（1）辨方證，求主症——大柴胡湯的主症是口苦、大便幹
辨方證論治體系著重強調的是「方證」。方證的「證」是指使用該方的適應症(或指徵)。辨方證論治體系為臨床面對錯綜複雜的疾病提供了比較好的辨證思路，即有是方證，用是方。在具體臨床實踐中，見到某方的主症，即可考慮用此方，然後再仔細分析用之。何慶勇主任認為《傷寒雜病論》的撰寫過程是由方證直接到方，臨床只要熟記經典，辨方證，求主症，診斷疾病和用藥就可達到高度一致，可以執簡馭繁，也有利於中醫的傳承。
凡是面色偏紅，往來寒熱，心煩喜嘔，胃脘部脹滿，按之疼痛，大便乾結或挾熱下利，苔黃，脈弦而有力等的方證者，特別是符合「口苦、大便幹，或按之心下滿痛」主症者，無論西醫診斷何種疾病，均可用之。
（2）重視腹診——大柴胡湯的腹診是「按之心下滿痛」
腹診屬於中醫切診的範疇，醫者通過腹診進行觸摸按壓，可以客觀反映病變的部位和疾病性質，並可以指導用方。腹診很早就被用於診斷疾病，在《五十二病方》中就出現「腹痛」、「心腹疾」等病名。在《黃帝內經》《難經》中多有論述。而《傷寒雜病論》更是繼承及發揚了腹診，在《傷寒論雜病論》中的腹診十分豐富，分為診胸脅、心下、腹、腹水、積聚、少腹、臍等。可見腹診在中醫診斷疾病中具有重要意義。
大柴胡湯腹診屬於診心下，在《金匱要略·腹滿寒疝宿食病脈證治第十》中述: 「按之心下滿痛者，此為實也，當下之，宜大柴胡湯。」故大柴胡湯的腹診是腹部膨隆，胃脘部按之緊張疼痛，凡是見此腹診，無論那一科疾病，均可考慮運用大柴胡湯治療。
（3）遵循經方相對劑量
經方藥少而精，十分注重劑量。經方的劑量一般有兩層含義: 一是指經方的絕對劑量，如大柴胡湯中柴胡為八兩，經方1兩的量值相對於現代13.8g，則換算成現代劑量為110.4g，因劑量較大，臨床鮮有應用。二是指經方中各藥物的相對劑量(比例關係)，經方素有組方慎密，用意奇，用藥巧的特點，如果改變劑量，就改變了經方原來的功效。
關於大柴胡湯的運用，原方為柴胡半斤，黃芩三兩，芍藥三兩，半夏半升，生薑五兩，枳實四枚，大棗十二枚，大黃二兩。這些劑量遠超過《中華人民共和國藥典》的劑量上限，臨床若想按原方劑量應用，多有不便。故何師在臨床中更注重原方劑量的比例關係，何師認為雖然減量應用，只要比例遵從仲景，方劑中的君臣佐使配伍關係不被破壞，發揮整體團隊作用，往往也能取得較佳療效。 何慶勇主任認為大柴胡湯臨床取得最佳療效的關鍵在於柴胡的劑量應最大，柴胡一般應為其他藥物的2倍。方中柴胡用大劑量的原因：一是遵循仲景原義；二是《神農本草經》記載「柴胡味苦，平，主心腹，去腸胃中結氣。飲氣積聚，寒熱邪氣，推陳致新」，說明柴胡主治心腹及腸胃凝結之氣，有推陳致新之功。而清·徐靈胎《神農本草經百種錄》中認為柴胡為腸胃之藥，氣味輕清，能疏導胃脘的滯氣。柴胡既可疏導少陽氣機，又因其推陳致新，可幫助大黃疏導腸胃滯氣與滯物，治胸脅硬滿，大便幹的實證。其次，生薑劑量亦應較大，大柴胡湯的生薑比小柴胡湯劑量增加了二兩，其原因在於生薑味辛能散，可佐制大黃及枳實的苦瀉之性，能止嘔，去水飲，消散凝結邪氣，故生薑加量。
（4）經方疊用
經方疊用是方劑應用的特殊形式，是在中醫辨證論治思想指導下將兩首或兩首以上經方相合為用。在臨床實踐中，患者病情單一的比較少見，往往是多種疾病夾雜在一起，故在分清症狀主次的情況下，常常把幾個方劑疊在一起使用。疊用經方也可增加方劑的運用範圍，提高臨床療效，產生新的功效。
現就大柴胡湯經方疊用經驗，列舉如下：若患者症見全身(特別是鞏膜)黃如橘子色，小便不利，赤澀而短，頭頸部汗出，苔黃膩，脈弦數，則合用茵陳蒿湯；若症見發熱，不惡寒，尿 赤口苦，口渴，舌黃膩，脈洪大，則可合用白虎湯；若症見咽中如有物堵，咳嗽，黃黏痰，咽之不下，吐之不出，舌紅，苔黃膩，脈弦滑，則可合用半夏厚樸湯；若患者體格壯實，症見發熱，汗出，氣喘，咳嗽，痰黏，舌質紅，苔黃，脈滑數，則合用麻杏石甘湯。