《玉皇心印經》分為三段，分別敘述三階修煉法門。首段認為最上等的藥，分為三個品級:就是人身中的神、氣、精三者。此三者若有若無，深隱難測。平時的修煉功夫，須要凝神虛靜 (存無)， 存無的狀態，配合功法，不加神識，其實「有」已經在作用。此即為存無守有之妙旨。
所有法門修煉，重在調和呼吸，使回復先天元氣，將氣與神化合(迥風混合) ;如此用功百日，即有功效靈驗。逐漸修煉，(默朝上帝)，如此修行十二年，可以飛升成仙。以上是《玉皇心印經〉第一段「上藥三品，神與氣、精。恍恍惚惚，杳杳冥冥；存無守有，頃刻而成。迥風混合，百日功靈；默朝上帝，一紀飛升。知者易悟，昧者難行。」經文大意。
此經經文第二段敘述了呼吸調息之法，及其修煉次第如下:順著一日中的良好時辰，如子時午時，卯時酉時沐浴、溫養等方式來修煉，修煉首先由調和呼吸做起;配合意念來進行，用以育養清陽之氣。使有形無形真氣由口鼻出入，真氣似有似無，綿綿不斷。使我們修行的根基隱固。
人體內各自有精氣，修煉之法，在煉後天之精，使和元精元神相合;再煉神合元氣，使神養氣;再使氣結成聖胎真體。如不能結成聖胎，都只是強取名號而已。元神能透入金石中，元神能使形體飛升，進入水中不會淹溺，進入火中不會焚毀。此是《玉皇心印經》第二段經文「履踐天光，呼吸育清。出玄入牝，若亡若存，綿綿不絕，固蒂深根。人各有精，精合其神；神合其氣;氣合其真。不得其真，皆是強名。神能入石，神能飛形；入水不溺，入火不焚。」文意。
此經第三段，敘述了精、氣、神三者之關係，認為元神依憑形體而存在，元精依靠元氣始能充實。修道者須使精、氣、神三者相依，才能使形體永不毀敗，像松柏一般永遠青綠。精、氣、神三者同歸於一個道理，其奧妙處是難以俱述的。精、氣、神三者相聚，才能結聖胎，使生命永存；三者相散，則將使生命凋散敗亡。
接著經文並敘述了得胎後的身體變化，以為煉就聖胎，將使七竅相通達，使每一竅都充滿光明。像日月一般，光芒照耀於體內。且一成就內丹聖胎，便可以永久保有它，身體自然輕盈，衝和之氣充滿身中，肌骨散發出像瓊玉般舒暢清涼。再者，結丹聖胎，就會神通變化;不能獲得結丹，生命就日漸衰老傾危。
內丹既已形成在身中，就已不是原來的白虎(氣)， 也不是青龍(精)。誦唸萬遍，自然就能明白其中奧妙的道理了。此是經文第三段的大意，其原文為:「神依形生，精依氣盈，不凋不殘，松柏青青。三品一理，妙不可聽。其聚則有，其散則零。七竅相通，竅竅光明;聖日聖月，照耀金庭。一得永得，自然身輕；太和充溢，骨散寒瓊。得丹則靈，不得則傾。丹在身中，非白非青。誦之萬遍，妙理自明。」此段經文中，除了精氣神三者之關係的敘述，是修習丹道者所重外；另外值得注意者，則有二事:其一為敘述內丹成就，得道後的身體狀況，所謂:「七竅相通，竅竅光明，聖日聖月，照耀金庭。」《玉皇心印妙經》為道教內丹修煉心法，經中所敘者，包括了精、氣、神人身三寶間的關係，及修煉次第。此經的撰作年代，如據南宋景定年間李簡易曾為作注看來，則疑應是唐末五代至北宋間的產物。
《玉皇心印妙經》常附錄於《高上玉皇本行集經》之卷末，做為玉皇以心印心的修煉心法。