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歐陽漸、呂澂和熊十力的思想異同。
性寂與性覺兩詞，乃直指出西方佛說與中土偽說根本不同之辨。一在根據自性涅槃，一在根據自性菩提。由前立論，乃重視所緣境界依；由後立論，乃重視因緣種子依。能所移位，功行全殊。」
印度佛學以「心性不與煩惱同類」來理解心性本淨，煩惱是偶然發生的，與本淨的心性「不想順」，因此稱為「性寂」。中國的佛學則以「本覺的意義來理解心性明淨」，人心為萬物本源，即所謂「真心」。人心雖會被煩惱遮蔽，但本心不失，掃除煩惱，就會恢復其本來清靜面目，因此稱為「性覺」。這兩者之間的差異在於，印度佛學重視人心的可能、應然層面，而中國佛學重視人心的現實、實用層面。
歐陽漸、呂瀓堅持的是印度佛學，特別是瑜伽學派的「性寂」的觀念；熊十力認同的是中國佛學，特別是《大乘起信論》的「性覺」的觀念。按照歐陽漸的看法，「覺」是智慧，是用而不是體。歐陽漸及呂瀓認為，強調「性覺」會帶來兩個弊端：一是以能動的功能掩蓋了本體，誇張了主體性、能動性，甚至有可能煽起人們對物質追求的情慾情感；二是強調心性「本覺」，承認「本覺」心性的恆常性，就會弱化、簡化修持。歐陽漸、呂瀓二人對熊十力的批評大體便是基於此兩點展開的。
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太虛法師論熊十力與唯識學的不同。
太虛將大乘佛學分為性空、唯識、真心三系。性空或般若宗以《中觀》等論為代表，堅持「一切法智都無得」，其教以能「厲行趣證」為最勝用；唯識宗以《成唯識論》等論為宗，堅持「一切法皆唯識現」，強調「資解發行」；真如宗以《大乘起信論》等論為宗，堅持「一切法皆即真如」，強調「起信求證」。中土的臺、賢、禪屬於真如或真心系統。太虛認為，熊十力「新唯識論」思想來源主要是禪學和宋明儒學，並且雜糅諸家、融會中西，對於唯識學也有「一蹴而踣之慨」。
總體而論，其理論趣旨更傾向於真如、真心系統，與唯識宗相去甚遠。因此太虛提出，熊十力的思想體系應當名為真心論，不應為唯識論。太虛批評熊十力思想，雖不妨自成一派，但是在說明世間因緣生滅未能超過唯識學，而發揮體用之說也不如華嚴宗的「十玄」理論，「宗在反究心體」，所以，也不過是唯心的「順世外道」而已。
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印順法師與熊十力的思想論辯。
印順也曾指出熊十力的思想，對於般若學及唯識學兩家，「有所取、有所破」 。印順認為，《新唯識論》在修持方法上，相對認同禪宗；而「即體即用」等哲學理論，是他自悟並取證於《大易》的獨到之處。同時，認為：「《新論》是有所取於臺、賢的……《信論》所說的舉體為用，即用為體；稱體起用，即用顯體；全性起修，全修在性；大小無礙；主伴互融；一多相涉等，在臺、賢學者，甚至北朝地論學者，早已成為共識。」
印順又說，《新唯識論》的玄學，雖是體驗的產物，但受到禪宗的影響，於禪宗極為推崇。印順認為，佛法與外道的差異，是般若與禪定，是如實正觀與收攝凝聚的修持方法的不同。
《新唯識論》雖標榜「自家深切體認」，高談性智，但是，從實踐的方法說，重禪定而薄明慧。可見印順認為佛學思想中，臺、賢、禪宗對「新唯識論」的影響遠大於唯識宗。
從上文可以看出「新唯識論」與唯識學的區別，乃在於佛學思想的路數根本不同，精神取向和思維方式根本不同。熊十力融會儒佛，成一家之言，但在思想傾向和學術路徑上接近於真如系統，即中國化的佛學宗派臺、賢、禪宗。在本體心性論上的表現，即是唯識論強調作為本體的心性之德性乃「寂」「靜」，而新論則主張「寂」「靜」必須融攝「動」「有」，甚至認為，正是在拓展現實層面的過程中，在世間追求中，在外王事功的建樹中，更能挺立道德自我。
這一點體現了熊十力在中國走向近代與現代的現實要求的背景下，活化「性寂」「性淨」說的苦心。也正是因為這種時代訴求，熊十力在心性修養論上，認同《大乘起信論》所講的「心性本覺、妄念所蔽」，借突出「覺」的功能意義，強調了主觀能動作用。這種能動作用，一方面是道德修養能動性，另一方面又是認識的能動性，即是德與知雙重的功能。此外，既然承認本覺的心性只是為妄念所遮蔽，覺悟本性始終不變，那麼，去掉妄念即能成佛，於是在修持上也變繁雜為簡易。
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後世對熊十力「融會儒佛」思路的反思
熊十力對唯識學的特別關注，有其特定的時代因素。晚清以來，西方文化與科學思潮湧入中國，同時基督教再次傳入中國，在基層民眾中廣泛傳播。在這種形勢下，中國傳統思想受到嚴重的衝擊，傳統儒家經學的統治地位發生動搖，中國士人階層不再專守儒家，一方面了解、學習西方文化與科學，另一方面，也在積極尋找可與之對抗的本土文化，消解西方文化帶來的民眾文化認同崩潰。中國古代奉行千年的儒家內聖外王之道，在面對傳統社會全面崩壞的局面時，顯現出一種無力感，以往居於統治地位的傳統道德價值體系基本土崩瓦解，社會形成了一個「文化空缺」的時代。
當時中國士人階層面臨著兩方面的需求，一方面是由於內憂外患而產生的經世救世需求，另一方面是由文化空缺而引發的哲學革命需求。佛學，尤其是近代重新傳回中國的唯識學，卻正好滿足這兩種需求。因此，在這兩種需求的夾逼形勢之下，佛學被當時學者所重視，並且迅速勃興。《新唯識論》也是在這種背景下應運而生。
熊十力的《新唯識論》走的仍然是佛教中國化的發展理路，是沿著《大乘起信論》—臺、賢、禪—宋明理學的路子繼續發展。熊十力藉助唯識學的思辨，批判佛學的本體論、心性論及方法論。熊十力挺立儒學所推崇的人本主義思想，積極入世有為的人生態度，批評佛學的出世思想，消解佛學的宗教內核，轉為內聖外王之學。熊十力在批判唯識學的同時，對於中國化的佛教宗派，諸如臺、賢、禪，多有肯定與吸收。中國化的佛學大多強調自性自發，人人成佛，直至人心，不假外求，並且簡化修持方法，加強現世的意義，積極入世。中國佛學的這些基本觀點，都可以在「新唯識論」中發現痕跡。
吸納佛學，改造儒學，本是宋明理學家創建理論時的重要方法。宋明理學家期盼藉助佛學的精深理論改造儒學，試圖對於道德實踐所以可能的根據做形上學論證。這種道德形上學是宋明理學的基本內核，是宋明理學家的基本理論取向。在融會儒學的條件下，成就了宋明理學。熊十力所處的時代，面臨著西學的衝擊，他對於佛學的批判，目的在於回應西學。現代新儒家試圖重建儒學道德本體論，挺立「內聖外王」之學。但是，如果依舊走宋明理學的理路，未免陳舊了些。熊十力強調「先立乎其大者」，這個「大」是絕對的、自明的。這是中國傳統哲學的基本觀點，這種自明的本體，不需要證明，甚至不能證明，這樣一來，就必然會忽視邏輯論證。忽視邏輯論證，直立本根，是中國傳統哲學的特點，但是，也可以說是中國傳統哲學的弊端。
熊十力以回應佛學的迂迴方式回應西學，所得出的結論仍然是人文主義哲學和道德形上學。架構在這種道德形上學的「外王學」，相較於佛學來說，確實有一定的社會實踐意義。但是，相對於西學來說，這種道德理想主義並不能與之對峙。人文主義哲學過於強調人的內在價值，最終必然會滑落至忽視現實。中國傳統哲學所推崇的道德本體論，高拔道德主體，強調道德自律，而淡化認識主體的地位，削弱道德他律的作用，最終也只會流為空談。應對西學的衝擊，應當有更深的思考，並不能完全照搬宋明理學「化佛」的道路。
結語：
熊十力相較於他之前的學者，對於西學有更多的了解，但是，他沒有正確認識到自然科學的意義所在。同時，熊十力也沒有認識到中國傳統哲學相較於西方哲學的不足之處，對於西方哲學的優缺點並沒有進行客觀、深入的評判。熊十力依舊以傳統的思維方式、理論範疇建立哲學體系，企圖以此應對西學，其成果也只能是有限的。近現代中國學者回應西學的過程，就是中國哲學近代化和現代化的過程。但是，回應西學，並不能單純將西學放置在中國哲學的對立面，對其簡單地評定；同時，也不應該對中國傳統思想簡單地褒貶。無論對待中國傳統思想，還是對待西學，都應當有更為謹慎、更為科學的態度和標準。這需要學者對兩者的關係以及何為哲學有更為深入的思考。在這一點上，中國近現代的思想家大多準備不足，中西之間，總有偏向。諸如以熊十力為代表的那一代人，急於滿足時代要求，急於應對西學衝擊，急於再造中華文明，「倉皇應戰」，最終出現諸多「半成品」。的確，由於時代局限，諸位思想家在當時能有如此豐厚的成果實屬不易，但是，其中所顯現出的警示卻不應當被忽視。