「一代完人」四字，是乾隆皇帝弘曆對劉宗周的評語，很值得細細玩味。
乾隆時代動用舉國之力編纂《四庫全書》，緣於政治原因，禁毀了大批珍貴書籍。從如今整理出版的「四庫禁毀書」可知，當時遭到禁毀的書籍數量驚人。劉宗周著作並未禁毀，《四庫全書》收錄了《論語學案》《人譜》《劉子遺書》與《劉蕺山集》。弘曆親自為《劉蕺山集》撰寫序言，對明清鼎革之際投降變節又謬託前明遺民的人，投去鄙視的目光，而對寧死不屈的抗清志士推崇備至。
《劉蕺山集》卷首，弘曆寫的「御題」，振振有詞地為禁毀書籍辯解：
夫為明臣而指斥我朝，所謂吠非其主，本無可罪。其或人品無系重輕，言事又剽竊無據，及已入本朝苟活求生，有謬託為明遺民，如屈大均之流者，毀之誠不足惜。有了這樣的鋪墊，他話鋒一轉，大力讚揚黃道周與劉宗周為「一代完人」：
若黃道周之博物典匯，劉宗周之疏稿，則不可毀。蓋二人當明政不綱，權移閹宦，獨能守正不阿，多所彈劾，至今想見其風節凜然，而且心殷救敗，凡有指陳，悉中時弊。假令當日能用其言，覆亡未必如彼之速。卒之致命遂志，以身殉國，允為一代完人。乾隆的御用文人紀昀為《劉蕺山集》撰寫提要，闡發「一代完人」的旨意，洋洋灑灑議論道：「東林一派始以務為名高，繼乃釀成朋黨，小人君子雜糅難分，門戶之禍延及朝廷，馴至於宗社淪亡勢猶未已。宗周雖亦周旋其間，而持躬剛正，憂國如家，不染植黨爭權之習，立朝之日雖少，所陳奏如除詔獄、汰新餉，招無罪之流亡，議附循以收天下，泮渙之人心，還內廷掃除之職，正懦帥失律之誅，諸疏皆切中當時利弊。一扼於魏忠賢，再扼於溫體仁，終扼於馬士英，而薑桂之性介然不改，卒以首陽一餓，日月爭光，在有明末葉可稱皦皦完人，非依草附木之流所可同日語矣。」
劉宗周像
紀曉嵐用「一扼於魏忠賢，再扼於溫體仁，終扼於馬士英」，概括劉宗周的政治生涯，最後落實於「皦皦完人」。其實，扼於奸臣是表象，最終還是扼於皇帝。紀先生只說對了一半。
一、「奈何以天下委閹豎」劉宗周，字啟東，號念臺，紹興府山陰縣人。家境貧寒，父親劉坡英年早逝，母親章氏帶著遺腹子投靠外家，以紡紗織布守護弱息。萬曆二十九年，他得中進士，孰料母親突然病故，丁憂回籍守制。萬曆三十二年服除，赴京出任行人司行人。次年，因祖父劉焞年邁病危，請假回籍送終、守制。七年後，再度出任行人司行人。
當時朝廷黨爭蜂起，昆黨、宣黨、浙黨之類出於小團體利益，固執於門戶偏見，不擇手段攻擊東林書院諸君子，一時間鬧得烏煙瘴氣。萬曆四十年，東林書院的創始人顧憲成在一片誹謗聲中病逝，宵小之徒對東林書院的圍攻仍不停息。劉宗周忍無可忍，憤然發聲，向朝廷進呈題為「修正學以激人心以培國家元氣」的奏疏。
他早年通過好友劉永澄、丁元薦的介紹，進入東林書院，與高攀龍等人講習切磋，對東林諸君子的道德學問十分敬仰，旗幟鮮明地表明自己不隨波逐流的立場——
一則說，東林書院是一個講求學問的場所：「夫東林雲者，先臣顧憲成倡道於其鄉，以激四方之學者也，從之遊者多不乏氣節耿介之士，而真切學問如高攀龍、劉永澄其最賢者。」
再則說，東林書院倡導澄澈清明的風氣：「憲成之學不苟自恕，扶危顯微屏元黜頓，得朱子之正傳。亦喜別白君子小人，身任名教之重，挽天下於披靡一時，士大夫從之，不啻東漢龍門。」
三則說，圍攻東林的黨同伐異之風不可長：「東林之風概益微，而言者益得以乘之，天下無論識與不識，無不攻東林，且合朝野而攻之，以為門戶雲」，「遂使廷臣日趨爭競，黨同伐異之風行，而人心日下，士習日險」。
這樣的讜言宏論觸到了當權派的要害，非議之聲譁然。劉宗周在朝廷無法容身，罷官而去，這一去就是十多年。張岱《石匱書後集》寫道：「先後匿跡林下者十有餘年，授徒僧舍，足跡不至公庭。有造廬者拒不見，當道到門，必強再三，然後出見。」因此名重海內，可謂有失有得。
《石匱書後集》
萬曆皇帝朱翊鈞去世，泰昌皇帝朱常洛即位，朝廷出現了「眾正盈朝」的局面。劉宗周應召出山，出任禮部儀制司主事，依然鋒芒畢露，直言無忌。天啟元年，他敏銳地察覺到內廷的問題——太監頭子魏忠賢聯手皇帝乳母奉聖夫人客氏，沆瀣一氣，專擅朝政，於是上了一本言辭尖銳的奏疏。
首先批評皇帝朱由校沉迷於聲色犬馬：「還宮以後頗事宴遊，或優人雜劇不離左右，或射擊走馬，馳騁後苑，毋乃敗度敗禮之漸歟？優人雜劇之類不過以聲色進御，為導欲之媒，此其危害何啻毒藥猛獸！」
接著指出，這背後是魏忠賢和客氏在搞鬼，故意誘導皇帝痴迷聲色，不理朝政，以便他們上下其手。所以他說，臣於是有感於宦官專權之禍，首先是蠱惑皇帝無所不用其極：每天弄些狗馬鷹犬，搖蕩陛下之心；每天送進聲色貨利，蠱惑陛下之志。凡是可以博得皇上歡心的手段，無所不用其極，使皇上是非不分，視正直大臣如仇讎，而後得以指鹿為馬，盜陛下之威福，或者假傳聖旨，或者興鉤黨之獄，生殺予奪為所欲為，國家命運一蹶不振。
他語重心長告誡皇帝：如今東西方用兵，奈何以天下委閹豎！
在閹黨專政初露苗頭之際，就察覺到問題的嚴重性，顯示了劉宗周犀利的眼光和敏銳的嗅覺，一舉擊中要害。其時魏忠賢羽翼未豐腳跟未穩，頗為忌憚這位名重海內的儒臣，對其加官晉爵，百般籠絡，接連晉升他為光祿寺丞、尚寶少卿、太僕少卿。劉宗周不願同流合汙，請病假辭官回鄉。
天啟四年，朝廷起用他為通政司左通政。劉宗周鑑於正人君子已被魏忠賢斥逐殆盡，拒絕出山，在辭職奏疏中為諸君子伸張正義，抨擊腐敗的政治風氣：世道已經衰敗至極，士大夫不知禮義廉恥為何物，往往知進而不知退，舉天下貿貿然奔走於聲名利益之場，因此廟堂無真才，山林無姱節，陸沉之禍何所底止？
魏忠賢大怒，矯旨嚴懲，把他革職為民。
在閹黨心目中，劉宗周是所謂的「東林黨人」，為了防止他東山再起，必須永遠禁錮，列入黑名單。
二、「八年之間誰秉國成而至於是」朱由檢即位後，不動聲色逐元兇處奸黨，清查閹黨逆案，先前遭到誣陷的正人君子得以平反昭雪。
崇禎元年，劉宗周應召出山，擔任順天府尹——京畿的地方長官。這片天子腳下之地，王公貴族、官僚豪紳盤根錯節，一向號稱難治，劉宗周向朝廷請求授予更大的事權、更久的任期，以便從長計議，用鐵腕手段撥亂反正。成效是明顯的：「延三老、嗇夫，諮地方疾苦，發奸吏乾沒，置之法。又捕勳貴家人豪橫不法，及舞文犯禁者，按治如律。頒布文公四禮，俾鄉鄙服習。遇中貴梨園什具，責而焚之，輦轂一清。」
中國傳統士大夫以治國平天下為抱負，喜歡議論朝廷大政，劉宗周也不例外，眼光不會局限於順天一府之地，不斷向皇帝進諫，坦陳政見。
崇禎二年六月，酷旱不雨，皇帝朱由檢焦慮不安，向群臣表示，自己要到文華殿齋宿，希望大小臣工竭誠祈禱，然後話鋒一轉，指責大小臣工辦事不力，應該深刻檢討。劉宗周認為問題的癥結不在臣工而在皇帝本身：「今陛下聖明天縱，卓絕千古，諸所擘畫動出群臣意表，遂視天下為莫己若，而不免有自用之心。」批評皇帝剛愎自用，旨意出乎群臣意料，救過不及，讒諂猜忌之風隨之而起。他反問道：依仗一人之聰明，憑藉一己之英斷，能治理天下嗎？陛下不近聲色，不愛宴遊，勤於朝政，但是求治之心操之過急，帶來一系列問題：功利、刑名、猜忌、壅蔽。請看他的議論：
而至於求治之心操之過急，不免醞釀而為功利；功利不已，轉為刑名；刑名不已，流為猜忌；猜忌不已，積為壅蔽。正人心之危所潛滋暗長，而不自知者。因此他的意見是，「陛下亦宜分任其咎」。
皇帝認為他的議論過於迂闊，鑑於他的忠鯁，不與計較。劉宗周再接再厲，請求皇帝取消凌駕於三法司（刑部、大理寺、都察院）之上的東廠和錦衣衛，蠲免新近加派的軍餉。皇帝責備他「不修實政，徒事空言」。他又糾彈皇帝倚為股肱之臣的周延儒、溫體仁「傾側事上」——打擊排擠同僚，邀寵於皇上。
劉宗周心灰意冷，連上三本乞休奏疏，辭官歸鄉。出京時，隨身攜帶的行李，只有兩個竹編的箱籠。官員見了大為驚訝，讚嘆道：「真清官也！」
對於進與退，劉宗周一向看得很淡，回歸書生本色，與好友陶奭齡一起聚會講學，闡釋「人人可以為聖人」的修身之道。
崇禎八年，為了選拔大臣，皇帝命吏部推舉在籍官員作為閣臣候選人。吏部上報孫慎行、林釺、劉宗周，供皇帝圈點。
次年正月，孫慎行病逝，劉宗周與林釺進京，覲見皇帝。朱由檢徵詢關於朝政的見解，劉宗周侃侃而談，仍然堅持幾年前的觀點，批評皇帝求治太急，措辭比先前更加尖銳：「陛下求治太急，用法太嚴，布令太煩，進退天下士太輕。」因此之故，諸臣畏罪飾非，不肯盡職盡責，有人而無人之用，有餉而無餉之用，有將不能治兵，有兵不能殺賊。當務之急應當收拾人心，首先必須放寬官員的責罰。道理是很顯然的，責罰苛重則吏治敗壞，吏治敗壞則民生困難，民生困難則盜賊日繁。
他的這一席話，實質是在譴責內閣首輔溫體仁。朱由檢是信賴溫體仁的，認為劉宗周的意見過於迂執，他已經覺察到劉宗周與溫體仁的政見分歧，沒有起用劉宗周入閣，出乎意料地任命他為工部左侍郎，讓這位喜歡議論朝政的儒臣去處理煩瑣的營造事務。
劉宗周到了工部，目光依然盯著朝廷積弊不放，不斷議論時艱。他最不能容忍的是特務機構東廠和錦衣衛，特別是直接聽命於皇帝的詔獄，越過三法司恣意妄為，不經過司法程序，逮捕懲處官員。他的譴責鋒芒凌厲，用一連串排比句直擊要害：
自廠衛司機訪，而告訐之風熾；朱由檢再三閱讀這本奏疏，怒氣漸消，拿起硃筆批示：「宗周素有清名，亦多直言，但大臣論事，宜體國度時，不當效小臣，歸過於朝廷為名高。」
既然皇帝嘉獎他「有清名多直言」，他索性清直到底，再次上疏，申論三點：一是皇上終日用閣臣而不足，二是皇上終日用九卿而不足，三是皇上不得一言之效。結果是，始則皇上出言以為是，輔臣莫敢矯其非；繼而輔臣出言以為是，部院諸臣莫敢矯其非。即使間或有矯其非者，皇上也無從得知是非之實，國是終於不可問。
朱由檢不予理睬，劉宗周繼續進諫，依然不予理睬。一氣之下，他索性摜紗帽——乞休。朱由檢樂得放他走，免得聽他那些逆耳之言。哪裡曉得辭官離京之際，他又呈進一本奏疏，措辭更加嚴厲，矛頭直指皇帝寵信的內閣首輔溫體仁。
早在此前，他寫了一封私信，批評溫體仁：「閣下身秉國成，故有進退人才之責者也。苟天下有一賢之未進，與一不肖之未退，必責之閣下，而閣下所為進退天下士，殊有不可解者。自皇上御極以來，所廢置天下士百餘人，多天下賢者，而閣下不聞出一語救正，時有因而下石者。」他列舉若干事例：內閣同僚王應熊遭到彈劾，不能正言相告，而以其家奴之故發配充軍，「近於賣友」；皇上特簡文震孟入閣輔政，未見其有可摘之過，溫體仁竟借許譽卿事件，激怒皇上，導致罷官，「近於罔上」；內閣同僚何吾騶因與文震孟同調，溫體仁誣陷其「腹誹」，致使罷官，「近於誣下」；至於同僚錢士升以言得罪，則「近於陰擠」。總而言之，「自此人人樹敵，處處張弧，人之所以議閣下者日多，而閣下亦積不能堪，一朝發難，明借皇上之寵靈，為驅除異己之地」。對於這些忠告，溫體仁置若罔聞，一意孤行。
劉宗周忍無可忍，在奏疏中厲聲責問道：「八年之間誰秉國成，而至於是？臣不能為首輔溫體仁解矣！」
無官一身輕，他終於可以向溫體仁攤牌了，文章寫得縱橫恣肆，酣暢淋漓，從「小人之禍國無已時」入手，揭露溫體仁「大奸似忠，大詐似信」的真面目，以及種種禍國行徑：
臣觀頻年以來，皇上惡私交，而臣下多以告訐進；皇上錄清節，而臣下多以曲謹容；皇上崇勵精，而臣下奔走承順以為恭；皇上尚綜核，而臣下瑣屑吹求以示察。凡若此者，正似忠似信之類，窺其用心，無往不出於身家利祿，而皇上往往不察而用之，則聚天下之小人立於朝，而皇上亦有所不覺矣。劉宗周一舉擊中要害——「崇禎皇帝遭溫了」。
劣跡昭彰的溫體仁得到皇帝重用，輿論為之譁然，京師民謠「崇禎皇帝遭溫了」，集中體現了輿論動向。「遭溫」之溫，與瘟疫之瘟諧音，譏諷崇禎皇帝受溫體仁蒙蔽而不自知。溫體仁擔任內閣首輔之後，推行沒有魏忠賢的魏忠賢路線，以蠱惑皇帝、殘害忠良為能事，劉宗周較早察覺溫體仁禍國的苗頭。直到明朝滅亡以後，才有人恍然大悟。王世德《崇禎遺錄》寫道：「上初即位，事事寬大。自溫體仁入閣票擬，務從深刻，由此遂失人心。論者謂：亡國之禍體仁釀之，良然！」《明史》把他列入「奸人傳」，絕非偶然。
由此去看劉宗周《痛切時艱疏》的結尾，就可以領略內在的分量了：「八年之間誰秉國成，而至於是？臣不能為首輔溫體仁解矣！語曰：『誰生厲階，至今為梗。』體仁之謂也。」
這是迄今為止對於溫體仁最為嚴厲的批判。溫體仁一面為自己辯解，一面百般詆毀劉宗周。朱由檢此時正在「遭溫」，站在溫體仁一邊，怒斥劉宗周「比私亂政」，把他革職為民。
三、「朝廷待言官有體」崇禎十四年，朱由檢又想起了這位耿介之臣，起用為吏部左侍郎，旋即晉升為都察院左都御史——監察部門的首席大臣，企圖藉助他的鐵腕作風，整頓吏治，提振士氣。
果然不負所望，劉宗周一上任就大力整頓腐敗的吏治，在《條列風紀疏》中說：「惟是官不得人，則法久而弛，令熟而玩，種種受弊之端，遂開天下犯義犯刑之習。」為此制定了風紀條例，涉及各個方面：
一是建道揆——提倡書院講學，端正士風；
二是貞法守——案件一概由三法司專斷，不必另下錦衣衛；
三是崇國體——杜絕官員「朝升堂而受事，夕系囹圄」的反常現象；
四是清伏奸——慎防外奸內宄；
五是懲官邪——官員之失德由賄賂始，屢禁不止，必須嚴厲懲罰；
六是飭吏治——吏治關乎國計民生，必須大力整飭。
這時發生了姜埰、熊開元之獄。禮科給事中姜埰彈劾內閣首輔周延儒，為了鉗制言官，故意激怒皇上，譴責言官持論太急。朱由檢看了姜埰的奏疏，勃然大怒，下令逮送錦衣衛詔獄嚴刑拷打，一時輿論譁然。
行人司副行人熊開元認為周延儒難脫干係，彈劾他欺君誤國，也被關進錦衣衛詔獄懲處。
姜埰、熊開元之獄，激起正直官員的強烈不滿，議論蜂起，劉宗周說得尤其尖銳：
——而矯枉不無太過，至以衛獄（錦衣衛詔獄）處言官，自今日始，所傷國體似非細故。臣猶記枚卜會推之役，幹觸聖怒，諸臣各得罪以去。崇禎十五年閏十一月二十九日，皇帝在中左門召見群臣，討論如何抵禦清軍，任用得力督撫等問題。臨近結束時，吏科都給事中吳麟徴作為六科的「科長」，責無旁貸地為同僚吏科給事中姜埰求情：「如同官姜埰幹犯天威，亦皆臣等之罪。但京城作令清苦，居官清飭，身體孱弱多病，伏望聖恩寬宥。」
朱由檢拒不接受，訓斥道：「爾言官為朝廷耳目，自己不正，何能正人？」
吳麟徴申辯道：「言官只管言，即言之當否，與稱職不稱職，自聽朝廷處分。」他又把話題轉移到熊開元身上，說道：「頃熊開元亦以奏詰輔臣周延儒得罪，雖是出位妄言，第諺曰：『家貧思賢妻，國亂思賢相。』封疆事敗壞至此，豈得不責備首輔？」
朱由檢反駁道：「熊開元假託機密，陰行讒譖，小加大，賤凌貴，漸不可長。」
一向敢於犯顏直諫的劉宗周挺身而出，請求釋放姜埰、熊開元。他說：「朝廷待言官有體，言官進言，可用則用之，不則置之。即有應得之罪，乞敕下法司原情定案。今熊開元、姜埰狂躁無知，不能無罪。但以皇上急切求言，而二臣因言下詔獄，大於聖政國體有傷，恐非皇上求言初意。臣願皇上俯念時事艱危，擴聖度於如天，以開諸臣諍諫之路。」他越說越起勁，列舉黃道周的事例為證，說道：黃道周言語激烈，有朋友不能堪者，我皇上不但待之以不死，而且得以起用。為何黃道周幸而受到破格之恩，姜熊二臣不能蒙受法外之宥？
對於劉宗周咄咄逼人的責問，朱由檢顯得理屈詞窮，勉力強辯：「人臣見有無禮於君者，即當糾劾，三法司、錦衣衛俱是朝廷衙門，你說言官有體，假使貪贓壞法、欺君罔上、溷亂紀綱的，通是不該問了？」
劉宗周毫不退縮：「陛下方下詔求賢，姜埰、熊開元二臣遽以言得罪。國朝無言官下詔獄者，有之，自二臣始。」
他越說越激動，無所顧忌地反駁皇上所說「三法司、錦衣衛俱是朝廷衙門」，大聲喊道：「廠衛不可輕信，是朝廷有私刑！」
聽到如此蔑視廠衛的言論，朱由檢頓時肝火大旺，厲聲申斥道：「東廠、錦衣衛俱為朝廷問刑，何公何私？」
《願學集 劉蕺山集》
劉宗周見龍顏大怒，立即伏地叩頭，連聲請罪。
朱由檢怒氣未消，譴責道：「似爾愎拗偏迂，成何都察院？卿等起來，劉宗周候旨處分！」
刑部尚書徐石麒請求皇上寬宥劉宗周，由他來承擔罪責，不僅甘願代替熊姜二人請罪，而且當廷主動承擔責任，使劉宗周免予處分，真正是君子坦蕩蕩。
都察院左僉都御史金光辰，冒著風險表揚自己的上司治理都察院的卓越業績，希望皇上優容：「都察院激濁揚清，紀綱之地，自陛下召用劉宗周，宗周正己率屬，大著風採，諸御史凜凜飭法，都察院最為得人，望賜優容。」
兵部尚書張國維不顧皇上憤怒，也乞求寬恕……
竟然沒有一名大臣支持皇帝的決定，令朱由檢頗為尷尬，很不高興地停止了御前會議，退回勤政殿，寫了一道手諭：「宗周愎拗偏迂，著革職，刑部議處。光辰降二級調外。」命太監送到內閣，傳出執行。
看了皇上的手諭，吳甡與周延儒商量，當面請求從寬發落。周延儒和吳甡等人進入勤政殿，耐心勸導，朱由檢面色稍微緩和，隨即在手諭上抹去「刑部議處」四字，以示從寬，還不忘補充一句：「故輔溫體仁曾言其愎拗偏迂，果然！」一句話洩露了天機。隔了多年，「崇禎皇帝遭溫了」，依然如故。
次日，六十四歲的劉宗周騎著驢子，後面跟著一名肩扛包袱的僕人，兩袖清風離京南下。堂堂都察院首席大臣竟然如此悽涼落寞，旁人感嘆不已，他卻淡然賦詩一首：
望闕陳情淚滿襟，孤臣九死罪何如。崇禎十七年三月十九日，崇禎皇帝朱由檢在煤山自縊，南京政府袞袞諸公，直至四月二十五日才「北報確信」，商討善後事宜。五月，福王朱由崧在南京監國，起用劉宗周，官復原職——都察院左都御史。他看到小朝廷內部的種種腐敗跡象，堅決推辭，未蒙恩準，立即前往南京就任。
南明小朝廷一開張，就是一派亡國之相。福王朱由崧毫無帝王的樣子，《明季甲乙彙編》說他「深拱禁中，惟漁幼女，飲燒酒，雜伶官演戲為樂」，聽憑馬士英擺布。馬士英竊取內閣首輔兼兵部尚書大權，起用閹黨餘孽阮大鋮、楊維垣之流，排斥正直大臣，賣官鬻爵不遺餘力，民間歌謠譏諷道：
中書隨地有，都督滿街走。與馬士英沆瀣一氣的江北四鎮將領劉澤清、劉良佐、高傑、黃得功，擁兵自恣，根本無意於光復大業。小朝廷從上到下，渾渾噩噩，醉生夢死。正如兵科給事中陳子龍所說：「中興之主，莫不身先士卒，故能光復舊物。陛下入國門再旬矣，人情洩沓，無異昇平之時，清歌漏舟之中，痛飲焚屋之下。臣誠不知所始終矣！」
劉宗周先後呈進《草莽孤臣上痛哭時艱疏》和《追發大痛疏》。有鑑於封疆大吏與統兵將領畏縮不前，致使淮北大片國土失守，主張發兵徵討，以圖光復。他提出四點意見：
一是據形勝以規進取——江南非偏安之地，請進而圖江北，尤其應當重視中都鳳陽，駐紮陛下親徵之師，以此漸恢漸進。
二是重藩屏以資彈壓——猶可恨者，路振飛坐守淮安，藉口家眷在外地，倡先逃跑。於是總兵劉澤清、高傑相率藉口家書寄籍江南，尤而效之。按照軍法，臨陣脫逃者斬。
三是慎爵賞以肅軍情——高傑、劉澤清敗逃，不追責，反而加官晉爵。武臣既濫，文臣從之；外廷既濫，宦官從之。臣恐天下因而解體。應當綜核軍功，申嚴軍法。
四是核舊官以立臣紀——為邦本之計，貪官當逮，酷吏當誅。循良卓異之官當破格獎勵。臣更有不忍言者，當此國破君亡之際，普天臣子皆當致死。幸而不死，反膺升級，能無益增天譴？
顧炎武《聖安本紀》把劉宗周的主張概括為「請上親徵」和「四鎮不宜封」，意思是，敦請福王朱由崧率軍出徵江北，劉澤清、高傑、劉良佐、黃得功四名總兵不應加官晉爵。張岱《石匱書後集》進一步點明，劉宗周大談「慎封爵」「核舊官」諸事，其實是在糾彈馬士英，因此，「馬士英恨宗周次骨，嗾劉澤清、高傑公疏劾宗周」。
《劉宗周全集》
劉澤清、高傑本來就對劉宗周指責他們逃跑耿耿於懷，經馬士英嗾使，劉、高二人立即彈劾劉宗周：勸上親徵以動搖帝祚，奪諸將封以激變軍心，不僅僅是不仁不智，簡直是心懷「逆謀」。
朱由崧大為惱怒，要他御駕親徵，顯然有「謀危社稷」之嫌，勒令劉宗周致仕。於是乎，僅僅擔任四十九天都察院左都御史的劉宗周，罷官而去。
正當南明君臣忙於內鬥之際，清軍大舉南下，南京、杭州相繼淪陷，國祚大勢已去。弘光元年（1645）六月二十二日，門人王毓蓍投水自盡，致書老師：「門生毓蓍已得正命，偽官俱已受事，此一塊土非大明有矣，顧先生早自決。」劉宗周見信讚嘆死得其所，隨即寫信給女婿秦祖軾，表示以身許國之意：
信國不可為，偷生豈能久。其實此前他已有殉國的意願，在「哭殉難十公」詩中有所流露。其中哭倪元璐詩寫道：
臺閣文章星鬥寒，風期與俗異鹹酸。詩前的小序對倪元璐的敬仰之情溢於言表：「公官大司農（戶部尚書），知國事不可為，時懷一帨於袖中，曰：時至即行。及三月十九日之變，公即以巳刻死。自此遂有繼公而起者。」劉宗周自己也有繼他而去之意，故而說「讀書所學知何事，蒙難堅貞爾許般」。
二十五日，他外出投水自盡，被隨從救起，暫息靈峰寺。兒子劉汋拿了清朝請他出來做官的公文，他閉目不看，開始絕食。親人問他心境如何，他回答：「他人生不可對父母妻子，吾死可以對天地祖宗；他人求生不得生，吾求死得死；他人終日憂疑驚恐，而吾心中泰然如是而已。」
黃宗羲《弘光實錄鈔》說，劉宗周此時早已下定求死得死之心：「宗周不食，又渴甚，飲茶一杯，精神頓生，曰：『此後勺水不入口矣。』門人曰：『雖聖賢處此，不過如是。』宗周曰：『吾豈敢望聖賢哉，求不為亂臣賊子而已矣！』」
張岱《石匱書後集》描述六十八歲劉宗周生命最後時刻的文字，讀來令人淚目：
廿九日，作絕命詞曰：「留此旬日死，少存匡濟意。決此一朝死，了我平生事。慷慨與從容，何難復何易。」嗣後，止閉目端坐，不出一言。（閏）六月六日，命家人扶掖南向坐，有頃，遷北向。息奄奄欲絕，猶提筆書一魯字。至八日戊時乃絕。劉中丞絕食者兩旬，勺水不入口者十有三日，有骨如柴，騎箕始去。嗚呼，烈矣！本文首發於《書城》（2020年12月號），澎湃新聞經授權刊發。(本文來自澎湃新聞，更多原創資訊請下載「澎湃新聞」APP)