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我國完成鯉魚全基因組序列圖譜繪製
鯉魚全基因組測序結果不僅對鯉魚基因組輔助育種技術、快速培育抗病、抗逆、優質、高產的優良品種奠定了重要基礎,而且對鯉科魚類物種進化和種類分化的闡明具有重要的理論價值。 據介紹,鯉魚基因組的測序和裝配要比多數魚類難度大,而「鯉魚基因組計劃」通過特殊的樣品製備,採用全基因組鳥槍法測序(WGS)等多種測序策略,和層次組裝等多種裝配策略,克服了技術困難。 北京基因組研究所副所長於軍介紹說,此次發布的鯉魚圖譜,是以中國養殖最廣的鯉魚品種的純系單個個體為研究對象,測定了超過100倍覆蓋率的高質量數據。
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我國科學家繪製完成鯉魚全基因組序列圖譜
由中國水產科學研究院水產生物應用基因組研究中心、黑龍江水產研究所和中科院北京基因組研究所共同實施的「鯉魚基因組計劃」成功完成了鯉魚全基因組測序,並繪製了鯉魚基因組框架圖譜、基因組物理圖譜和高密度連鎖圖譜,為鯉魚基因組輔助育種研究、優良品種快速培育提供了重要基礎。 鯉魚基因組有100條染色體,是目前完成全基因組測序研究物種中染色體數目最多的動物。
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我國科學家完成鯉魚全基因組序列圖譜繪製
在國家「863」計劃、「973」計劃和國家自然科學基金、公益性行業科研專項等資助下,中國水產科學研究院聯合中國科學院、哈佛大學、奧本大學等單位組建的國際合作團隊完成了鯉魚全基因組序列圖譜繪製,並揭示其獨特的全基因組複製事件,這是國際上首個完成全面解析的異源四倍體硬骨魚類基因組圖譜
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海洋所科研人員繪製完成牡蠣全基因組序列圖譜
近日,牡蠣基因組計劃(Oyster Genome Project,OGP)項目組宣布,歷時兩年的牡蠣基因組序列圖譜終於繪製完成。這是世界上第一張養殖貝類的全基因組序列圖譜,標誌著基於短序列的高雜合度基因組拼接和組裝技術獲得了重大突破。據悉,目前的基因組圖譜已達到國際領先的基因組圖譜標準。近年來,我國的海水養殖業取得了長足發展。
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我國繪製完成世界首個蒙古族人全基因組序列圖譜
新華社呼和浩特12月18日電(記者 於嘉、張雲龍)我國科學家繪製完成了全世界首個蒙古族人全基因組序列圖譜。這是記者18日在內蒙古自治區呼和浩特市召開的「世界首例蒙古族人全基因組序列圖譜繪製完成成果發布會」上獲得的消息。
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史上最大生物學研究公布:10年內測定150萬種真核生物基因組序列
這標誌著這項史上規模最大、最具雄心的生命科學項目即將拉開帷幕。該項目計劃耗資47億美元,在接下來的十年間,測出所有已知的150萬種真核生物的基因組序列,並為我們找到尚未發現的全新物種。1990年,上一項全球性基因組測序工程——人類基因組計劃正式啟動。
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如何進行基因組序列比對?
首先要做的就是將測序得到的reads比對到人基因組參考序列上。隨著人類基因組計劃(Human Genome Project,HGP)的進行,International Human Genome Sequencing Consortium在2001年首次公布了人基因組序列的草圖,2003年人類基因組計劃宣布完成。
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Natue | 地球微生物組的基因組圖集
圖2 MAGs的全球分布情況 為了發現新的物種水平的多樣性,研究者在95%的全基因組ANI的基礎上聚集了GEMs,揭示了18,028個物種水平的OTUs(圖2a,b)系統發育分析支持GEM目錄是迄今為止發表的最多樣化的數據集(圖5a) GEM目錄導致整個細菌和古細菌樹的系統發育多樣性增加了44%,目前代表了基於累積分枝長度的所有已知多樣性的31%。
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又一壯舉:比人類基因組大6倍的小麥基因終於被他們搞清楚了
小麥是由3個不同的基因組綁在一塊的,即幾個不同的物種雜交在一起,幾個基因組同時存在,其複雜程度不是簡單的成倍,3個基因組中序列超過90%是相似的,僅小部分是不同的。重複序列含量有多高?人的基因組大概有50%的是重複序列,而小麥差不多達到90%。如此龐大、複雜、重複序列高的基因組破譯極具挑戰性,是一個實驗室或一個國家沒辦法完成的,這也就是為什麼小麥全基因測序困難重重。
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南京農業大學小麥遺傳育種創新團隊揭示小麥-簇毛麥易位染色體6VS·6AL的基因組結構和易位過程中發生的微小結構變異
,揭示了小麥-簇毛麥易位染色體6VS·6AL的基因組結構和易位過程中發生的微小結構變異。外源物種是小麥遺傳改良的重要種質資源,然而由於基因組龐大且複雜,絕大部分小麥外源物種的基因組研究進展緩慢,限制了其優異基因的發掘。
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中國醫學科學院病原生物學研究所:指導完成病毒全基因組序列測定
在對第三方檢測機構提供的患者樣本宏基因組測序序列信息分析的基礎上,指導完成病毒全基因組序列的測定,結果證明樣本中存在一種未知的、不同於SARS冠狀病毒和MERS冠狀病毒的新型冠狀病毒。結果及時上報有關部門,為最終確定此次疫情的病因做出了重要貢獻。
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科學家完成穀子基因組測序
在本研究中,科研人員成功構建了穀子全基因組序列圖譜,為揭示穀子抗旱節水、豐產、耐瘠和高光合作用效率等生理機制的研究提供了新的途徑,並為高產優質、抗逆穀子新品種的培育奠定了堅實的基礎。 隨著水稻、玉米、高粱、短柄草等重要禾本科物種的基因組相繼被解密,科研人員更加迫切地希望能夠破解更多的重要禾本科作物基因組,以期能揭示重要禾本科作物的保守性及差異性、闡明禾本科作物的基因組進化過程、進一步挖掘作物重要性狀功能基因。穀子是重要的禾本科作物之一,其脫殼前被稱為穀子,脫殼後被稱為小米,是中國古代最重要的糧食作物,被稱為「五穀之首」,從南到北均曾被廣泛種植。
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如何從基因組重複序列分析中挖到有趣的生物學故事?
「垃圾DNA」的重複序列,如轉座元件在基因組進化、基因表達表達調控方面具有重要作用。Ae. tauschii基因組中的轉座子[3]在2017年發布在Nature Plants的小麥Ae. tauschii基因組文章中,轉座子TEs序列佔已組裝基因組序列的85.9%,逆轉錄轉座子及DNA轉座子分別佔基因組的59.9%、19.6%,小麥有近一半基因有TE插入,全基因組甲基化測序和RNA測序結果顯示
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Nature Genetics發表文章解析現代小麥的起源
將這些品系的外顯子組捕獲序列數據對比到"中國春"參考基因組序列,發現了620,158個高可信度遺傳變異,分布在41,032個小麥基因上。該變異數據集提供了小麥基因組多樣性在不同尺度(基因、區域、染色體和基因組)的全面綜述,並代表了豐富的遺傳信息來源,可供學術界和農業研究界利用。
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國內首個擁有自主智慧財產權的乳酸菌菌種全基因組序列
id=83718)2011-1-5報導: 日前,從中國食品科學技術學會傳來喜訊,由我校食品學院院長張蘭威教授課題組聯合蒙牛乳業集團進行的「開發自主智慧財產權乳酸菌及發酵劑」科研項目取得突破性進展,其成果「一株高產胞外多糖的嗜熱鏈球菌及其全基因組序列」通過了中國食品科學技術學會專家組的鑑定。
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首個全解析度的人類基因組遺傳圖譜發布
在一項新的研究中,來自冰島基因解碼公司(deCODE genetics)、冰島大學和雷克雅未克大學的研究人員發布了首個使用全基因組序列數據開發出來的全解析度人類基因組遺傳圖譜。該圖譜提供了迄今為止關於人類進化的兩個關鍵驅動因素之間的位置、速率和關聯性的最詳細觀察:重組(recombination)---在卵子和精子形成中發生的基因組重組;並且新發突變(de novo mutation)---在我們的每個基因組中出現了幾十個通常很小的變異,而且我們沒有從父母那裡遺傳這些變異。
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人類基因組時代的泛基因組學
參考基因組,其實就是我們平時所說的「參考序列」, 一般是每個物種「典型」個體的基因組序列——這裡的「典型」泛指一個或者多個特定個體(這些個體是研究者所能獲得樣本,它們未必是最最具代表性的,這個要注意)。
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真核細胞擁有龐大的基因組,結構更複雜,含有大量重複序列
這種差異的根本原因在於真核細胞的結構特性:首先,真核細胞擁有龐大的基因組,結構更複雜,含有大量重複序列,基因組的大部分序列是非蛋白質編碼的序列,而編碼蛋白質的序列絕大多數又是不連續的,即基因內都常被內含子(intron)隔開,在轉錄後經剪接(splicing)去除內含子,才能翻譯獲得完整的蛋白質;其次,真核細胞是一個結構基因轉錄生成一條mRNA,即mRNA是單順反子(monocistron),基本上沒有操縱元件的結構
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X 染色體首度完全測序,距離擁有完整人類基因組序列也許已不遠
雖然人類的參考基因組(human reference genome)是目前最準確、最完整的脊椎動物基因組,但即使經過 20 年改進,完整的 DNA 序列始終存在缺口。現在,一組國際遺傳學團隊首次確定了人類 X 染色體從頭到尾(端粒到端粒)的完整序列,沒有空缺且準確性達到空前水平。
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ENCODE相關30篇論文摘要 聚焦人基因組功能研究(一)
(特別專題:ENCODE-人類基因組詳圖問世)1. 轉錄因子的足跡分析對41種不同的細胞和組織類型進行基因組DNase I足跡分析(genomic DNase I footprinting),研究人員在DNA調節區內鑑定出4500萬個轉錄因子結合事件,從而代表著這些轉錄因子與840萬個不同的短DNA序列元件存在差異性地結合。