這件事情得從兩個方面說，演義和史書。
在演義中，魏延是殺了舊主韓玄投靠劉備的，雖說有帶頭投奔和獻城的功勞，但畢竟是有弒主的前科。劉備從招攬人才方面考慮可以不計較，但是身為重要的謀士諸葛亮不能不敲打敲打。
因此他才會在劉備接見魏延的時候，喝令左右斬殺魏延，並且杜撰了一個魏延有反骨的說法（即使真有反骨這種說法，長在脖子後面不摸摸誰能知道），諸葛亮這麼做的本意並不是真要殺魏延，而是起個敲打的作用。用言語警告魏延的同時，也是警告其他有異心的人：
孔明指魏延曰：「吾今饒汝性命。汝可盡忠報主，勿生異心，若生異心，我好歹取汝首級。」魏延喏喏連聲而退。
也就是說凡事投靠的，我們非常歡迎，歡迎歸歡迎，但以後到了這要忠於自家主公（有造反之心的人是生有反骨的，我諸葛亮恰恰會看）。經過這麼一嚇，魏延即便是真有反骨，在劉備和諸葛亮面前也不敢顯露出來，也就是說只要劉備和諸葛亮在世，魏延並不敢反。
至於說諸葛亮臨終之前為什麼不及早剷除魏延？其實這也會有原因的。
1、魏延是棟梁之才
諸葛亮六出祁山不成，其中一個要命的原因就是蜀國的人才凋零，北伐時五虎大將五失其四，唯一剩下的趙雲還垂垂老矣。而魏延是僅次於五虎上將的存在，魏延本人也有建功立業的心思。諸葛亮能壓制魏延的情況下，必須得用魏延。甚至在他犯下錯誤的時候，還得裝糊塗保他。
比如魏延和陳式不聽諸葛亮軍令，貿然進攻，中了魏軍埋伏損兵折將。諸葛亮事後只殺了陳式，對魏延未做任何的處罰。
2、魏延是蜀國的大將，除掉魏延需要一個充足的理由
諸葛亮屬於突然去世，雖然他有安排後事的時間，但是並沒有合適的理由除掉魏延，魏延雖然有時候和諸葛亮不對付，但在國家問題上並沒有幹什麼出格的事。諸葛亮想殺魏延並沒有什麼充足的理由。以「踏滅七星燈」為由殺魏延，顯然是不能服眾的。這種禳星續命的方法，外人並不懂，不足以做證據。更何況魏延踏滅七星燈也非本意。
殺魏延並不是隨時都有充足的理由。原因1中提到的，魏延和陳式不聽軍令輕敵冒進倒是一個不錯的理由，不過這事已經過去幾年了，陳式也做了替罪羊被殺了，不能舊事重提。
所以諸葛亮得另外找理由，在他有足夠罪證的時候，派人擊殺，馬岱潛伏背後殺魏延就是諸葛亮安排的後手。
以上是演義的內容，其實史書中並沒有提到魏延有反骨的事情（這種玄幻的事也不可能出現在史書中），馬岱殺魏延一不是諸葛亮授意，二不是背後突襲。
平叱延先登曰：「公亡，身尚未寒，汝輩何敢乃爾！」延士眾知曲在延，莫為用命，軍皆散。延獨與其子數人逃亡，奔漢中。儀遣馬岱追斬之，致首於儀，儀起自踏之，曰：「庸奴！復能作惡不？」
楊儀和魏延在諸葛亮死後爭權，兩人都先後上表指責對方謀反。
延、儀各相表叛逆，一日之中，羽檄交至。
劉禪自己也拿不定主意，問蔣琬和董允意見。蔣琬可能認為以後還會出現爭權的事情，楊儀好對付，魏延作為統兵大將並不容易對付，所以他力挺楊儀。
後主以問侍中董允、留府長史蔣琬，琬、允鹹保儀疑延。
中央力挺楊儀，魏延的任何行動都會視為叛逆，而楊儀和魏延有仇，自然不會放過他，魏延可以說是權利更替的犧牲品，跟死去的諸葛亮沒有半點關係。
馬岱肯受楊儀指使，追殺沒有軍隊（軍隊被何平帶著聖命的一席話說散）的魏延父子，應該是看到楊儀負責軍隊撤退，錯誤的認為楊儀有可能接替諸葛亮，站錯了隊罷了。
事實上第二年楊儀就被罷官下獄，最後自殺。馬岱在第二年有過一次小規模的北伐之後，也從歷史上消失不見。可見內部政治鬥爭有多激烈。