元月5日晚上，臺灣國家發展委員會前主任委員管中閔在強敵環伺下當選臺灣大學校長，跌破眾人眼鏡，大家紛紛在問：「為什麼是管中閔？」
外界如此驚訝不是沒有道理。當時角逐臺大校長的八位候選人包括中央研究院副院長周美吟、前副院長王汎森、臺大歷史系特聘教授陳弱水（曾任中研院前院長李遠哲助理）、臺大副校長張慶瑞和臺大電機資訊學院的陳銘憲等人。管中閔不僅「血統不純正」（他從文化大學畢業，國府遷臺後的歷屆臺大校長都是臺大畢業），曾在前朝馬政府當官的資歷更是「政治不正確」，包括管中閔也自認當選概率不高，元月3日還去做了眼睛白內障手術，乍聞自己當選的消息時，「眼珠子都快掉出來了！」
選前媒體曾報導，李遠哲系統人士為確保票源集中在周美吟或陳弱水身上，在遴選過程的第一階段不惜先犧牲王汎森。因此外界預測臺大校長不是由中研院掌控，就是操在臺大學閥的手裡，萬萬沒想到向來瀟灑霸氣、人稱「管爺」的管中閔意外出線。
知情人士稱，臺大近年來陷入學術倫理風暴，且在國際排名節節落後，臺大士氣甚為低迷，因此提出「臺大最大的挑戰是需要變革」的管爺，方能以黑馬之姿勝出，在最後兩輪選舉中都拿到最高票。
原以為此事就此塵埃落定，未料數日後攻擊管中閔的戲碼才一一登場。
先有臺大學者投書親綠的《自由時報》，指管中閔兼任臺灣大哥大電信公司的獨立董事，但他參選前未揭露此信息，且臺灣大哥大是富邦金控的子公司，而富邦金控董事長蔡明興正是臺大校長遴選委員之一。言下之意，管中閔欺瞞在前，蔡明興又未利益迴避。
然而，臺灣大哥大是上市公司，管中閔出任其獨立董事，不僅曾發布重大消息，且臺大去年6月核准此事，並和臺灣大哥大籤訂回饋金契約。臺大後來被動證實此事，被質疑危機處理不當或是故意讓管中閔難看。
如果說管中閔因出任獨立董事，蔡明興就應迴避，那麼周美吟等中研院人士參選，同樣擔任臺大校長遴選委員的中研院院長廖俊智也應迴避，但「反管」者完全漠視此事。更何況，根據臺大公布的選舉結果，管中閔最後是以三票領先，不是只差蔡明興那一票。
接著，民進黨立委張廖萬指控管中閔的論文涉嫌抄襲，執政的民進黨和在野的時代力量立委也群起攻之，甚至以審查國會預算的權力為脅，作出「遴選過程疑義未經校長遴選委員會釐清前，教育部不得進行後續聘任作業」決議，民進黨立院黨團總召柯建銘還刻意刺激管中閔，「如果真是爺們，就自己辭去職務」。
後來真相大白，原來此事源於管中閔與另一位教授陳建良合寫一篇論文，陳建良指導的學生在論文中引用了管陳論文的手稿，張廖萬堅持倒果為因，大綠小綠赤裸裸地將政黨之手伸進大學自治領域，結果搞得自己一身腥，只得摸摸鼻子撤除決議文。
文化部前部長龍應臺在其面簿上說：「無恥！立法委員的無恥與權力貪奢真的沒有底線。民主是逆水行舟，不進則退。臺灣若是連民主也放手，就真的一無所有，一無所有了。」
當事人管中閔這段日子以來陸續透過面簿，對外界的指控表達「莫須有」及「澹然冷靜」等態度，倒也坦然。
與此同時，「挺管」和「反管」的海內外學者專家各自發起連署。前者包括前臺大校長李嗣涔和前行政院長江宜樺等三四千人，他們要求教育部尊重大學自治，並要求黨政高層和立法院黑手不得介入大學校長遴選。後者則以獨派學者、臺大歷史系教授陳翠蓮等人為主，主張「貫徹大學自主，自己的學校自己救」，要求回歸校務會議處理此事，連署人數也有400多人。
政治人物已知理虧而縮手，但部分臺大教授及親綠媒體仍不依不饒，執意要求回歸校務會議處理。應教育部要求，臺大校長遴選委員會周三舉行了長達七個小時的會議，確認管中閔當選臺大校長「毫無疑義」，並以最速件報請教育部核定，但管中閔仍無緣出席周四的大學校長聯合交接布達典禮，不無遺憾。
十多年前扁政府的教育部長杜正勝曾欽點不合格的黃光彩出任師範大學校長，黃光彩後因資格不符而創下被撤的首例。這次綠營則是想把合格但不合綠意的管中閔給拉下臺，這種「非我族類，其心必異」的扣屎盆子手法，又讓人長了見識，也玷汙了自己長期以來標榜的「校園民主」理念。