清朝遇到中國史上最強"海賊王"
1683年7月16日，澎湖外海，早晨颳起了颱風，在波濤洶湧的海面上400多艘戰船打開大炮炮門緊張的相互對峙著，在清朝入主北京，在太和殿面見群臣39年後，清軍與明軍的最後一場大戰終於即將爆發。一場海賊對海賊王的大海戰。
清朝以弓馬騎射定天下，就是在山地叢林還可以利用漢軍綠營，而在海上爭鋒，確是缺少辦法。因為鄭成功一手建立的這支水師，是明朝有史以來海戰實力最強的水師，清朝就是收編了明軍其他水師也絕對不是鄭成功水師的對手。正如康熙年間的福建總督姚啟聖所說的那樣，鄭成功所遺留的明軍水師實際上與蒙古騎兵一樣，都是生於海上，死於海上，全副身家都在船上，在船上飲食睡覺，婚喪嫁娶。所以從將軍到小兵都熟悉風帆櫓索，火炮風向，操駕行止。如果不是經久訓練的精銳水師根本就打不過他們。所以在清朝史書上留下了大量辱罵臺灣明軍是海賊，海寇的字跡。
清朝的辦法有2個，第一大力拉攏鄭成功部下投誠，最後「以賊攻賊」，第二，封鎖沿海不準給臺灣的明軍輸送糧食等生活物資和進行其他貿易。
清朝以弓馬騎射定天下，就是在山地叢林還可以利用漢軍綠營，而在海上爭鋒，確是缺少辦法。因為鄭成功一手建立的這支水師，是明朝有史以來海戰實力最強的水師。
臺灣軍民合計最多7萬實力不大
在1683年7月16日這天以前，雙方已經爆發過多次海戰。1664年和1665年，全部都是由鄭成功部投誠將領如施琅，周全斌，黃廷，陳蟒，鄭鳴駿和林順帶領下的清軍水師並聯絡荷蘭水師為先鋒，但是遭遇颶風，轉瞬之間巨浪凌空拍擊船隻，人仰船傾，從海底發出悲號之聲，清軍沒辦法只好返航。
明軍降將施琅給清朝皇帝出主意說，臺灣明軍實力其實不大，澎湖只有百姓5000多人，臺灣本島居民也只有2萬多人，鄭成功，鄭經帶去的軍隊及其家屬共計3.7萬人。除去病故傷亡5千人，歷年戰死數千，歷年投誠數百。現在雖然號稱擁兵30多鎮，但實際上一鎮只有200-600人。
現在這些明軍都分散在臺灣南北耕種，疏於訓練。而且十分五六沒有老婆，只能一世孤獨，心中不滿。我們只要招撫和進剿相結合，等待機會，一舉拿下澎湖，則臺灣必下。施琅這個建議，讓康熙皇帝非常欣賞，晉升其為內大臣。
就在清軍還沒有發動進攻的時候，在臺灣的明軍卻已經開始反攻大陸了。康熙17年，1678年2月10日，明軍趁著潮水在夜間悄悄的登陸福建玉洲。
海賊王反攻大陸滅3萬滿漢清軍
就在清軍還沒有發動進攻的時候，在臺灣的明軍卻已經開始反攻大陸了。康熙17年，1678年2月10日，明軍趁著潮水在夜間悄悄的登陸福建玉洲，隨後擊敗清軍總兵趙得壽的步兵和姚儀的數百騎兵。明軍利用戰船和潮水忽而登陸襲擊清軍城鎮，時而又登船奔赴下一個目標，搞的滿漢清軍在陸地上拼命奔跑疲於奔命。
3月18日，明軍水師和陸軍封鎖包圍了清軍重鎮海澄，海澄半山半水，是漳州的門戶，在這裡有清軍滿漢兵督提三標諸鎮營騎步兵4萬大軍。海澄清軍兵多大炮多，但是糧食少，明軍也不強攻，而是奪取其附近小城鎮以徹底切斷其與外界的聯繫。
海澄清軍很快就吃光了糧食，開始殺妻子奴僕為食。83天後，明軍衝進已經餓的發綠的海澄，此戰清軍損失滿漢官兵3萬多人，戰馬8000多匹。
清軍發揮騎射特長擊敗"海賊"
清廷對海澄之戰的結果大怒，無論滿漢將領都遭到了臭罵。但是隨後明軍包圍泉州2個多月，未能成功。清軍各地水陸大軍向泉州雲集，當福建全省清軍超過10萬人時，在力量上已經數倍於明軍，清軍進入反攻階段。
8月26日，清軍將領林賢在定海海戰中，趁潮水低落，發起突襲首次擊敗明軍水師。擊沉明軍戰船40多艘，俘虜239人，殺傷過千人。
9月，清軍福建總督姚啟聖，靖南王耿精忠，公爵黃芳泰滿清大軍在龍虎山與劉國軒明軍決戰。都統胡圖出戰失利，姚啟聖再戰再次失利，這時靖南王耿精忠親自帶領部隊衝鋒，從左翼縱馬突馳，賴塔則從右翼突入，這次明軍戰敗，16營明軍被陣斬4000人，被俘1200人，溺水死者萬人，只劉國軒等少數人潛水逃亡。
清軍使用連環炮和金槍手配合騎兵衝突在蜈蚣山再次與1萬明軍交戰，明軍設立木拒馬，後面是火炮，鳥銃和火箭噴筒進行火力打擊。
隨後清軍使用連環炮和金槍手配合騎兵衝突在蜈蚣山再次與1萬明軍交戰，明軍設立木拒馬，後面是火炮，鳥銃和火箭噴筒進行火力打擊，從早晨開始清軍連續發動攻擊，福建總督姚啟聖在陣前連續斬殺3名畏縮不前的軍官，激戰到中午，明軍火器因發射頻繁，導致過熱，火力減緩，清軍才衝破明軍拒馬，衝開明軍陣勢，得以發揮八旗騎射的本領，此戰清軍陣斬明軍3000人，生擒1200人。
這2場仗打下來以後，清軍自己財政都熬不住了，在福建不說超過10萬人的軍隊，光是八旗軍的戰馬就有3萬多匹，福建缺乏飼料，全是為糧食，一匹馬的開支是10個人的支出。福建總督都請求皇帝現在陸地戰鬥已經平息，皇上可以把滿洲騎兵調回北方了，費用太貴養不起了。
清軍勾結荷蘭人進攻廈門明軍
1680年，清軍福建水師提督萬正色率領200多艘戰船，水陸官兵2.8萬人反擊金門廈門明軍。全軍在定海等候荷蘭海軍前來匯合，但是荷蘭艦隊遲遲未到，海上正值北風，對清軍有利。清軍立刻發動水陸兩軍同時進攻，一邊命令封鎖所有港口，布設大炮，不準明軍水師靠岸補充淡水和糧食。
海澄明軍此時分為投降派和主戰派，雙方誰都說服不了對方，於是大打出手。清軍滿漢大軍乘機進城克服海澄，對廈門形成包圍。此時的廈門陷入一片慌亂之中，人民鼎沸，男女老幼無船可逃，遍滿海灘，號啕之聲遍起，甚至還有情急赴水者，難以指數，清軍很快登陸廈門，3月，金門守軍向清軍投誠。
1679年康熙任命施琅為太子太保，右都督兼福建水師提督總兵官剋期出兵進取澎湖，臺灣，施琅本人就是鄭成功的部將投誠清軍，他以熟悉海戰的明軍鄭家降將為核心，徵福建沿海青年為士兵，訓練了一支足以擊敗明軍水師的清軍海戰力量。在武器上，西洋人南懷仁自從1675年開始為清軍鑄造大炮，其炮射程遠，精度高，質量上乘。在盧溝橋試射時，240門紅衣大炮發射21600發炮彈，命中率甚高，有的大炮在發射了400發炮彈後仍然完好無損。另外南懷仁還進獻了一部神武圖說70卷，其中製造大炮理論26卷，圖解44幅，是引入中國的第2部西洋炮術書籍，極大提高了清軍的炮術水平。
1683年5月，清軍水師2.1萬人，戰船238艘駛向澎湖。6月，施琅將大批白銀擺在桌子傳令誰敢打前鋒，當先突陣，誰就把白銀拿去。
投誠兵一人賞50兩白銀拉攏明軍
另一方面，清軍在漳州設立館驛招募臺灣明軍投誠，凡是文武官員全部按原職務安排崗位，只要歸順明軍士兵長發者賞白銀50兩，短頭髮者賞白銀20兩。願意參軍的發給軍餉入伍，願意種田的回到原籍給予土地。
很快，前線哨所的清軍士兵報告說來了2名長發賊投誠，名為柳勝和林鬥。經過審問得知，這2個人都是澎湖來的，他們說現在澎湖有大小船隻110多艘，士兵中老兵和老兵家屬2000人，新依附的士兵4000人，這些新依附的士兵沒有鬥志，只等待歸順朝廷。
1683年5月，清軍水師2.1萬人，戰船238艘駛向澎湖。6月，施琅將大批白銀擺在桌子傳令誰敢打前鋒，當先突陣，誰就把白銀拿去。
澎湖初戰明軍炮強清軍失利
6月16日，清軍與明軍在澎湖爆發初戰，清軍輪番發動進攻，但是都被明軍擊退，最後明軍的3艘戰船甚至還包圍了施琅的旗艦，要不是其他清軍戰船拼命救援，施琅就要命喪當場了。此次初戰，明軍水師總督林升被2發鳥銃子彈命中，還身受3支弓箭命中，右腿被大炮打斷，被運回臺灣本島。清軍水師提督施琅的右眼也被鳥槍打傷。
清軍戰後在中軍船上總結經驗認為，明軍其實就靠著幾艘炮艦，清軍爭先恐後的集中隊形衝擊，只能讓明軍肆意炮擊攻打。不如排成列陣，用梅花陣，5艘戰船為一隊，一隊圍打明軍一艘船，其他清軍戰船在外圍為遊擊和奇兵。另外所有戰船的船帆上都要書寫坐鎮軍官的姓名，以邊遠遠可觀，知其進退。
所有大型戰船帶2倍船員，只要船面戰鬥人員有損失，船艙內的後補隊員立刻補上。所有軍官都要寫下軍令狀，必須死戰。
時間來到了1683年7月16日清晨，清軍傾巢出動向澎湖娘媽宮進發，明軍所有戰船起帆，發炮吶喊前出迎戰。
清軍5船攻1船海賊王徹底戰敗
時間來到了1683年7月16日，清軍傾巢出動向澎湖娘媽宮進發，明軍所有戰船起帆，發炮吶喊前出迎戰。
清軍朱天貴是明軍降將，他和現在的明軍將領江勝和林應是姻親，朱天貴大聲叫喊，親家，你看我現在當上總兵了，你也趕快棄邪歸正吧！江勝回答，天豈容如汝此背義之人！於是命令轉舵，順勢開炮，一發炮彈果真就打穿了朱天貴的肋部。這不能說不是一個奇蹟，在300多年前的前膛炮打出的圓形炮彈竟然可以一炮狙殺一個單人目標。
但是清軍全部都是專門製造的戰船，大船多，大炮多。而澎湖明軍使用的船隻實際上小船很多，民船很多，真正的炮船數量很少。畢竟當時臺灣人口稀少，很難有大把金錢修建和維持一支真正的全炮戰船海軍。臺灣全年的收入都買不了一艘大噸位風帆戰列艦。所以，清軍在大炮數量，船隻噸位和船隻數量上是有很大優勢的。
清軍56艘大戰船分成8股，做疊次衝擊，其後是80多艘戰船作為預備隊隨時準備出擊。
清軍56艘大戰船分成8股，做疊次衝擊，其後是80多艘戰船作為預備隊隨時準備出擊。明軍炮艦都配備3000斤或4000斤紅夷大炮一門，發熕炮20多門，鳥銃100多支，近戰火力猛烈，炮火矢石，有如雨點，煙焰蔽天，咫尺莫辨。但是清軍5艘船打1艘船，明軍戰船或被火罐所燒，或被大炮擊沉，不可勝計。最後清軍從側翼再投入一支艦隊，重壓之下明軍徹底崩潰。一炮打死清軍總兵朱萬貴的明軍左虎衛江勝也在戰敗時，自沉戰船自殺，隨後又有走投無路的20艘明軍戰船自爆船艙火藥自沉。明軍其他鎮將邱輝，陳啟明，林德，陳政，曾瑞，蕭武，蔡智等陣亡，吳潛自殺。
此時海面上的風勢有利於清軍，清軍借著風勢船輕舟快，瞬息飛駛，居上風上流之力，壓攻濟擊，一可當百。經過8個小時海戰，明軍200多艘戰船，被擊沉燒毀190多艘，死傷各級軍官300多人，鄭氏明軍水師主力1.2萬人全滅，屍浮滿海。清軍戰船沒有一艘被擊沉，這也符合了戰場5打1的態勢，即在質量相差不大的情況下，擁有絕對數量優勢的一方將可以以微乎其微的損失全滅數量劣勢的一方。
澎湖島上明軍4853人剃髮投誠。清軍被炮擊死亡300多人，炮擊負傷1800多人。
鄭成功家族被全部編入八旗軍
如施琅所說臺灣本島不過最多6萬軍民，在澎湖一戰損失1.7萬主力，現在島內的實力已經無力抵抗清朝大軍進剿。要知道劉國軒為在澎湖與清軍決戰，已經把臺灣島內所有精壯敢死之士全部帶走，佃丁民兵全部抽調，商船和私家船隻全部徵發參戰，這些一旦損失乾淨，現在明軍已經沒有實力再戰了。
鄭克塽在主和派的支持下，向施琅派出代表請降，並提出「三不傷」請求，即清軍入島「不傷鄭室一人，不傷百官將士一人，不傷臺灣黎庶一個」。清軍同意，鄭克塽上交大明延平郡王配招討大將軍印信向清廷投誠。
康熙皇帝下詔：爾祖、父自明季以來出沒海洋，盤踞島嶼：本朝定閩之後，爾祖鄭成功竊據一隅，甘外王化；以及爾父鄭錦，苟延歲月，假息偷生，勾引奸徒，窺伺內地，屢經勦撫，仍執迷不悟，頑梗怙終..................爾等果能悔過投誠，傾心向化，率所屬偽官軍民人等悉行登岸，將爾等從前抗違之罪，盡行赦免，仍從優敘錄，加恩安插，務令得所。
隨後鄭克塽前往北京，全家隸屬漢軍正紅旗，為第5參領第1佐領，賞賜公爵，賜第京城，劉國軒為天津總兵，授予伯爵，歸入八旗，馮錫範為伯爵，歸入漢軍正白旗。在臺灣的明朝宗室，東巴王朱江，魯監國世子朱恆，安樂王朱浚，朱慈曠等等也被清軍俘獲。
康熙和後來的乾隆皇帝總結說，朱成功系明室遺臣，非朕之亂臣賊子，鄭家三代反清復明，是各為其主。派官護送在臺灣的鄭成功和鄭經父子靈柩回福建南安家鄉安葬。