精神分析理論屬於心理動力學理論，是奧地利精神科醫生弗洛伊德於19世紀末20世紀初創立。精神分析理論是現代心理學的奠基石，它的影響遠不是局限於臨床心理學領域，對於整個心理科學乃至西方人文科學的各個領域均有深遠的影響，它的影響可與達爾文的進化論相提並論。它有以下幾種基本理論：
一、精神層次理論
該理論是闡述人的精神活動，包括欲望、衝動、思維，幻想、判斷、決定、情感等等、會在不同的意識層次裡發生和進行。不同的意識層次包括意識，潛意識，下意識和三個層次，好像深淺不同的地殼層次而存在，故稱之為精神層次。
二、人格結構理論
弗洛伊德認為人格結構由本我、自我、超我三部分組成。本我即原我，是指原始的自己，包含生存所需的基本欲望、衝動和生命力。本我是一切心理能量之源，本我按快樂原則行事，它不理會社會道德、外在的行為規範，它唯一的要求是獲得快樂，避免痛苦，本我的目標乃是求得個體的舒適，生存及繁殖，它是無意識的，不被個體所覺察。
三、性本能理論
弗洛伊德認為人的精神活動的能量來源於本能，本能是推動個體行為的內在動力。人類最基本的本能有兩類：一類是生的本能，另一類是死亡本能或攻擊本能。
四、釋夢理論
弗洛伊德是一個心理決定論者，他認為人類的心理活動有著嚴格的因果關係，沒有一件事是偶然的，夢也不例外，絕不是偶然形成的聯想，而是願望的達成，在睡眠時，超我的檢查鬆懈，潛意識中的欲望繞過抵抗，並以偽裝的方式，乘機闖入意識而形成夢，可見夢是對清醒時被壓抑到潛意識中的欲望的一種委婉表達。夢是通向潛意識的一條秘密通道。通過對夢的分析可以窺見人的內部心理，探究其潛意識中的欲望和衝突。通過釋夢可以治療神經症。
思想觀點
弗洛伊德對兩種既相互聯繫又相互區別的原理有很大的影響：他同時發展了人類心理構成和內部運作的原理以及心理的組織狀況是如何決定了人的行為。這使得他贊成嘗試用一些臨床技術來幫助治癒精神疾病。他在理論上闡述了人格的發展是基於個人的童年經驗。在他的哲學著作中，他主張一種無神論的世界觀；他被頌揚為「二十世紀無神論者的試金石。」
主條目：潛意識
弗洛伊德對當代思潮貢獻最著者，為其動態潛意識之概念。19世紀西方主流思潮為實證論，相信人可取得關於自身及其所處環境之真實認知，並以明智判斷予以掌握。弗洛伊德則認為自由意志本為幻念，人無法全然意識到自我，且行為之因與意識層次所思，關係極微。潛意識之概念可推翻以前理論的原因，在於弗洛伊德提出意識的層次之說，「在表層之下」另有思緒運作。弗洛伊德稱夢為「通往潛意識之王道」，提供參與潛意識生活的最佳入徑，是說明潛意識「邏輯」之佳例，此邏輯與意識層次思緒之邏輯迥異。弗洛伊德在其夢的解析一書，發展最初的心理拓樸學，論證潛意識之存在，並描述如何參與潛意識之法。潛意識（the preconscious）則被視為存於意識與潛意識之間的思緒層，欲探求之不難。弗洛伊德認為啟蒙理念、實證論、與理性論之完備，可藉由理解、轉化、與掌控潛意識而得，而非給以否認或壓抑。
主條目：性心理發展
弗洛伊德相信個體原欲的發展，如升華（sublimation）概念所示，為不斷轉換客體。人生來即屬「多相變態」（polymorphously perverse），任何客體都可能成為快感之源。隨不同發展階段，人會固著於特定欲望客體——初為口欲期（oral stage）（如嬰兒因哺乳產生的快感），繼之以肛欲期（anal stage）（如小兒控制腸道產生之快感），隨之為性器期（phallic stage）。孩童接著經歷固著性慾於母親之時期，即所謂戀母情結，但因此欲望有著禁忌的本質，必須予以壓抑——較不為人知的戀父情結（Electra complex）則是性慾固著於父親。
弗洛伊德希冀此模型能放諸四海皆準，故轉求古典神話和當代民族志為比較素材。弗洛伊德戀母情結一詞，原名俄狄浦斯情結（Oedipus complex），即取自著名希臘悲劇作家索福克裡斯之名作《俄狄浦斯王》（Oedipus Rex）。弗洛伊德說：「我從自己身上發現對我母親的愛，對我父親的妒。如今我認為此乃孩童遍存之現象。」弗洛伊德嘗試於心理動態層面落實此發展模式。每一階段均為邁向成人的性成熟期之進程，該成熟期將產生堅實自我，並發展出延遲欲望滿足之能力。（參見《性學三論》（Three Essays on the Theory of Sexuality））。弗洛伊德視俄狄浦斯衝突為性心理發展與啟蒙之型態，藉此指出他所確信人性對亂倫的渴求，與壓抑此欲望的必要。他轉求文化人類學對圖騰崇拜的研究，主張此崇拜以儀式性演繹，正反映出部落型態之俄狄浦斯衝突。
任何對弗洛伊德思想的討論，其影響力深遠又爭議不斷，關於女性角色與心理層面之議題，便無法稱之完備。雖弗洛伊德為早期提倡女性自由與教育之健將（參見其〈開化性道德與當代神經失衡〉（Civilized Sexual Morality and Modern Nervousness）），一些女性主義人士辯言，不過弗洛伊德對女性性發展的看法，讓西方文化中女性的進步倒退數十年，向男尊女卑的意識型態靠攏。弗洛伊德相信女人為殘缺之男，必須學習接受自身的毀傷（缺了陰莖），謹記想像的生理誡命。他據此提出陰莖欽羨與閹割恐懼等術語，描述欲於家庭以外場域，展其才學的女性心理，不僅「豐富」了歧視女性的辭藻，更造成1970年代以前，女性教育權的傷害，增加女性進入傳統以來由男性主導之社會場域的障礙。
雖弗洛伊德的論點受到關心女性平權人士質疑，然而朱立葉·米契爾（Juliet Mitchell）、南西·查德羅（Nancy Chodorow）、潔西卡·班哲明（Jessica Benjamin）、珍·蓋洛普（Jane Gallop）、珍·弗萊斯（Jane Flax）等女性主義理論家，認為精神分析理論與女性主義所謀者並不分馳，可面對如其他理論傳統，將其納為己用，去除其中性別歧視成分。另一女性主義者舒拉米斯·費爾史東（Shulamith Firestone），也認同弗洛伊德理論對女性主義運動仍有所用。在其〈弗洛伊德主義：誤導之女性主義〉（Freudianism: The Misguided Feminism）一文中，認為弗洛伊德的論點基本上可謂正確，除一重要細節須作修正：即弗洛伊德寫道「陰莖」處，都可換為「權力」一詞。
此外值得注意處，為弗洛伊德早先認為歇斯底裡症（hysteria），源自孩童時期之性逾矩（sexual abuse），但之後捨棄此稱為誘姦理論（seduction theory）的說法（參見其《性逾矩索引》(The Index of Sexual Abuse)），直言許多案例中均發現，孩童時期性逾矩之記憶，並非出自事實，多源自於想像。轉而重視俄狄浦斯理論，認為人潛意識均希望與雙親發生性關係。
主條目：本我、自我與超我
在其晚年作品中，弗洛伊德提出心理可分為三部分：本我、自我與超我（id, ego, and superego）。
潛意識的本我（拉丁字為「it」，原德文字則為「Es」）代表思緒的原始程序—我們最為原始，屬滿足需求的思緒；此字為弗洛伊德根據喬治·果代克（Georg Groddeck）的作品所建。同屬潛意識的超我（德文字為「über-Ich」）代表社會引發生成的良心，以道德及倫理思想反制本我。大部分屬於意識層次的自我（Ich）則存於原始需求與道德/倫理信念之間，以此平衡。健康的自我具適應現實的能力，以涵納本我與超我的方式，與外在世界互動。認為心智並非具單一與同質性之物的立論，仍深遠的影響著心理學領域以外的人們。弗洛伊德極為關注心智這三部分之間的動態關係，特別是三者間產生衝突的方式。
這三個系統錯綜複雜，交互作用，從而產生各種行為和思想。本我要求自我滿足其欲望，超我則要求自我將欲望壓抑下去，自我則調和兩方面，依照現實環境，採取適當措施。
主條目：心理防衛機制
弗洛伊德認為自我為解決超我與本我之間產生的衝突，會使用心理防衛機制。使用這個機制需要愛欲（Eros）——此為希臘愛神之名；羅馬神話則名為丘比特（Cupid）。若適當使用，防禦機制可減緩超我與本我間之衝突，但過度或過當使用，而不正視面對衝突，則會造成焦慮或產生罪疚（guilt），最終將導致如抑鬱沮喪的精神失衡。弗洛伊德之女安娜·弗洛伊德，在防禦機制領域的研究相當傑出，但她將首開防禦機制先河的榮耀歸於其父。防禦機制有以下數種：否認（denial），反應結構（reaction formation），轉移（displacement），壓抑/抑制（repression/suppression），投射（projection），理智化（intellectualization），合理化（rationalization），補償（compensation），升華（sublimation），及退化情感（regressive emotionality）。
「否認」為避免去意識到對自我產生威脅的不快事實或現實。例如學生接到表現不佳的成績單，而對自己說成績並不重要——有早期研究者辯稱，弗洛伊德的「否認」，與尼採歸為奴隸或畜群道德的「憤懣」（ressentiment ）和「價值的再價值化」（revaluation of values）等概念，相似性極高。
「反應結構」為意識性的採取某種與潛意識的欲望完全相反的進向。例如某人強烈仇視某一種族，宣稱其理由為該種族低下卑微，但潛意識而言，是其人感覺自身低下卑微才有此說。
「轉移」為情緒從危險物轉向安全物。例如擊打枕頭，以避免攻擊某人。
「壓抑」為下意識的將極度痛苦的經驗（如戰爭創傷），強制驅離意識層次；「抑制」則為有意識的進行同樣工作。
「投射」是將基本上本屬自身一部份某種不快的思緒、動機、欲望、或情感，投射到他人或他物身上。例如一個吝嗇的人會說別人愛斤斤計較，而一個不願承認自己滿腦子想著性的人可能愈容易對別人成天想著性的樣子感到憤怒。
「理智化」為在情感上讓自我脫離壓力事件。理智化通常不透過接受現實，而經由合理化解釋來進行自我脫離。
「合理化」為透過建構邏輯的正當性來作出某個決定，而此決定最初的形成原因，來自完全不同於合理化的其他精神狀態。例如甲為了聽自我成長課程而購買MP3播放機，但卻怕真正的理由無法被人苟同，而告訴友人是為了聽古典搖滾才購買播放機。
「補償」乃因無法達成某種行為，而代之以另一種行為。例如第一個小孩很會讀書，第二個小孩可能常逗父母開心來博取注意。
「升華」是將衝動導引至社會認同的行為上。如以黑暗陰沉之詩描寫人生的女詩人愛蜜莉·狄金森，其創作活動即為一例。
「退化情感」指行為回朔到較幼年期（較早發展階段）中的愉悅及滿足的行為，藉此平衡心理衝突。其常見的例子包括咬指甲、吸姆指、過度進食、易怒與小孩腔調。
生死驅力
弗洛伊德相信人類由互相衝突的兩種欲望所驅動：原欲能量愛欲與死亡驅力死欲。弗洛伊德所說的愛/原欲，包含所有創造性、及產生生命的驅力。死亡驅力（Death Drive）（或死亡本能）代表一切有生之物內在的衝動，欲回歸至平靜狀態，甚至最終回到不再存在。弗洛伊德直到晚年才認知到死亡驅力，而這兩種驅力的對照，代表了弗洛伊德思想風格的一大革命。
宗教心理學
弗洛伊德於不同作品中解釋宗教起源。《圖騰與禁忌》（Totem and Taboo）一書，提出人類起始以「原初部落」方式群聚，此多配偶制（polygamy）組合，包含了一男、多女、及其子嗣。依弗洛伊德精神分析理論，男孩生命早期對母親抱有性慾，此戀母情結為普遍存在的現象。父親有保護部落的能力，因此男性愛慕他，但也同時因父親與眾母親的關係而嫉妒他。兒子們了解獨力無法擊敗領導者父親，故合力予以殺害，之後以祭儀宴饗形式啖之，藉此將父親的力量納入己身。然而眾子之後背負的罪惡感，也使其強化對父親的回憶，並予以祭拜。超我便如此取代父親，形成內化的威權之源。部落內也由此產生亂倫與婚姻的禁忌，並以象徵性的動物犧牲（獻祭）（sacrifice）取代儀式性的活人宰殺。
《摩西與一神論》（Moses and Monotheism）一書，則根據弗洛伊德裡論重建聖經歷史，然而聖經學者與歷史學史家，因其說法與現存可信史料不符，不予接受。弗洛伊德思想在《幻象之未來》（The Future of an Illusion）一書另有發揚。論及宗教為一種幻象（illusion），弗洛伊德強調其為一幻奇結構，人若要進入成熟期，必須脫離此結構。弗洛伊德對潛意識的處理，則偏向無神論。
心理療法
弗洛伊德身受醫師訓練，因此深信其研究與成果為科學產物。然而他的同僚及晚後的心理學者與學院人士，對他的研究與實踐多所批判。如朱立葉特‧米契爾（JulietMitchell）等人，提出其中緣由在於弗洛伊德基本立論──即潛意識的懼怕與欲望，啟動我們意識層次的思想及行為──挑戰了關於世界本身，屬於普遍性與客觀性的看法。某些擁護科學人士，認為此說讓弗洛伊德理論失效，使其成為詮解人類行為的一種方式。另擁護弗洛伊德人士，則認為此說同讓科學失效，也使其成為詮解人類行為的一種方式。今日的精神分析，仍與弗洛伊德生前所經歷的醫學與學院，維持相同的曖昧關係。
當今嘗試治療心理疾病的精神治療師，以不同方式與弗洛伊德精神分析產生關連。某些治療師修改弗洛伊德取向，發展各種精神動態（psychodynamic）的模式與療程。有些則拒斥弗洛伊德的心理模型，但將其療法的某些部分，特別是其中仰賴患者言談以治療形式者，加以改編再使用。精神醫師（psychiatrists）身受醫學訓練，但如同弗洛伊德時代的醫師，多排斥弗洛伊德的心理理論，療程中不重視言談，而多仰賴激活心理藥物（psychoactive drugs）。
弗洛伊德的心理理論之今爭議仍大，許多重要的學院與研究領域之精神醫師，認為他不過是個郎中；但也有其他這方面的重量級人士，認同弗洛伊德的理論核心。精神失序常視為純然的腦疾，基本上屬遺傳性病源。此觀點強調心理疾病的生理構成。弗洛伊德則相信大部分的精神失序，源自生理構成與環境因素之共成，何者較為重要，則因人而異。