明惠帝朱允炆登上皇帝寶座，並不是一帆風順的。因為明太祖的太子病逝，而太祖有特別喜歡他的四兒子朱棣，有意向將皇位傳給他，但是因為當時太子的兒子惠帝朱允炆也已經長大了，出於禮法，只能立惠帝為新太子，但是這個惠帝也是挺不爭氣的，毫無理想抱負，讓太宗多次萌生出想要廢掉惠帝立朱棣為太子，這一回還是禮法救了惠帝朱允炆，最終成功繼承了皇位。
自皇太子病逝後，朝廷在新立太子的問題上有很大爭論朱元璋的第四子朱棣聰明睿智，深得明太祖的喜愛。他說皇子像自己，想讓其繼承皇位。但此時皇孫朱允蚊已經長大，如果舍長孫立庶子，又恐大臣們不同意。於是，朱元璋召集群臣會議說太子早亡，我有意立燕王繼承皇位，不知大家意見如何？學士劉三吾首先反對，他說皇孫已經長大而且是嫡子孫承嫡統，是古今通禮；你若立燕王，那麼他的哥哥秦王、晉王將置於何地呢？弟不可先足，依臣愚見不如立皇孫。經過反覆考慮，太祖最後只好決定立允炆為皇太孫。因為禮法，太祖的想法被否定了。
朱允炆儒弱寡斷太祖憂慮他不能擔負國家重任。有一太祖有意考考太孫的智力，讓其作詩對句。太祖說風吹馬尾條線」，允炆對道「雨打羊毛一片羶」，允炆這種毫無生氣，沒有抱負的對答，把太祖氣得臉色都變了恰在這時，燕王朱在一帝侍立，見此情形，隨即對道日照龍鱗萬點金。從此，朱元章愈加喜愛朱棣，並有廢孫立子之意。但是，由於不合禮法，又為大臣所阻止，朱元璋也只好做罷；他又一想，允炆雖然胸無大志，由於性格軟弱，倒還能循規蹈矩，只要能把自己創立的這一套治國政堅持下去，也問題不大。建文帝朱允炆就這樣繼承了皇位。惠帝這也算是撿來的皇帝，如果沒有禮法限制估計早就被廢了。
朱允炆即位後，他的一些叔父，特別是幾位年紀較大的藩王屢建奇功，手裡握有重兵，自然沒有把這個年輕的皇帝看在眼裡；尤其是燕王朱棣兵力雄厚，對中央政權是個嚴重的威脅。因此，建文帝就想削其實力。於是，他便和兵部尚書齊泰、太常寺卿黃子澄密謀策劃。兩位大臣認為，燕王蓄謀已久，實力最強，倉猝難圖，不如先削周、齊等王，剪除燕王的手足，然後再向燕王開刀，建文帝表示同意。
從公元1398年6月開始，惠帝用了不到一年的時間裡，先後剝奪了周、湘、齊、代、岷5個藩王的實權，將其廢為庶人當削藩輪到燕王朱棣的頭上時，一場大規模的皇室內部頭便開始了。明太祖生前雖然把杖上的棘刺都去掉了，可他萬萬不會想到，自己剛剛去世，就禍起蕭牆，兒子和孫子動起了刀槍。雖然惠帝軟弱胸無大志，但是上位者都有個共通的特點就是維持自己的高位，這是本能反應。
前面已經說過，建文帝在剝奪了周、湘、齊、代、岷5個藩王的實權之後，便準備向燕王開刀。當建文帝下令北平府守臣張信逮捕燕王朱棣時，這守臣竟暗中向燕王投誠。這是因為，張信過去曾受到燕王的信任，兩人關係不錯；而且張信看到，萬一動起手來，朝廷根本不是燕王的對手，權衡利弊，便決定投靠燕王此時，燕王為了給建文造成錯覺，正在裝瘋賣傻，胡言亂言，到處逛蕩。
開始，他這一招，還確實瞞住了建文帝的耳目，但後來，燕王府的長史葛誠，卻向建文帝派出監視燕王的兩位大臣告了密，使建文帝了解到真象後，才派張信去逮捕燕王，當張信向燕王歸降時，燕王怕是詐降，自然裝瘋。張信跪著說道燕王，你不要再向我裝瘋了，我是誠心誠意，冒著滅門之罪才來幫助你的。這時，燕王才一掃病態，周密策劃，決定以齊泰和黃子澄要背叛朝廷，他做為親王，有責任為朝廷「靖難」為藉口，起兵南下，所謂「靖難」，就是平定叛亂史稱這次事變為「靖難之變」，或叫「靖難之役」，即為平定叛亂而進行戰爭的意思。
公元1399年七月五日，燕王起兵南下，第二天就攻下了通州接著又攻下北面的懷來等地。建文帝聞變後，立即派耿炳文率軍30萬前往討伐。在古歷八月十五日中秋節這天夜間，燕王乘耿炳文不備，襲破雄縣，南軍先鋒部隊全軍覆滅接著，又在滹沱河北岸大敗耿炳文的主力部隊。耿炳文敗後，建文帝又派大將軍李景隆帶領50萬軍隊揮師北上，圍攻北平，又被燕王擊敗。公元1400年5月，朱棣率軍向山東進發，被朱允炆軍隊盛庸、鐵鉉部阻攔在濟南一帶。這年12月，盛庸聯合山東布政使鐵鉉等各部兵馬，在東昌與燕王軍大戰。朱允炆軍使用火器勁弩殺傷許多燕軍，驍勇善戰的大將張玉也被射死。燕王敗回北平。
經此一戰，使朱棣大受挫折，十分喪氣。後經和尚道衍勸說，朱棣便繼續整頓兵馬，準備再戰公元1401年2月26日，燕王再次興師南下。3月22日，燕王在夾河與大將軍盛庸的軍隊對陣大戰。頭天交戰，雙方各有傷亡。這天晚上，朱棣帶10幾名騎兵在盛庸軍營附近露營。到了天明發現四周已圍滿了盛庸軍，部下都極力勸朱棣趕快突圍，朱棣卻談笑自若，待到日高一丈多，才召集騎兵，從容而去盛庸軍驚愕相視，連一箭也不敢發，任他走去。這是為什麼呢？因為朱允炆有言在先:不準殺死燕王，使自己負有殺叔父之名。致使朱棣得以跑掉。這樣看來惠帝還是有些心慈手軟了。
第二天再戰，盛庸大敗，退守德州。此後，朱棣又數次戰敗朱允炆軍隊，把勢力推進到淮河流域。公元1402年4月，燕王攻下靈壁，接著乘勝攻盱取揚州，陳兵江北。朝廷連連敗績，建文帝朱允炆派朱棣的姐姐慶成郡主前往割議和，但燕王根本不予理採。六月，燕王渡過長江，直逼南京城當時燕王的弟弟谷王朱惠與李景隆負責守金川門，燕兵一到，開門迎降南京破後，宮中起火，朱棣到處尋找建文帝而不得，待宮人，說建文帝已投火自焚。
燕王根據宮人提供的線索，從灰扒出一屍全身焦爛，四肢殘缺，已難辨認。朱棣見了屍體還流幾滴眼淚，並說道:「痴兒痴兒，為何弄到這個地步！」那屍體究竟是不是建文帝呢？這在明史上還是一個大懸案。一說是皇帝的體，一說是皇后的屍體。還有一說:是太祖朱元璋臨死前，看到皇孫軟弱，便留下一密詔，讓惠帝萬不得已時再看。當朱棣進城後，建文帝忽地記起，打開詔書一看，才知宮中有一秘密地道，他便按詔書上寫的，乘機化裝從密道中逃走，當了和尚，雲遊四方去了。
與燕王朱棣相比，明惠帝朱允炆，還是太過軟弱了點，這可能是當時明太祖朱元璋不想立朱允炆為帝的原因吧，惠帝自知不是燕王朱棣的對手，而且太過看中世俗之禮，給了朱棣可乘之機，如果真的不顧世俗眼光，鹿死誰手還未可知呢。