水生植物能吸收和富集水體中的有毒有害物質，對水體能起到很好的淨化作用，被認為是維護水生生態系統的關鍵。
利用水生植物淨化汙水，常用的處理方式有三種：
1、淨化塘
淨化塘是以某種水生植物佔絕對優勢而組成的特殊水生生態系統，這個系統通過水生植物群落的阻濾、沉降、吸附等物理作用以及植物體的吸收、積累等作用而達到對汙水的淨化效果，常用的有鳳眼蓮淨化塘、再力花淨化塘、香蒲植物淨化塘等。
淨化塘在國內外發展都比較快，從淨化生活汙水發展到淨化工業廢水、城市混合汙水等，處理規模越來越大。能淨化汙水的水生植物種類越來越多，從前以一種植物為主，現在多種植物搭配，相互取長補短，達到最佳的淨化效果。比如選用耐寒植物伊樂藻和喜溫植物鳳眼蓮及菱，組建成常綠型人工水生植被，不僅使水體常年保持好的水質，而且對外來汙染的衝擊有很強的緩衝能力。
2、人工溼地系統
人工溼地是應用物種共生、物質循環再生原理建設的綜合生態系統，利用土壤、人工介質、植物、微生物的物理、化學、生物三重協同作用對汙水、汙泥進行處理的一種技術。
水生植物合理搭配，能充分發揮不同植物各自的優勢，比如常綠植物與季節性植物相搭配、吸收氮元素較多的植物與吸收磷元素較多的植物搭配等，使溼地系統達到更好的處理淨化效果。
人工溼地廣泛應用於處理水量不大、水質變化不大的中、小城鎮。它能促進廢水中汙染物質良性循環，同時充分發揮資源的生產潛力，獲得汙水處理與資源化的最佳效益。如蘆葦溼地，可用於處理生活汙水和部分工業廢水，蘆葦可用作家畜飼料、可造紙及其他工藝品，兼具的生態效益和經濟效益。
3、生態浮島
生態浮島採用一些能漂浮於水面的材料，人工搭建拼接組裝成不同的造型，供動植物和微生物生長、繁衍、棲息。利用水生植物、動物、昆蟲以及微生物在自然水環境中的吸收、攝食、消化、分解等一系列生物、化學功能，實現富營養水體的生態治理。
生態浮島是一種既具有汙水處理功能，又兼備園林水景效果的多功能生態設施。一般的水生植物都適合在浮島上種植，常用的有黃菖蒲、美人蕉、風車草、香蒲、石菖蒲、鳳眼蓮等。
相對於人工溼地技術，生態浮島技術較小受到河道、湖泊空間和水位變化的限制，在許多固化程度很高的河道、水位波動大的水庫、因波浪影響難以恢復岸邊水生植物帶的水域，得到廣泛的應用。