醫學論文主要由摘要、正文、參考文獻等部分組成，每一部分都有其嚴格的規範與格式，但在醫學論文的寫作中依然有不少作者出現一些較為普遍的問題，成為編輯環節中常見的退修原因。下面，賽恩斯編譯對醫學論文在編輯加工環節中常見的退修原因進行探究，並提出相應的具體建議。
一、摘要不規範。學術論文的摘要較為常見的為提示性、資料性與結構性幾種。對於醫學論文來說，結構式摘要是最為常用的，醫學論文的摘要主要分為目的、方法、結果與結論幾個要素，每個要素都發揮著不同的作用，有其自身側重點，需要作者在寫作過程中緊抓各要素重點，以清晰的思路與準確的表達對文章主題進行反映。
在醫學論文中，摘要部分常見的問題在於目的、方法、結果與結論各要素重點不突出，如理應一二句話就能交代清楚的目的則寫得很長，廢話太多；而方法則對文章中的具體方法和觀察指標交代不清，過於簡單；結果部分有時完全照抄照搬正文部分的內容，顯得過於冗長，不夠簡明，重點不突出，有時僅三言兩語簡單交代，缺少具體數據的支持，同時對統計學分析結果的文字表述很不規範；結論有時常外延。凡此種種原因導致稿件被退回修改者不在少數。
二、英文縮寫不當。縮略語為詞或詞組的簡略形式，具有很強的專業性，其簡明便捷。據統計，當前常用的英語縮略語有兩三萬條，在醫學論文中對縮略語的應用尤其多。但在醫學論文中因英文縮寫不當而導致編輯環節退修問題不在少數。常見的退修原因有縮略語使用錯誤與使用過多及創用新的縮略語等。縮略語使用錯誤在醫學論文中十分常見，這主要與作者對名詞術語的縮寫形式不夠熟悉有關。
關於使用過多的問題，對於作者本身來說這些縮略語是很容易理解的，但對於編者與讀者來說可能並不能完全掌握，讀起來容易混淆，也比較吃力，導致其閱讀興趣下降，不被讀者了解的縮略語只是方便了作者，卻失去了被讀者接受的意義。關於創新縮略語，主要見於一些作者隨意對名詞或詞組進行縮寫，如endotoxin，並非冗長的單詞，也未被納入縮略語詞典中，但一些作者卻隨意將其縮寫為ETX，顯然不夠規範。 三、統計學錯誤。統計學是醫學論文中重要組成部分，統計學方法需根據論文研究目的、研究方法等進行確定，同結果部分內容保持一致。醫學論文編輯環節中關於統計學問題的退修原因主要有四點：一是數據資料描述方法不全面，二是統計學方法種類概括不全面，三是統計學方法與結果不一致，四是統計學方法闡述不細緻。
四、圖表表述不清或重複表達。醫學論文中圖表的使用是十分常見的，很多研究結果通過圖表進行表達相對文字表述更加簡潔、直觀，所以在醫學論文的結果部分不僅可以採用文字描述，同時可以輔以圖表形式展示。但不少作者在圖表應用上容易出現表述不清或重複表達的問題，圖和表格需具備自明性，讓讀者能夠直觀地明白圖表主題、意思，但一些稿件卻由於缺少圖注、表注，導致編輯與讀者難以理解作者意圖；一些稿件在文字部分對圖表詳細內容進行了描述，又列出圖表，導致重複表達；還有一些稿件在表格方面涉及統計學處理卻未納入統計量和P值，導致稿件缺乏客觀說服力。
五、參考文獻格式問題。在編輯環節中，醫學論文參考文獻的退修問題主要集中在參考文獻格式不規範上。其中比較常見的有三點：一是面對多位作者的文獻，在引用過程中會將所有作者都羅列出現；二是對於外國作者，不知道名字應採用首字母縮寫形式，在縮寫名後應不加縮寫點；三是在參考文獻中缺乏具體的年、卷、期或頁碼起止頁。