由於孩童人數減少，有人也許認為社會一定給予他們更多的關懷，會用各種方法幫助他們有一個更成功的人生。但儘管年輕人人數減少，教育與青年卻似乎一直處於危機狀態。在20世紀90年代及21世紀初，大學一直備受指責，認為它們無法教年輕人批判性地思考，無法引導他們適應不斷變動的全球化環境。其實從20世紀60年代開始，這種批評就一直不絕於耳，然而到21世紀初，在人口因素與政策因素的相互影響下，各大學的面貌發生了天翻地覆的轉變。
21世紀伊始，大學適齡學生的人數便持續下降。到2007年，所有日本大學都有足夠的名額，只要學生申請便可以入學，約有3/ 4的高中生繼續升學。這並非代表高等教育全面普及的黃金時代的來臨。除非是真的想進入競爭性很強的名校，否則入學競爭不激烈，沒有壓力迫使高中生學習。排名靠後的大學無法招收足夠的學生，有些私立大學不得不倒閉。從2000年到2005年，高等院校的總數減少了一點，不過預計未來會有更多學校關閉。
當學生入學的競爭性減少後，政府便迫使各大學彼此競爭國家的撥款，以此謀求教育質量的改善。以英國等國家為榜樣，政府在2004年出臺了一項有重大潛在影響的舉措，將100所公立大學改制為「獨立行政機構」。在理論上，該政策給予學校更大的自由，它們可以自由確定教育目標、學費水平及教師薪資水平，亦可以自行籌措校務基金。這項改革的衝擊究竟有多大，要經過一段時間才能看清楚。
但這個新「自由」有其限制，文部科學省對各校的長期計劃保留最後決定權。同時公立大學頂尖名校如東京大學，或私立大學如慶應義塾大學，紛紛面向企業展開大規模籌款運動，而這些企業又為它們的畢業生掌控，可能的結果是少數名校與其他學校的差別會越來越大。 同時，中小學教育因為多種過錯遭到抨擊，官方有時需要給予學生更少的壓力和更多的選擇，有時又得對教育的內容加以限定。
由於過分倚賴死讀書，同時考試又佔很高比重，當政者都害怕這些因素會扼殺學生的創造力，因此從20世紀90年代到21世紀初決定減少高中的必修科目，學習時間也加以縮短，每周上課時間從6天減為5天。課程雖然更有彈性、更為自由，結果卻使學生在知識上倒退，缺乏訓練以應付挑戰性的任務，而且沒有足夠進取心克服這些挑戰。不少政府官員及社會大眾稱20世紀90年代末至21世紀初為「教室崩壞」的年代，主要問題包括老師無法掌控學生，學習進度不佳或可以說全無進度。根據全國校長協會在2006年估計，小學中有8%—9%的教室陷入「崩壞」狀態。
小學及中學教學之所以受到批評，不單是因為它無法教授規範的學科，亦因為它無法灌輸合適的價值觀。觀察者憂心忡忡，他們在很多地方看到社會失衡的現象。從20世紀80年代開始，學校中的肆意「霸凌」和「厭學症」便成為社會問題，給校園籠罩上了一層恐怖氣氛，到21世紀初仍是大眾的關注點，據說此類事件的數字一直在上升。在20世紀90年代發生一連串聳人聽聞的罪案，學校好像成為這些瘋狂行為的溫床。1997年，一名14歲的中學生殺害了一名11歲的男童，把他的頭割下，放在自己學校的前面，並沒有什麼明顯的殺人動因。
1999年發生好幾起謀殺或凌虐案件，都是青少年犯案，成為媒體的頭條新聞。 另一個相關的社會問題亦在20世紀90年代出現，引人注目，它就是青少年賣淫問題。日本為它起了個較含蓄的語詞——「援交」，即青少年女子向成人提供性服務。在21世紀初，由於手機普及，加上網際網路發展迅速，無論你要找朋友還是別人找你，匿名接觸比以前容易得多。
研究這種現象的人都表示十分訝異，援交的少女從各方面看都十分「正常」，她們不算貧窮，她們看上去也有安穩的家庭生活。媒體喜歡炒作的是一個基督教學校9年級女生的案例，該校是女校，而且外間的風評一直很好。援交者的目的只不過是要賺錢買名牌衣服或吸引別人的注意。一名評論者說：「哪怕她們把頭髮染色，或鼻子和舌頭上穿金屬環，我倒會覺得好過一點。」