有巢氏，又稱「大巢氏」或「巢皇」，被譽為華夏「第一人文始祖」 。關於有巢氏的記載，最早見於戰國時期的諸子百家。據《莊子·盜蹠》載：「古者禽獸多而人民少，於是民皆巢居以避之。晝拾橡慄，暮棲木上，故命之曰有巢氏之民」。另據《韓非子·五蠧》載：「上古之世，人民少而禽獸眾，人民不勝禽獸蟲蛇，有聖人作構木為巢以避群害，而民悅之，使王天下，號曰有巢氏」。
秦漢以後，關於有巢氏的記載層出不窮，並不斷延伸和擴展，逐漸演化為「三皇」之首。北宋李昉《太平御覽·皇王部四》載：「有巢氏已降至黃帝，為三皇，號中古」。南宋鄭樵《通志·三皇世譜》載：「有巢氏，謂之始君，教民巢居」，並將燧人氏視為有巢氏之子，伏羲氏和女媧氏視為有巢氏之孫。
有巢氏並不是特指某個人，而是指一個延續數百年甚至數千年的氏族部落。有巢氏的貢獻在於教會族人隔空建屋、襲葉為衣、食果為糧、發明土葬、族外通婚等。這些發明並非一蹴而就，而是在漫長的過程中逐漸發明和創造的。那麼有巢氏部落最早可追溯至何時呢？
有學者根據人類居住方式由巢居、穴居進化到地面房屋的演化過程，進而指出有巢氏發明的「巢居」應該很早，大約可追溯至距今180萬年前的舊石器時代早期，並用雲南元謀人遺址未發現洞穴來佐證巢居的可能性。
我認為有巢氏發明的巢居並非是穴居之前的巢居，而是地面房屋的一種，南方的幹欄式建築就是其原型。這種幹欄式建築和北方的半地穴式建築都是距今一萬年前才出現的地面居住房屋，因而有巢氏應該指的是距今一萬年前，南方地區最早摒棄穴居方式而在地面建造幹欄式建築的族群。
有巢氏最早出現於距今約一萬年前的南方地區，那麼具體居住在什麼地方呢？目前學術界主要有七種觀點：一曰安徽，二曰山東，三曰湖南，四曰內蒙古，五曰云南，六曰四川，七曰蒼梧。其中有巢氏祖籍在安徽巢湖的說法佔據主流，原因有三：
其一，安徽巢湖地區自古以來就是我國古人類遺蹟最為豐富和文明最為發達的地區之一。二十世紀八十年代，安徽發現的和縣人和銀山人，距今已有30-20萬年。後來又在巢湖附近發現了距今五六千年前的薛家崗遺址和凌家灘遺址，凌家灘遺址出土了許多和有巢氏有關的文物，其中一枚「玉制杉樹雕塑」最具代表，表明凌家灘先民非常崇拜樹木，他們很可能就是早期的有巢氏部落。
其二，歷史文獻中有很多有巢氏活動在安徽巢湖地區的記載。堯舜時期，有巢氏部落已成為長江下遊地區族群繁盛的部落群，其中的一支在巢父的率領下，參與帝堯的陶唐氏政權，後來隱居山東，成為北方有巢氏部族的鼻祖。而留在巢湖的有巢氏，後來被夏禹分封而建立巢國。據鄭樵《通志·氏族略》載：「巢氏，有巢氏之後，堯時有巢父，夏商有巢國，其地在廬江，子孫以國為氏」。廬江即安徽巢湖附近，說明鄭樵也支持有巢氏祖籍在安徽巢湖的觀點。
其三，有巢氏最主要的貢獻是發明幹欄式建築，而幹欄式建築主要適用於南方地勢低洼之地，目前我國最早的幹欄式建築就發現於靠近安徽巢湖地區的浙江省。1978年，考古學家在浙江餘姚河姆渡村發現了距今七八千年前的河姆渡文化，該文化中出土了大量的動物骨骼化石，證明了「禽獸多而人民少」的現象，而且發現了中國最早的幹欄式建築，佐證了安徽巢湖地區及周邊地區是有巢氏部落策源地和主要居地的假設。
我們可以這樣復原有巢氏部落的發展軌跡。距今一萬年前，安徽巢湖地區禽獸橫行，當地穴居的有巢氏部落率先別出心裁，發明了在樹上結廬而居的技術，從此使族人擺脫野獸的困擾，族眾日漸繁衍，並向四周擴展，距今七八千年前，擴展至浙江餘姚河姆渡。距今四五千年前，帝堯成為北方華夏部落首領，有巢氏一支在巢父率領下北遷至山西，參與帝堯政權，後來又遷居山東，這支成為北方有巢氏部落的源頭。
安徽巢湖的有巢氏在夏商周時期建立巢國，亦稱「南巢國」。夏桀鳴條戰敗後，所逃的「南巢」就是安徽巢湖的「南巢國」。南巢國延續一千五百多年。春秋後期，隨著吳國的崛起，巢國在吳楚兩大強國之間徘徊。公元前518年，吳國滅巢國，據《左傳·昭公二十四年》載：「吳人踵楚，而邊人不備，遂滅巢及鍾離而還」。