進化認的產生
一直以來大家都認為人是神創造的。
拉馬克提出人是逐漸演化而來的，其理論核心有兩點：用進廢退和獲得性遺傳。論據：長頸鹿的脖子和鼴鼠的眼睛。反對的證據：處女膜。
達爾文之前，地質學上出現的地質漸變論和化石為進理論奠定了基礎 。進化論的核心是：生物進化和自然選擇。達爾文進化論主要 觀點：1生物是變異的。2.變異的方式是一點點地、漸漸地、悄悄地，是反對跳躍式地變異。3.物種有強大的繁殖能力，繁殖數量龐大，大大超過自然的隨能力。所以後代必經大量淘汰。4.有資格做出生死裁決的只有大自然，這就是自然選擇。 反駁：1.盲腸2.孔雀尾巴
進化論內部分成生物進化論和文化進化論，前者認為人是生物進化而來，其理論在《祼猿》和《第三種猩猩》出版後基本肯定，而後者的支持者認為人的文化一直是進步的，是有方向的，這與達爾文的進化論相矛盾。
自然選擇和性選擇
性選擇可以分為性別內選擇（同性之間的競爭，可歸入自然選擇）和性別間選擇（通常是雌性選擇雄性，這表明動物也有審美，受到很多純自然選擇派學者的攻擊）.為什麼性別間選擇的權利在雌性？達爾文派認為因為自然中男多女少，而且雌性要承擔生養後代的任務。但是以華萊士為首另一派提出了很多反例。華萊士認為體色有保護和吸引的作用不是雄性體色鮮豔，而是雌性為保護自己而暗淡。至於雄性的炫耀行為是滿足青春期的需要，累贅理論。 兩者本質的矛盾是生存重要還是繁衍重要。
利他行為
生物界中普遍存在的利他行為成了自然選擇的反例。
打補丁式的解釋：親緣選擇理論（不能解釋無親緣關係的個體之間的利他行為）、合作進化論（雙方可識別、能多次合作，互惠互利）、累贅理論 （表現自己的強大，想獲得同夥的尊敬或者告訴敵人不要把自己當目標）
集大成者是道金斯的基因選擇理論，認為基因是自然選擇的基本單位，基因是自私的，一切看似利他的行為其背後的目的都是讓基因能夠傳遞下去，只要遺傳成功，生命短暫也無所謂。生物在基因的影響下一邊合作，一邊競爭，最終達到一種平衡。
寒武紀物種大爆發
在寒武紀物種在3千萬年內大量出現，對進化論產生了挑戰。也有很多人進行解釋：1.地球漸漸冷卻後，寒武紀溫度正好適合生物的生長。2.溫度變化造成碳酸鈣大幅增加。3.收割理論。一個物種造成海藻覆蓋範圍下降，給其他多個物種騰出了生存空間。4.間斷平衡理論。物種快速形成，保持長時間平衡穩定，然後找機會突變。進化過程就是平衡不斷被間斷的過程。
目前被廣泛接受的是hox基因調控理論，這個基因發生突變會對物種外形產生巨大影響。
關於物種大滅絕 目前發現了五次，沒有普遍接受的理論。二疊紀大滅絕主要解釋有大陸漂移淺海面積變小和海平面上升造成缺氧兩種。白堊紀大滅絕主要理論是新災變論，即彗星撞地球理論。
社會達爾文主義
達爾文主義用到人類社會上，產生了社會達爾文主義，有人希望通過它激勵所以得人去努力提升自己。但是他並沒有一個明確的內涵與外延，於是人們這個理論中找到了競爭的依據，發展到極致就是帝國主義與軍國主義。
由達爾文主義演化而來優生主義（培育優秀人種）和種族歧視理論（通過智商標準剝奪低智商人的生育權力）
新達爾文主義與新拉馬克主義
新達爾文主義：繼承了自然選擇理論，但徹底放棄了獲得性遺傳的達爾文主義，由孟德爾的遺傳理論和之後的基因理論代替。
新拉馬克主義：自然選擇不是真理，最多只能算是生物進化的輔助因素。生物有強大的可塑性，只要環境發生改變，生物也就隨之發生改變以適應新的環境。並且這種變異不是達爾文所說的隨機發生的，而是經過環境的誘導而出現的，或者生物對環境長期習慣的結果，即定向變異。自然選擇雖然可以淘汰不適應的個體，但獲得性遺傳才是真正適應的原因。（基因學說興起後，必須證明遺傳水平上的突變可以傳給下一代，目前無法證明）
兩者本質區別是演化是否有方向。達認為無方向，被動的；拉認為有方向，主動的。
在一次次被打擊後，拉馬克主義者又在分子生物學上找到細菌能夠主動改變自身基因適應環境的證據，但是依然有爭議。拉之所以有市場，是因為其理論有著積極的暗示。
綜合進化論
在自然選擇進化論的發展中集大成的——綜合進化論：生物進化的基礎是遺傳物質的偶爾突變（孟德爾），然後這些突變接受自然的選擇。無論是劇烈的還是逐漸的變化，都不過是基因連續變化的表現而已，這些變化的最終生物學基礎，都源自基因持續的變化。 基因雖然是完整的，呈現一定的不可融合的顆粒性質，但是基因所表現出來的表型在某種程度上是可以混合的（膚色問題）。 分子生物學研究證實生物信息只能從核酸傳遞給蛋白質，而蛋白質無法把大量信息傳遞給核酸，從而根本上否定了拉馬克的獲得性遺傳。
在其內部還存在物種起源於宏觀進化還是微觀進化等多個問題的爭論。
自然選擇的對象
主要學說有三種：群體選擇，正在逐漸式微。個體選擇，以古德爾為代表。基因選擇：道金斯提出的自私的基因為代表，雖然受到挑戰，但是目前為主流。
三個學說正在逐漸整合。
進化論的挑戰
中性突變理論：分子生物學研究發現，在分子水平上，物種是一直在突變的，大自然並沒有產生一點兒嚴厲的選擇力量，大部分大部分鹼基鼓鼓的產生的突變並沒有被自然選擇淘汰。
進化論的拓展
社會生物學，威爾遜用生物學的理論去解釋社會現象和問題。人的選擇是體內化學元素控制的，引出人是否有自由意志的討論。
最終威爾遜提出相互作用論，否定控制人類行為的方式和控制動物本能的方式一樣，部分承認了自由意志和文明的力量。