對三焦解剖形態的認識，歷史上有「有名無形」和「有名有形」之爭。即使是有形論者，對三焦實質的爭論，至今尚無統一看法。但對三焦生理功能的認識，基本上還是一致的。
三焦，作為六腑之一，一般認為它是分布於胸腹腔的一個大腑，惟三焦最大，無與匹配，故有「孤府」之稱。
正如張景嶽所說：「三焦者，確有一腑，蓋臟腑之外，軀殼之內。包羅諸髒，一腔之大腑也」(《類經.髒象類》)。
關於三焦的形態，作為一個學術問題，可以進一步探討，但是，這一問題對髒象學說本身來說並不是主要的。因為臟腑概念與解剖學的臟器概念不同，中醫學將三焦單獨列為一腑，並非僅僅是根據解剖，更重要的是根據生理病理現象的聯繫而建立起來的一個功能系統。
總觀三焦，膈以上為上焦，包括心與肺;橫膈以下到臍為中焦，包括脾與胃;臍以下至二陰為下焦，包括肝、腎、大小腸、膀胱、女子胞等。其中肝臟，按其部位來說，應劃歸中焦，但因它與腎關係密切，故將肝和腎一同劃歸下焦。三焦的功能實際上是五臟六腑全部功能的總體。
元氣(又名原氣)是人體最根本的氣，根源於腎，由先天之精所化，賴後天之精以養，為人體臟腑陰陽之本，生命活動的原動力。元氣通過三焦而輸布到五臟六腑，充沛於全身，以激發、推動各個臟腑組織的功能活動。
所以說，三焦是元氣運行的通道。氣化運動是生命的基本特徵。三焦能夠通行元氣，元氣為臟腑氣化活動的動力。因此，三焦通行元氣的功能，關係到整個人體的氣化作用。
故曰：「三焦者，人之三元氣也，……總領五臟六腑營衛經絡，內外上下左右之氣也。三焦通，則內外上下皆通也。其於周身灌體，和調內外，營左養右，導上宣下，莫大於此者也」(《中藏經》)。
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「三焦者，決瀆之官，水道出焉」(《素問.靈蘭秘典論》)。三焦能「通調水道」(《醫學三字經》)，調控體內整個水液代謝過程，在水液代謝過程中起著重要作用。
人體水液代謝是由多個臟腑參與，共同完成的一個複雜生理過程。其中，上焦之肺，為水之上源，以宣發肅降而通調水道;中焦之脾胃，運化並輸布津液於肺;下焦之腎、膀胱，蒸騰氣化，使水液上歸於脾肺，再參與體內代謝，下形成尿液排出體外。
三焦為水液的生成敷布、升降出入的道路。三焦氣治，則脈絡通而水道利。三焦在水液代謝過程中的協調平衡作用，稱之為「三焦氣化」。三焦通行水液的功能，實際上是對肺、脾、腎等臟腑參與水液代謝功能的總括。
「三焦者，水谷之道」(《難經.三十一難》)。三焦具有運行水谷，協助輸布精微，排洩廢物的作用。其中，「上焦開發，宣五穀味，燻膚，充肌，澤毛」(《靈樞.決氣》)，有輸布精微之功;
中焦「泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注於肺脈」(《靈樞.營衛生會》)，有消化吸收和轉輸之用;下焦則「成糟粕而俱下人大腸，循下焦而滲入膀胱」(《靈樞.營衛生會》)，有排洩糞便和尿液的作用。
三焦運化水谷協助消化吸收的功能，是對脾胃、肝腎、心肺、大小腸等臟腑完成水谷消化吸收與排洩的功能的概括。
上焦如霧是指上焦主宣發衛氣，敷布精微的作用。上焦接受來自中焦脾胃的水谷精微，通過心肺的宣發敷布，布散於全身，發揮其營養滋潤作用，若霧露之溉。故稱「上焦如霧」。因上焦接納精微而布散，故又稱「上焦主納」。
中焦如漚是指脾胃運化水谷，化生氣血的作用。胃受納腐熟水谷，由脾之運化而形成水谷精微，以此化生氣血，並通過脾的升清轉輸作用，將水谷精微上輸於心肺以濡養周身。因為脾胃有腐熟水谷、運化精微的生理功能，故喻之為「中焦如漚」。因中焦運化水谷精微，故稱「中焦主化」。
下焦如瀆是指腎、膀胱、大小腸等臟腑主分別清濁，排洩廢物的作用。下焦將飲食物的殘渣糟粕傳送到大腸，變成糞便，從肛門排出體外，並將體內剩餘的水液，通過腎和膀胱的氣化作用變成尿液，從尿道排出體外。這種生理過程具有向下疏通，向外排洩之勢，故稱「下焦如瀆」。因下焦疏通二便，排洩廢物，故又稱「下焦主出」。
綜上所述，三焦關係到飲食水谷受納、消化吸收與輸布排洩的全部氣化過程，所以三焦是通行元氣，運行水谷的通道，是人體臟腑生理功能的綜合，為「五臟六腑之總司」(《類經附翼.求正錄》)。
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三焦理周身之氣，是人體五臟六腑的首領，三焦與人體內分泌系統和微循環血管網有密切聯繫。三焦不通，是各種慢性病根源。
中老年人有多種疾病的主要原因是「病機叢雜，虛實互現，多髒受累」，究其根本就是「三焦不通」，三焦不通是中老年人常見病、慢性病、久治不愈頑固病的總病根。
就會造成經絡淤堵，氣血凝滯，出現高血壓、高血脂、風溼骨病、頸椎病等。
就會造成腰肌勞損、腰部酸痛、椎間盤突出、女性產後風、老寒腰及老胃腸、便秘等症狀。
肝腎功能受阻，就會造成男性腎虛、前列腺疾病，女性氣虛血虧引起更年期綜合症以及婦科炎症。
三焦是個複雜系統，僅用單味或幾味藥物搭配。根本不能適用這個多樣的系統。對老年人患多病、大病、頑固病的治療，必須融數方為一方，合數法為一法。只有選擇一種能科學、有效同時治多種疾病的療法，調理內分泌，平衡陰陽，補充元氣，這樣才能逐漸康復。
打通三焦經最簡單的方法，就是拍。
每天晚上睡覺之前站著或者是坐著都可以。用左手從右邊肩膀開始，沿著胳膊外側的三焦經行走路線，往下拍打。動作快慢一樣，一直拍打到手腕。可以稍微用力達到真懂經絡的作用。
每次至少要拍到八分鐘往上，拍完之後再用食指按揉。陽池穴按摩三分鐘。左面肩膀君用右手，同樣的方法。一定要堅持三個月以上才能完全打通。
還可以用中藥打通。梔子為藥引，加入黃芩，黃連，茯苓，澤瀉，白朮，薏苡，枳殼，桔梗，益母草，煎好後，一天喝一次，或者也可以選用艾灸的方法來打通三焦經。平時喝白杭菊泡的茶，多吃綠色蔬菜。
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