的治療策略的制定提供一定的依據。

領星CWES+個體化ctDNA定製 「更早」掌握腫瘤復發/耐藥動向

在腫瘤的治療過程中,多數患者會面臨腫瘤耐藥/復發的困境,那是否有方法能夠幫助醫生監測腫瘤活躍度和耐藥基因突變的出現,更精細地掌握腫瘤動態、監控治療進度並調整治療方案呢?

領星CWES+個體化ctDNA定製,幫助「更早」掌握腫瘤復發/耐藥的動向。

領星個體化ctDNA定製(On WatchTM ctDNA finger print)是基於每個患者的CWES檢測結果,從中篩選出一組腫瘤相關性高且突變頻率高的基因突變位點,結合常見的耐藥基因突變位點,構成該患者個體化的ctDNA監測Panel。

相比於市面上其它非定製化的ctDNA panel,領星On WatchTM ctDNA finger print具有以下幾點優勢:

01特異性高

正如上文所提到的,領星的康安源血液監測是針對每個患者個體化定製的panel,設計納入的突變都是患者腫瘤特有而正常組織沒有的突變標記,從設計上避免了非特異性信號,也就從根本上克服了腫瘤標記物特異性差的問題。

02與腫瘤變化的相關性高

康安源所監測的不僅僅是經過篩選的單個突變位點,還包括通過領星專利算法根據這些突變位點的所佔權重計算患者自身特異的腫瘤負荷指數,從而避免單個突變位點的變化趨勢不一致導致的檢測結果難以解讀的問題。這種設計相比於固定panel也更能夠適用於各類癌種,獲得最大可能性的穩定結果,與患者腫瘤變化的相關性也更高。

03靈敏度更高、更經濟

領星定製化的ctDNA監測使用多重PCR富集目標突變位點,平均測序深度達到了20000X,是非定製化ctDNA測序的10倍,靈敏度為0.1%,且無需進行白細胞測序,在保證檢測結果真實可靠的基礎上極大降低了測序成本,較低的檢測費用也為患者進行長程的血液ctDNA監測提供了條件。

領星對患者的長期隨訪結果顯示,康安源ctDNA的監測相比於影像學能更早地發現腫瘤進展並監測到腫瘤的耐藥機理,為後續臨床治療路徑的推薦提前做準備。

領星自成立以來所有的努力都圍繞著一個核心——幫助中國臨床醫生更好地治療中國腫瘤患者。為了給患者提供最高質量標準的臨床服務,領星醫學已先後獲得了CLIA和CAP的實驗室資格認證,並連續多次高質量通過各項室間質評,檢測水準受國際認可,通過多方面的努力,把精準醫療真正落實到臨床,讓更多的腫瘤患者獲益。

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