君主也必須控制人民的宗教，因為宗教一旦打入了人心，就可以成為破壞的力量。霍布斯提出了一個概括的定義：「自故事中得到一種心靈的錯覺，而對無形力量產生恐懼，如果該故事為公眾所允許的即成宗教，否則則為迷信。」他如此貶低宗教為一種恐懼、想像、假裝，但他在別處則又稱它為對事情、事件發生原因的追尋，這追求事情原因的結果，使得必須去相信「這裡一定有一個第一因，一切事件發生的第一個及永久的原因，這就是一般人所稱的上帝」。人們很自然的想像出這個第一因就像他們自己一樣是個人，有靈魂、有意志，只不過比他們更有能耐。他們將一切自然發生的事而不為他們所了解的都歸因於此，那就是神意的前兆。有四件事是宗教形成的自然因素：鬼怪的意見，對第二因的無知，皈依人們所恐懼的，以及認就一切有原因的事都可以預知。
這些宗教借著一般人不同的想像、判斷、感情因素而形成不同的儀式，而某些人所熟悉的儀式在他人看來，大多認為是荒誕可笑的。霍布斯是自然神論者而不是無神論者，他承認有一位極聰明的神，但又說「人們……所熟知的上帝，並非真的上帝」，我們不該認為上帝有形象，因為一有形象就固定了，有了在此或在彼的限制，「因為不管怎樣，一佔有地方就被限制、被固定了」，一有形象，就既不能動又不能休，更不能表現憂傷、後悔、憤怒、慈悲、需求、嫌惡、希求以及其他的欲望。總結霍布斯說：「上帝的個性是不可揣測的。」他也不願視上帝為無形的，因為我們不會相信任何無形體的東西，也許「精神」就是微妙的有形體的東西。既已說明了何為宗教，何為上帝，霍布斯主張以宗教作為政府的工具或僕人，因為他仍強調政府的重要：名門大族中，首先建立起共榮體的人，或共榮體的立法人。
他們的目的，在使人民服從以及平安，果真如此，他們就須常常記住：首先，在人民心中造成一個印象，他們所信仰的宗教，不是他們自己想出來的，而是受命於某個神，並且使他們覺得君主們不似平民大眾，而具有更多的天性，使得政府的法律能較容易被他們接受。因此，龐皮利烏斯在羅馬假裝他在埃吉麗婭女神主持的儀式下就職，另外古秘魯王國的締造者，也假裝自己及妻子是太陽的兒女，而穆罕默德也假裝與聖靈有關而建立他的宗教；其次，他們必須注意去造成另一種印象，就是凡不悅於神的都將為法律所不容。霍布斯唯恐有人會據此推論，摩西以同樣方法定下他的法律，他對火的敏感，因此又說，在猶太人中的宗教，是「上帝本身借著超自然的關係創立的基督教」。但是，他在歷史事件中找支持自己視宗教為政治工具的史實。
因此，宗教的理論及儀式就必須受政府的控制，如果教會獨立於國家之外，就將有兩個君主，或者說沒有君主，而人民也將被這兩個君主撕碎。鬼神有權力確定什麼是罪惡，這就與法律的權責相衝突了……當這兩個勢力互相衝突時，共榮體如何能存在？反而會陷入內戰以及崩潰的危險中。在這種衝突中，教會機會較好，「因為凡有點聰明的人，都會在相信他自己已經被定罪或拯救的情形下，絕對的服從」，當精神的力量能「借著它能懲罰的恐怖，以及對酬勞的希望」。影響一個人，以及「借著奇怪又生硬的字眼使人們不解，就這樣去迷惑群眾，因此就能壓迫共榮體使之傾覆，或者使之陷入內戰中」。惟一能避免這種混亂的方法，霍布斯以為，就是要教會屈居國家之下。當天主教會反對他這個結論時，霍布斯即將它視為他哲學中最大、最頑強的敵人而反擊它。
他進入對《聖經》的一些「高級批判」，懷疑摩西是否是《摩西五經》的作者，並將該書的歷史年代考訂得較正教傳統中的為晚。他建議基督教只應該以有「基督耶穌」的信仰為足，而其餘的部分則應以公意而改變，使之能在公共的秩序中存在。這樣限制教條實際上不僅支持了政府，並且幫助政府宣傳這種觀念。他也同意教皇所說，在一個國家中只能容忍一個宗教存在。他勸告公民們，不要躊躇，不要批判，就去接受君主所信仰的宗教，把它當做對道德、對國家的一項責任，因為宗教中的神秘，就有如藥之於疾病，如果一口吞下就能治癒病情，但如果咀嚼它，它會一點效果也沒有。他這個影響使得一般英國人都以為基督教只成為國家的法律中的基督教。在《利維坦》一書中最後一段，他說：「因此，由於當前的混亂……沒有偏見，沒有完整、成熟的一套計劃使人民一面服從，一面受到保護，這件事引起我對民事及教會政府的推論，至此結束。」
他對宗教及政治不平等的看法並未廣泛地被接受。在查理二世周圍的法國人，當然歡迎霍布斯的理論，為王權辯護，但他們卻指責他的唯物論，認為縱使不是有辱神明也是輕率之舉；並且他們頗以為悔，認為這位哲學家在他們最需要一位天主教國王的幫助的時候，居然費了偌大的篇幅去攻擊天主教教會。在清教徒及英國國教徒中也掀起了鼓譟聲，反對霍布斯的著作，「不許霍布斯再回朝廷」。當霍布斯發現他自己在法國沒有朋友、沒有保障的時候，他決定在英國的克倫威爾處得到平安，因此又回到英國。根據伯內特大主教說，霍布斯在《利維坦》一書中，放了些字句，「以取悅共和黨人」。這不能確定，但有一事可確定，即不論如何，革命一開始時一定是不合法，而成功時卻有其地位，再胡亂雜湊以對絕對君主的絕對服從這一基本原則來規範社會。最終的「檢討與結論」部分，看起來像是一種追憶，解釋人民如何才從對一個國王效忠轉為對另一個新政權的效忠。
該書出版於倫敦，當時霍布斯仍居住在巴黎。也就在是年年尾嚴冬的時候，他渡海到英倫，並且在德文夏伯爵處找到安身之處。德文夏伯爵很早就屬於革命議會，霍布斯也投身其中，而且被它所接納。這哲學家借著由伯爵處得來的一些養老金過活，並搬到倫敦，因為在鄉下，「與博學的人談天的願望很難達成」。此時，他已是63歲的老人了。漸漸的，他的書有了些人看，批評的人也蜂擁而至，教士們一個接一個地來替基督教辯護，並詢問誰是那位反對亞里斯多德、牛津國會以及上帝的「怪獸」。霍布斯膽子小，但他仍然是個鬥士。1655年在《哲學的要素》一書中，他重申唯物的、決定論的意見。德裡地方飽學的主教約翰·布拉姆霍爾在《利維坦的感人性》一文中，替霍布斯除去了鉤子，因為別的教士仍認為「鉤子仍然在霍布斯的鼻子上」，但是對他的攻擊幾乎到他死方止。
克拉蘭頓伯爵由衡平法裁判所失權以後，曾出版一書名為《霍布斯先生之書：利維坦中論宗教與國家部分的危險與有害的謬誤的鑑定與要點》，以掩飾他的被逐。在322頁中，他行文頗有系統，以流暢而堂皇的詞句逐個地辯駁別人的論點。克拉蘭頓的言辭表現出他在官場中有過足夠的經驗，他譏笑霍布斯，以為他沒有負起將他理論與實際政治調和的工作，並且他希望：「霍布斯先生，應該到國會一趟，或到樞密院一坐，在地方法院以及裁判所列席，使他因而能發現他的思慮，以及他的論斷，不管多麼深刻，或是根據於哪些哲學的觀念，甚至根據於幾何定理，都已經引導他走入對政治的錯誤觀察。」並非所有對他的批評都是這樣的溫和。在1666年下院曾命令它的一個委員會收集有關該書為無神論、死神、褻瀆神明、反對神的本質、特性等等的資料，特別是懷特的書，以及霍布斯所著的《利維坦》。