引言
法國的啟蒙思想家笛卡爾雖然是一名天主教徒，但是他卻喜歡在信奉新教的荷蘭居住和研究。笛卡爾的父親是布列塔尼地方議會的議員，擁有一份相當大的地產。笛卡爾在父親去世以後繼承了這筆遺產。
從1604年到1612年，他一 直在一所耶穌會的學校裡接受教育，打下了深厚的數學根底，1612年去了巴黎，後來又退居鄉下，1617年，他加入荷蘭的軍隊，當時荷蘭太平無事，他享受了兩年太平無事的沉思的生活，在1628年他曾經加入圍攻胡格諾派的軍隊，可能是為了逃避紛爭，他不久就選擇 荷蘭居住。1629年至1644年他長期居住在荷蘭，成為一位不願意公開露面、行為隱秘、 喜歡隱居的哲學家，其座右銘是「隱居得越深，生活得越好」。據說他也喜歡荷蘭的氣候， 更喜歡這裡安靜的與世隔絕的生活這是他在巴黎辦不到的。
1631年左右他在荷蘭出版 了一本名叫《論世界》的書籍，這是一本在物理學方面涉獵廣泛而頗具前瞻性的著作，不過在他生前並沒有公開出版。在這段時間，他的思想非常活躍，每周都要花一天的時間寫信，藉此引發哲學的討論。他還把主要的時間花在光學以及生理學的試驗方面。他還用錢去買來人的屍體進行解剖，當時只有在荷蘭才能夠做到，在天主教國家這種做法是不可想像的。1633年，他出版了《人論》文集。在此之前不久，他聽到了伽利略被宗教裁判所判罪的消息。由於害怕像伽利略一樣受到教會的譴責，他非常謹慎地隱瞞了自己的真實思想。1635年，他的朋友勒內裡開始在烏特勒支介紹他的自然哲學思想。
從這一年到次年的冬季，他決定發表《論正確地運用自己的理性在各門學問裡尋求 真理的方法》，簡稱《方法論》，他希望這本著作能夠被更多的人所接受，所以用法語而非拉丁語寫成。1637年8月，就在《方法論》出版之時，他移居哈勒姆附近的荷蘭海岸，一直居住到1639年底，這可能是他一生中最幸福的時光。他用了大量的時間來處理信件，主要是回答對於《方法論》一書的各種意見。他也經 常到一個牧草園裡從事耕作，解剖動物的屍體，對自己的著作加以評註，對諸如滑輪、槓 杆以及齒輪等各類簡單機械原理進行解釋。從1638年開始，他從事《第一哲學沉思集》 的創作，雖然在這部著作的前言中他對於教會以及索邦神學院表示了感謝，但其中闡發的物理學觀念卻隱含了地球不是太陽系的靜止中心的觀點，表現出一種革新的思想，不過他也沒有做出更明確的陳述。
從 1641年開始，他寫作了《哲學原理》，並寫作未完成的對話錄 《真理的探求》。《哲學原理》包括四個部分，是笛卡爾自然哲 學和形上學的完整闡述，採用的是教科書的形式，具有很強的綜合性。但是該著作的第 五和第六部分則沒有完成（據說是涉及生命的存在以及人等內容的）。以後的一段時間 裡，他又恢復了對於解剖學的興趣，並寫了《人體描述》的短論。從1629年到1649年，除了少數幾次短時間去法國以及一次去英國以外， 他在荷蘭居住了20年。晚年，他想回到法國，但是巴黎卻在動亂中。1646年，在瑞典女王克裡斯蒂娜的邀請之下，他去了瑞典，1650年逝世。 約翰·洛克在1683年至1689年間為躲避斯圖亞特王朝保皇黨人的迫害流亡到了荷蘭，在阿姆斯特丹他與那些像他一樣流亡到荷蘭的法國新教徒以及鼓吹寬容的荷蘭人頻繁往來。
1685年的冬天，他與菲利普·凡·林堡格進行了多次交談並且受到促動，寫下了《論寬容第一書簡》 。就在那一年的10月18日，法國國王路易十四宣布廢除《南特敕 令》，剝奪法國的新教徒的一切宗教自由和公民自由。在以後的幾年中，移民到英格蘭、 普魯士、荷蘭以及北美的胡格諾教徒達40萬之眾。洛克看到了法國持續不斷的對新教徒的 排斥，也看到了英國的開明思想家們被逼迫的命運，由此產生了深刻的思考，這就是這部 後來聞名遐邇的著作產生的背景。林堡格是當時阿姆斯特丹抗辯派的領導人，與洛克同在 一個文學社團。這封信的原文是以拉丁文寫成的。洛克充滿激情地呼籲宗教的寬容，這在 歐洲的政治哲學史上是絕無僅有的。
這本著作特別適用於當時英國和法國的情況，但是卻是在荷蘭的土地上產生的。荷蘭聯省共和國為所有基督教宗派的和平相處提供了榜樣，這是促使洛克深入思考這個問題的社會環境。1688年，「光榮革命」發生，洛克回到了英國。 次年，林堡格用匿名出版了這本書簡集，不久以後，威廉·坡普爾的英 譯本很快就面世了。 《論寬容第一書簡》首先指出寬容是基督教教義的重要組成部分，「寬容是純正的教 會的基本特徵」。每個人都以自己為正統不是基督教會的標誌，只不過是爭奪他人權利或 者是最高權威的標記。倘若缺乏仁愛、溫順以及對全人類乃至非基督徒的普遍的友善，就 不配稱一個基督徒。他指出信仰不是一個意志的問題，個人不能在受到壓迫的情況之下突 然決定去信仰他事實上並不信仰的東西。
壓迫與信仰之間絕對沒有因果的關係。正因為如此，使用武力或進行壓迫是非理性的，至多只能造成假的和偽裝的信仰，這違背了上帝只接納真心信徒的意願。他認為政府在信仰方面使用武力是不明智的，況且起不了什么正面的作用，只能在公民中引發騷亂。他強烈地呼籲政教分離：認為國家的目的是「謀求、維護和增進公民們自己的利益。所謂公民利益，我指的是生命、自由、健康和疾病以及諸如金錢、土地、房屋、家具等外在物的佔有權。官長的職責是：公正無私地行駛平等的法律，總體上保護所有的人並具體地保護每一個公民屬於今生的對這些東西的所有權」。
「教會屬於一個自由的、自願的團體，因為任何人都不是生來就屬於某一教會，教會的宗旨是 共同禮拜上帝，並以此手段求得永生。」他認為政府和教會都是人們自發組成的機構，但 是它們的目的和手段各不相同：國家應當執行法律和維護秩序，保護人民的生命財產安 全、解決各種衝突，國家是壟斷強權和武力的。教會存在的目的就是要通過灌輸信仰、勸誡以及樹立好榜樣使得人的靈魂得救。兩者的目的與手段各不相同，不能侵犯彼此的權威，國家不能干涉個人的良心問題，教會也不能對觸犯法律的人實施懲戒。
洛克的這封信在英國發表以後，遭到牛津大學女王學院的一個高級教士的反駁，他認為為了促進「純正 的宗教」，使用強制的手段是正當的和合法的。洛克後來在1690年、1692年和1704年，又 以書信的形式寫了三篇論宗教寬容的著作，但是最後一篇沒有寫完就與世長辭。這四篇書 信後來合起來收在洛克的《論宗教寬容》中。洛克的主要思想後來成為近代歐洲宗教自由 觀念的基礎，也是後來被納入歐洲各國憲法的政教分離原則的基礎。他的宗教觀點和政治觀點都帶有理性主義的特徵和對自然理性的信仰，在17世紀後期得到廣泛的傳播。
主要生活在18世紀的法國偉大的啟蒙思想家伏爾泰早年在旅居英國時已經深受洛克的哲學思想和牛頓的科學思想的影響，他對於當時天主教會的腐敗和不寬容是極度不滿的。他曾經五次來到荷蘭省。早在 1737年，他就對荷蘭的教授們以及各個大學通過提供給學生以新的思想和新的研究方法 （特別在科學以及醫學方面）來吸引外國學生的能力十分欣賞和震驚。他認為當時無論法國人還是英國人都在介紹本國和外國的新思想方面趕不上荷蘭。他發現荷蘭人雖然自己不能撰寫書籍，「但是由於他們是全世界的經紀人，所以他們能夠同時出售別國的精神產品以及食品」。
馬克斯·加洛在《伏爾泰的一生》中寫道：「在荷蘭吹拂的自由之風使他沉醉。他發現一個強大的、商業繁盛的、自由的國度。『在阿姆斯特丹的港口裡有一千多艘船隻，在居住在這座城市裡的五十萬人之中，沒有一個遊手好閒的人，沒有一個窮人，沒有一個二流的作家，沒有一個粗俗無禮的人。在那裡看不見任何捧場的人。人 們不會為了看到一位王子走過而排起人牆。人們只知道工作和謙虛。」
荷蘭的人們則如饑似渴地閱讀他編撰的《哲學辭典》，這是一部按照字母順序排列的短文集，其中包含了討論寬容的一個章節。這本書與他1763年出版的《論寬容》一書共同闡述了他的關於寬容的思想。他並沒有對於洛克的思想注入新的內容，但是卻更加廣泛地傳播了洛克的思想，並且對當時法國民事當局與天主教教會持續不斷地迫害新教徒進行了猛烈的鞭撻。