1924年夏，才開辦三年的廈門大學，遭遇了一場嚴重的危機，因校長解聘歐元懷等數位教職員，引發聲勢浩大的學潮，學生要求陳嘉庚撤換校長，陳嘉庚回電：
一、給廈門大學學生的復電
廈門大學學生全體均悉：
餘信任校長，無殊集美學校校長，前車可鑑，諸君明白
陳嘉庚 六月一日
(載《申報》1924年6月8日十版《廈大學潮續志》)
二、給廈大教員會電文
任免教員權在校長，餘不幹涉。陳嘉庚。
（載《申報》1924年6月5日四版「國內要電」)
陳嘉庚還在《南洋商報》登載題為《闢誣》的文章，澄清事實，以正視聽。
闢 誣
(1924年6月17日)
報館為神聖不可侵犯之唯一輿論機關，負有維持教育，啟發民智，改良社會，監護國家，最重大之等責者也。嚴謹真確，正大光明，方不失新聞報紙之價值，而為中外所欽仰。乃有捏造黑白，無中生有之特電，以為靈敏，而欺社會，損人名譽，阻礙教育。如新加坡《叻報》館，及《新國民日報》者，殊令人太息痛恨，而不能已於言也。此次廈門大學校長林文慶，因辭退數教員，致有一部份學生罷課要挾。此等越規侵權，囂張成習之學生，動生風潮，原屬司空見慣。在熱心教育之報館，雖得此激烈消息，而以該校前途之關係，正宜出之審慎，以保尊嚴，而杜利用。茲不唯不能如是，且無中生有，以廈門學生會來電，換作上海特電，復於原電內任意加增，力圖破壞，至學生來電，但云：「本日林文慶，使工人五百名，毆打學生，內有三人被擄去，傷勢極危」等語。乃該兩報，各自武斷，一則加以「各界頗憤林之蠻橫，廈大風潮不可收拾」，一則加以「金錢僱苦力流氓，將學生痛毆，有三人失落，殆已死矣，請主持公論，求各界援手」，云云。鄙人為廈大永久董事，風潮發生後，早已接到校長教員學生來電報告，與兩報之特電，大相逕庭。立派代表前赴調查原電稿，自認略有增加，情願更正。嗚呼！該兩報之所謂特電，乃不得之負責之訪員，而得諸風馬牛不相及，無稽「學生會」三字名義，且代為畫龍添足，任意增加激語。似此損人名譽，破壞教育，搗亂社會，貽害國家，如天良何，如人格何？此種報館，若在國內，被人利用，捏造是非，猶可說也。若本坡法治清明，(查報律凡登載毀人名譽報館，當直接受利用科罰)乃竟有此幸災樂禍、違律之報館，其沒辱國體，為何如耶。
南洋數百萬華僑中，而能通西洋物質之科學，兼具中國文化之精神者，當首推林文慶博士。林博士在南洋之事業，如數十萬元之家產，與任數大公司之主席(華商、華僑兩銀行，聯東、華僑兩保險，東方炭礦、聯合火鋸），按年酬金以萬數，姑不必論，但言其才德資望，而能於數百萬華僑，僅佔一席，叻嶼呷（新加坡、檳榔嶼、馬六甲）、三州府華僑義務代議士，獨膺繼任，十有七年，犧牲自己利益，又重且巨。稍明社會事者，對於林君之為人，莫不深致感激。廈大甫經成立，乃竟以鄙人數電之懇請，毅然捐棄其諾大之事業，囑託於人，犧牲其主席之酬金，讓而不顧，捨身回國，從事清苦，力任艱巨。一則為廈大關係祖國教育精神，人材消長，一則希冀華僑資本家，將來感悟，歸辦事業。其愛國真誠，興學熱念，尤為數百萬華僑之傑出。當前年英政府議設學校註冊律時，乃有營業失敗，負債莫贖之廈人，恐報窮債犯，由是狡謀百出，巧藉學校註冊事，登報毀謗林君，以激怒英政府下逐客令，遞解出境，以遂其避債沽名，一舉兩得之奸計，欺罔內地社會。此次廈大風潮，亦與有力、稍知前事者，無難見其肺肝焉。
廈大甫辦三年，教員六七十人，難免無程度參差，品流龐雜之患，且多屬歐美日留學生，意見分歧，遂分黨派；而一般無氣節者，甚至巴結學生，以固地位。林校長為整頓校風起見，擬乘暑假期間，盡行淘汰。由是彼輩乃利用學生，出頭反對，學生複利用報館，從中煽動，冀得推倒林校長，則彼輩地位自能保全。是以有一部分學生罷課要挾，又利用報館為之推波助瀾，則一部分，變為全部分，小風潮，變為大風潮，勢固然也。當發生之初，教員學生來電雲，林校長無故辭退數教員，故罷課要求。嗚呼，為教員者，當具有充分氣節。合則留不合則去，庶免戀棧之譏，況更倚賴學生，鼓動風潮者乎。嗟乎，教育巨子，蔡君孑民之逍遙歐洲，吳君稚暉之遁跡海上，夫復何言。然今日廈大地位，固與國內他大學不同，任彼輩如何動搖，當局者自有辨明主持，總不能稍移方寸，以遂其奸計。爰以告關心廈大者。
此布。中華民國十三年六月十六日
新加坡廈門大學永久董事陳嘉庚啟
(錄自《南洋商報》，1924年6月17日)
除了登報「闢誣」，陳嘉庚還在新加坡華僑中學第三屆學生畢業典禮上發表演講，談廈門大學風潮。
談廈門大學風潮
——在新加坡華僑中學演詞
(1924年6月23日)
本校此次舉行第三屆畢業式，畢業生至二十餘名之多，可雲榮幸。蓋就鄙人所望者，雖內地中學之多，其學生能有毅力以繼續至畢業，一班至二十多名者，頗屬不易，是以鄙人對於此次畢業式，最為滿意，而敬祝前途更臻發達也。
本校財政之困難，盡人皆知，然因黃仲涵先生捐建禮堂十萬元，故不得不趕緊興工。但徒有禮堂何稗事實，故須並建教室，及宿舍與附屬等屋，共計需款廿餘萬元。如數月盡行完竣，除黃君交出十萬元，尚欠十餘萬元，雖賣地並借華商銀行外，尚不敷四五萬元。際此市面冷淡，未便再事捐籌，唯盼望前年認捐未交(款)諸君，早日惠賜，以成完美，則本校此後更可鞏固矣。
今日本校畢業生中，有志更求高深之學問者，或者與廈大有密切之關係。因廈大不日將在此處招生。鄙人為廈大董事，此次廈大風潮，鄙人主持之宗旨，謹略為諸君告。
廈大因辭數位教員，致生學生風潮。若質實言之，乃教員之風潮，而非學生風潮也。蓋教員以互生意見，阻礙進行，被林校長辭退。自知少數力薄且不合出首，故唆使激烈學生數人，藉名學生會，散布傳單，運動報館，或投函、或訪事．捏造是非，評論攻擊，以遂其奸謀；更因欲推倒多數不同意之教員，既乏理由，亦非易事，故移攻校長，以為校長若倒，則被所不滿意諸教員，亦必隨之而去矣。
自來要推倒校長，必有失職名稱，不合理由，方可以欺騙社會，愚罔董事，但未若此次之學生因辭教員，而強暴幹涉，目的不達，則欲推倒校長者。如此，則進退教員之權，可全操之學生矣！試問世界中有此事乎？若學生能一致，董事等亦可破格承認。無如激烈派實估少數，其反對者、中立者、與絕不知其理由者，居大多數。決不得因少數之私，以增其氣焰囂張敗類之陋習也。 』
自學生罷課之後，凡校長所有校中何項行政、表示報告，輒被拆毀，復佔去教職員辦事室數間，組織糾察員十餘人，布滿全校勢力，任意妄動。林校長於是退居鼓浪嶼住宅，數日未有到校。閩南教員召集教員會議，有周君痛斥學生之無狀，出會後，諸過激學生數十人，大興問罪之師，圍禁數教員，要其詳陳無狀事實，聲言用武。於是建築部主任陳君延庭忍無可忍，即召工匠數十人救護教員，驅散學生，有不從者，遂生衝突，拘三人於建築部，以待警察之來者。此所謂毆打學生之原因也。越後以警察維持秩序，且宣布放假，乃檢查校中器物，如顯微鏡、印字機，已失去千餘元，其他失壞尚未報告。蓋廈大雖屬草創，而校具圖書儀器十餘萬元，尚幸早日解決，否則其損失更不堪問矣。
至林校長無故而受諸報館之誹謗，實屬有冤莫白。敝人若不據實宣布於中外，誰能為之吐氣耶？且敝人闢誣廣告，其目的在乎維持廈大之安全，第一安慰無故被誣之林校長，第二挽留良善之教員，第三愛護良好之學生，俾廈大雖遭風潮，而進行無阻。此為敝人之唯一宗旨。而非欲效筆戰陋習之報紙與夫沽名嫉妒之唆夫，以爭無益之人知。故雖任其終年大吹特吹，大罵特駕，久視作無弁駁之價值。敝人既不畏人罵，亦不好人譽，唯有抱定主旨，實行吾素，百折不撓，以盡國民分子之天職，而早置毀譽於度外矣。敝人非不能更動校長也，如集美開辦未及三年，四易校長，廈大甫僅一月，即更校長。但凡事要有是非，否則，雖一學生尚不可去，況主持全校重要尊嚴之校長乎？
自前年集美兩次風潮，敝人受報館之毀罵，屈指難數。然世間事，有欲害之，而反適成之。敝人因維持(護)善人而受罵，則校長之感激愈深，毅力愈固。志同道合，與廈大同休咎，如林校長者，更不忍舍我而去矣。豈不幸哉，豈不幸哉！
所可惜者，吾僑資本家，與夫才德志士，有心祖國者，其耐罵毅力，未若鄙人者。恐相引為戒，裹足而不敢前，祖國事業，有需於吾僑者，寧無悲嘆乎？前年敝人在廈時，曾遇吾僑一富商，在其鄉村辦小學，兼附辦一班師範科，格外優待學生，學校膳宿均免費，然僅數月，每以夥食鬧事，嘆息謂敝人曰：「吾人謂獲金錢為難，迨茲觀之，用金錢比獲金錢更難矣！」敝人則告以過渡時代，舊道德幾於喪盡，新道德尚未造就，難免無此困難，唯要苦心毅力忍耐耳。
（錄自《南洋商報》，1924年6月23日）
被辭退的歐元懷等教職員及部分學生離開廈大，到了上海，成立「大夏大學」（華東師範大學前身）。
關於歐元懷，1923年6月林文慶校長曾推薦他任集美學校校長，接替萌生退意的葉淵，陳嘉庚致函葉淵表示堅決反對，其理由如下：
昨接舍弟書：雲承先生意，往廈與林君磋商，可否就廈大中選出一位任集校校長，而先生本其素學，志在經商，願舍教育而從商業，則處理較能循序。且極力願幫弟義舉，以為幫之商，或更益於教，云云。故林君薦歐君（歐元懷，福建莆田人。留學美國，獲哥倫比亞大學哲學博士學位。回國後任廈大教授。1924年廈大發生風潮，歐與傅式說等教授率一部分學生在上海成立大夏大學，他主要負責人之一）可代之，詳情告之先生。先生且促舍弟函詳於弟也。弟接信後甚不以為然。即於昨午電達集通轉呈云：「校長、敬賢均鑑：前數易校長皆介紹誤我，足車鑑。若輕更動，集校恐無寧日。我兄弟又未暇兼顧，況權操學生，教育何在，餘絕對反對」等句，度早接收， (諒)未忍遽舍，勉負艱危，無任企盼之至。即將理由詳列於後，幸乞鑑原，至荷、至幸。
歐君無論肯否擔任，其品性不唯弟絕不知，雖舍弟亦不識其一二，但憑林君就廈大中舉出耳。弟深知林君有時易忽於事，況知人之難哉！茲且不就歐君之才性而言，但以弟素驗諸教育家而論，第一首要在學友多、兼能虛懷善用人。歐君青年居外國七年，返來便(任)職廈大，逐天擔任幾點鐘之教授，如何安逸清心，未經重事，何能深知其責任心之度數。至其相知學友，除留學生外，更不足道。國內既乏相當學友，所識引者，不出其鄉縣有限人物。若勉強招來，或稍徇私情，則許時將如何打算。不寧唯是，而其相知者為留學生，如他要引為幫助，薪水當在二百元之上，我能從之否？以本校之規模，任校長者至少要有同志及深相知者十多人，共相助理。否則，何從下手。試講歐君囊裡何人，若論鄉才，本校曾受蔡君（指蔡瑄，字心權，福建莆田人。日本法政大學畢業。曾任興化中學教員。1920年一月到校，同年七月離校）之賜矣。今日歐君才能否勝任本校(校長)，弟全不知，故未敢贊成。設有才毅，亦當留副(輔)林君較為緊要。蓋廈大需才更甚於本校。或者為趙、魏老則優（「趙魏老則優」：見《史記·廉頗藺相如列傳》），亦未可知。現本校教職員百多名，不論校長更動何人，勢必去其大半，設勉留數月，其志已離，何裨事實。歐君沒有才毅，若畢業已久，歷事已多，或較易對付辦法，而乃甫脫學生，初回梓裡，要負此重任，雖不惜美帛學制，第恐與我所願諸多牴觸，不唯進步無望，尚恐阻抑我之銳志也。可不慎哉…………先生不唯不可任是役(指經商)，且定不耐是務。在先生意以為居上海分行，可任總批發，日能售「成宗」之貨於各埠，或店戶之主持，然此問題決非近年之能實現，至速須遲二三年。又當此間研究(有)成績，物美價廉，信用昭著，顧客歡迎，許時無難化店前零售而成為大宗貨總批發。那時先生欲效力於商業，弟定贊成而決不專請致力於教育。唯目下大非其時耳。
美國汽車大王有言曰：「對於將來不作無謂之畏懼，對於過去不作無謂之敬重。畏將來失敗，無理由可言，則必減其活動力。失敗者，重新審慎作事之機會。正當之失敗，無可羞恥，畏懼失敗，轉可羞恥。過去之可以有用者，以其可以為進步之指針也」。讀以上之言，大有可為吾人感激生無限之毅力。集美學校經先生手造三年，對於經驗把握，大非一新留洋之畢(業)生可望肩(項)背。如先生委而棄之，接理人其才德果能如先生者，亦當再學如此年限，方得獲相當之成績。況繼任未必(有)其人，不幸如仍得前年退去之校長之人物，弟既不能如前居家求賢，舍弟正養痾不宜多幹校事，試講許時將如何，勢必縮小規模，求退阻進，其貽誤為何如耶?先生自身亦恐未必有利。何以言之?與弟共事商業，則如上言之多時，欲借他人之發展，以貢獻於社會之義務，未必相知如我兩人。豈不一舉兩失，彼此俱受不利。否則，更動校長之事，為弟所慣營，雖三年前冒教育界之譏刺，尚不怕人言，對於廈大甫來之校長(指鄧萃英)，毅然辭退。許時先生亦曾苦口諫阻，而弟不顧(而)自斷。蔡君謂弟自信力太猛，然世所云，知人明，知己暗。弟之不明不暗，但知為人有道德毅力，便是世界上最第一難得之奇才，親之信之；反是，則離之絕之。信力何論於猛乎？
先生自以為性急不合辦教育，外人亦以為過剛。若以弟之意，寧當剛而敗，不可以柔而勝。況年壯之性剛，歷事多，經驗久，必能轉剛為和。竊度先生此後將處和之時代，了無疑義。幸乞鑑原，並將此信為舍第一閱。荷荷
（致葉淵函·1923年6月30日)
附部分當時報館及社會名流對廈大1924年學潮的攻擊、污衊、譏諷或一面之詞。