宋德祐二年（1276），元兵破臨安，擄宋恭帝北去。益王是即位福州，改元景炎。七月，宋右丞相兼樞密院事文天祥出兵江西， 入汀州。景炎二年（1277）正月，元兵破汀關，汀州太守黃去疾以城降元。汀州隸福建行中書省。世祖至元二十八年（1291）福 建改置宣慰使司，隸江西行中書省。至元二十九年（1292）復置 福建行中書省。大德元年（1297）改福建為福建平海等處行中書 省，徙治泉州。大德三年（1299），立福建道宣慰使司都元帥府， 隸江西行省。至正十六年（1356）改立福建宣慰使司都元帥府，復為福建行中書省。全省分八路二州，即福州路、建寧路、泉州路、 興化路、南劍路（後改延平路）、邵武路、汀州路、漳州路、福寧州、福清州。
汀州是世祖至元十五年（1278）升為路的，仍轄長汀、寧化、 上杭、武平、清流、連城六縣「龍巖縣仍隸漳州路。
至元十八年（1281），以汀州路所屬六縣為元世祖忽必烈的女兒囊加真公主的封地，六縣的達魯花赤（縣令）由其陪臣擔任。他們為非作歹，敲詐勒索，.政煩賦重。《臨汀匯考》曾引過客詩，反映了當時汀州悽涼蕭索、民窮財盡的慘象：
七閩窮處古汀州，萬壑千巖草木稠。 嵐氣滿林晴亦雨，泉聲近驛夜如秋。 雲中僧舍時聞犬，兵後人家盡賣牛。 但得龔黃為太守，邊方從此永無憂八。
暴政不斷激起了農民的反抗。為反對蒙古貴族的民族壓迫，汀州農民起義相繼不絕，較大規模的有至元十七年（1280）汀漳黃得勝起義，至元二十三年（1286）畲民鍾明亮起義。
至正六年（1346）蓮城羅天麟、陳積萬起義，曾一度攻克蓮城、 汀州，後遭鎮壓。從此，蓮城改為連城，「寓去草（寇）之義」。
徵服者的屠殺擄掠，嚴重摧殘了社會生產力。人民不能安居 樂業，到處流亡，戶口數大大減少了。據《元史地理志》載，汀州路至順元年（1330）的戶數為41423戶，比宋寶祐年間減少了 180009戶。順帝至元五年（1339），汀州大水災，汀民溺死8000 餘人，至正五年（1345）汀州大瘟疫，至正十四年（1354）汀州 大饑荒，竟至發生人相食慘象。天災人禍，接踵而至。古汀州遭到歷史上少有的大浩劫！戶口數必然會更急劇下降。