首先，我們了解一下什麼是農產品。
農產品，是指種植業、養殖業、林業、牧業、水產業生產的各種植物、動物的初級產品。具體徵稅範圍暫繼續按照《財政部、國家稅務總局關於印發〈農業產品徵稅範圍注釋〉的通知》（財稅字〔1995〕52號）及現行相關規定執行，並包括掛麵、乾薑、薑黃、玉米胚芽、動物骨粒、按照《食品安全國家標準—巴氏殺菌乳》（GB19645—2010）生產的巴氏殺菌乳、按照《食品安全國家標準—滅菌乳》（GB25190—2010）生產的滅菌乳。
企業購入農產品的途徑主要有以下四種：
1、從農業生產者手中購入農產品
2、從批發零售農產品（蔬菜、鮮活肉蛋）的納稅人手中購入農產品
3、從國有糧食購銷企業購進免稅糧食和食用植物油
4、進口農產品
下面我們來一一分析這四種情況下企業購入農產品如何抵扣進項稅。
一、從農產品生產者手中購入農產品
農業生產者包括從事農業生產的單位和農業生產者個人，從事農業生產的單位包括一般納稅人和小規模納稅人兩種。從不同類型的農業生產者手中購入農產品其進項稅抵扣方法不盡相同。
1.從從事農業生產的單位購入農產品，無論該單位是一般納稅人還是小規模納稅人，由於《中華人民共和國增值稅暫行條例》中規定農業生產者銷售自產農產品免徵增值稅。因此銷售方應當開具的是免稅的普通發票，購買方企業根據從銷售方取得的普通發票上註明的買價，以9%的扣除率計算進項稅額。
2.從農業生產者個人手中購入農產品，一般有兩種途逕取得發票，一種是農業生產者個人通過稅務局申請代開普通發票，一種是購買方開具農產品收購發票。無論是哪種情況，企業可以以取得或者開具的農產品銷售或者收購發票上註明的買價，以9%的扣除率計算進項稅額。
二、從批發零售農產品（蔬菜、鮮活肉蛋）的納稅人手中購入農產品
根據《財政部、國家稅務總局關於免徵蔬菜流通環節增值稅有關問題的通知》（財稅〔2011〕137號）、《財政部、國家稅務總局關於免徵部分鮮活肉蛋產品流通環節增值稅政策的通知》（財稅〔2012〕75號）兩個文件的規定，從事農產品批發、零售的納稅人銷售的蔬菜、部分鮮活肉蛋產品，享受免徵增值稅政策。
但同時《簡併增值稅稅率有關政策的通知》（財稅【2017】37號文）第四條規定：納稅人從批發、零售環節購進適用免徵增值稅政策的蔬菜、部分鮮活肉蛋而取得的普通發票，不得作為計算抵扣進項稅額的憑證。
也就是說，納稅人批發、零售免稅農產品，在批發、零售環節已經享受了免徵增值稅的優惠政策，那麼下遊取得了免稅的普通發票，就不能再計算扣除進項稅額了。
除非，銷售方納稅人放棄免稅，開具增值稅專用發票，購進農產品才可抵扣進項稅額。
簡言之，零售環節，總得有人來交增值稅。
假如銷售方真的放棄享受免徵增值稅的優惠政策，那麼購買方如何抵扣進項稅額呢？
1.如果銷售方為一般納稅人，則銷售農產品開具9%稅率的增值稅專用發票，那麼購買方以取得的專用發票抵扣9%的進項稅額。
2.如果銷售方為小規模納稅人，則需要到稅務部門申請代開增值稅專用發票，申請代開的專用發票稅率為3%。依照《簡併增值稅稅率有關政策的通知》（財稅【2017】37號文）第一條中的規定，從按照簡易計稅方法依照3%徵收率計算繳納增值稅的小規模納稅人取得增值稅專用發票的，以增值稅專用發票上註明的金額和11%（按照最新政策該稅率已調整為9%）的扣除率計算進項稅額。
從37號文件的規定來看，如果銷售方為小規模納稅人，雙方關係好的話，銷售方放棄免稅，還是很划算的。
需要注意的是，從小規模納稅人處取得的增值稅普通發票，不能作為計算抵扣進項稅額的憑證。
三、從國有糧食購銷企業購進免稅糧食和食用植物油
《國家稅務總局關於加強免徵增值稅貨物專用發票管理的通知》（國稅函〔2005〕第780號）中規定：增值稅一般納稅人銷售免稅貨物，一律不得開具專用發票（國有糧食購銷企業銷售免稅糧食除外）。也就是說雖然國有糧食購銷企業享受了免徵增值稅的優惠政策，但是依然可以開具增值稅專用發票，那麼企業從國有糧食購銷企業購進糧食取得的增值稅專用發票是否都可以抵扣進項稅額呢？
《財政部、國家稅務總局關於糧食企業增值稅徵免問題的通知》（財稅字(1999)198號）第六條規定：屬於增值稅一般納稅人的生產、經營單位從國有糧食購銷企業購進的免稅糧食，可依據購銷企業開具的銷售發票註明的銷售額按13％的扣除率計算抵扣進項稅額；購進的免稅食用植物油，不得計算抵扣進項稅額。
在本條中需要特別注意的有兩點：
1.經過國家2017年~2019年的三次稅率調整，本條中13%的扣除率現已調整為9%。
2.從國有糧食購銷企業購進的免稅食用植物油就算取得了增值稅專用發票，也不得計算抵扣進項稅額。
四、進口農產品
企業進口農產品，取得海關進口增值稅專用繳款書的，以海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額為進項稅額進行抵扣。否則不予抵扣進項稅額。
以上為企業通過四種不同途徑購入農產品時進項稅額的抵扣方法，但除此之外，關於購入農產品進項稅額如何抵扣的問題還有一個特殊規定：
《財政部 國家稅務總局關於在部分行業試行農產品增值稅進項稅額核定扣除辦法的通知》（財稅〔2012〕38號）中規定：自2012年7月1日起，以購進農產品為原料生產銷售液體乳及乳製品、酒及酒精、植物油的增值稅一般納稅人，納入農產品增值稅進項稅額核定扣除試點範圍，其購進農產品無論是否用於生產上述產品，增值稅進項稅額均按照《農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法》（附件1）的規定抵扣。
38號文的特殊規定只針對以購進農產品為原料生產銷售液體乳及乳製品、酒及酒精、植物油的增值稅一般納稅人，除此之外的納稅人購進農產品仍按現行增值稅的有關規定抵扣農產品進項稅額。
具體的核定方法，請大家參考38號文的附件1《農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法》。
另外特別需要注意的是：
營業稅改徵增值稅試點期間，納稅人購進用於生產銷售或委託受託加工13%稅率貨物的農產品按照農產品發票上註明的價款以9%的稅率計算扣除進項稅額。
納稅人購進農產品既用於生產銷售或委託受託加工13%稅率貨物又用於生產銷售其他貨物服務的，應當分別核算用於生產銷售或委託受託加工13%稅率貨物和其他貨物服務的農產品進項稅額。未分別核算的，統一以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額為進項稅額，或以農產品收購發票或銷售發票上註明的農產品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
總結：
從農業生產者手中購買的農產品以取得的農產品銷售發票或者銷售發票上註明的價款，按照9%的稅率計算抵扣。
從批發、零售農產品的納稅人手中購買的免稅農產品，如果銷售方已享受免稅政策，開具的是普通發票，購買方不能再計算抵扣進項稅；如果銷售方放棄免稅優惠，開具了專用發票，購買方可以按照專用發票上註明的價款乘以9%的稅率計算抵扣（一般納稅人和小規模納稅人均按9%的稅率計算抵扣）。
從國有糧食購銷企業購買的免稅糧食可以取得增值稅專用發票，並按照專用發票上註明的價款乘以9%的稅率計算抵扣；但是從國有糧食購銷企業購買的免稅食用植物油就算取得了增值稅專用發票，也不得計算抵扣進項稅額。
企業進口農產品，以海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額為進項稅額進行抵扣。
以購進農產品為原料生產銷售液體乳及乳製品、酒及酒精、植物油的，具體參照財稅〔2012〕38號文件的規定處理。
1、購進扣稅法下農產品進項稅額抵扣
一般納稅人購入農產品，按其取得來源和用途的不同，進項稅額的抵扣方式和比例也不盡相同。購進扣稅法下，農產品進項稅額抵扣如下表所示：
納稅人購進農產品既用於生產銷售或委託受託加工16%稅率貨物又用於生產銷售其他貨物服務的，應當分別核算用於生產銷售或委託受託加工16%稅率貨物和其他貨物服務的農產品進項稅額。
未分別核算的，統一以增值稅專用發票或海關進口增值稅專用繳款書上註明的增值稅額為進項稅額，或以農產品收購發票或銷售發票上註明的農產品買價和10%的扣除率計算進項稅額。
【提示1】從小規模納稅人處購入應稅農產品，取得增值稅專用發票，只能憑票抵扣3%的進項稅。
【提示2】從農業生產者處購入菸葉，按規定繳納的菸葉稅，準予併入菸葉產品的買價計算增值稅的進項稅額。 價外補貼菸葉稅稅率
購進菸葉準予抵扣的進項稅額＝收購價款×（1＋10%）×（1＋20%）×扣除率（10%或12%）根據購進菸葉的用途選定扣除率，購入後轉售扣除率為10%，購入後生產菸絲扣除率為12%。
【案例】某食品加工廠2018年8月從農業生產者手中收購糧食一批加工食品（16%稅率），農產品收購發票上註明價款100000元，委託運輸公司將糧食運回食品加工廠，支付不含稅運費3000元，一般納稅人運輸公司開具了增值稅專用發票，則該食品加工廠可以抵扣的進項稅額為多少元？
【解析】納稅人購進用於生產銷售或委託受託加工16%稅率貨物的農產品維持原扣除力度不變，按12%計算抵扣進項稅額。
可以抵扣的進項稅＝100000×12%＋3000×10%＝12300（元）
2、農產品進項稅額核定扣除方法
自2012年7月1日起，以購進農產品為原料生產銷售液體乳及乳製品、酒及酒精、植物油的增值稅一般納稅人，納入農產品增值稅進項稅額核定扣除試點範圍，其購進農產品無論是否用於生產上述產品，增值稅進項稅額均按照《農產品增值稅進項稅額核定扣除試點實施辦法》的規定抵扣。
核定扣除法的核心是以當期銷售產品或生產經營所實際耗用的農產品確定可以抵扣的進項稅額，不再採用購進扣稅法中農產品進項稅額憑票抵扣或計算抵扣一次性扣除進項稅額的方法。根據所購入農產品的用途不同，農產品核定扣除方法如下表所示：
【案例】某啤酒廠是增值稅一般納稅人，被納入農產品增值稅進項稅額核定扣除試點範圍。2018年8月，期初庫存優質大麥500公斤，每公斤購買單價4.8元，當月啤酒廠從農民手中收購一批優質大麥2000公斤，收購單價5元/公斤。已知每公斤大麥最終可以出產15升啤酒。當月銷售啤酒30000升，不含稅銷售價格為120000元。啤酒廠按投入產出法核定農產品生產貨物銷售增值稅進項稅額，當月啤酒廠應納增值稅稅額為多少元？
【解析】平均購買單價＝（500×4.8＋2000×5）÷（500＋2000）＝4.96（元）
當期農產品耗用數量＝30000×1/15＝2000（公斤）
當期允許抵扣農產品增值稅進項稅額＝2000×4.96÷（1＋16%）×16%＝1368.28（元）
【提示】
扣除率為銷售貨物（啤酒）的適用稅率。
當期銷售啤酒增值稅銷項稅額＝120000×16%＝19200（元）
當月啤酒廠應納增值稅＝19200－1368.28＝17831.72（元）
綜合中道財稅，稅務局等