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針灸開穴實用手機軟體在文末
中醫乃中正平和之道，中者平衡也。自古以來，中醫的先賢們通過觀測，不斷總結，得出天體運行與人體健康變化之間的規律，從而總結出中醫的核心觀點：天人合一
針灸是中醫古老的治療手段，中醫針灸不依賴外服藥物，僅靠毫釐鋒芒，調理頑疾，化解疼痛，是一門無比神奇的自然療法。子午流注，是中醫針灸以「天人合一「的觀點為理論基礎，根據天地變化規律，進行差異施治的方法。（中醫認為人體功能活動、病理變化受自然界氣候變化、時日等影響而呈現一定的規律。）根據這種規律，選擇適當時間治療疾病，可以獲得較佳療效。因此提出「因時施治」、「按時針灸」、「按時給藥」等。
子午流注的核心思想有兩個維度：一是根據經絡循行的規律，依據經脈氣血受自然界影響時盛時衰而定。意思是說：體內氣血周流出入皆有定時，根據這種方法可以推算出什麼疾病應當在什麼穴位進行治療，二是時間維度，根據不同的日子，不同的時辰，天體運轉位置所造成的能量場微小的差異（或者是巨大的差異），分別對人體的影響，借天之力順勢開穴。
子午流注原理源出《內經》，《靈樞》記載：「五臟五腧，五五二十五腧，六腑六腧，六六三十六腧」。五輸穴都是從井開始，然後流入滎，注入輸，行入經，匯入合，分別有出、流、注、過、行、入的不同，用以表示脈氣的盛衰，這就是「流注」兩個字的出處。
「子午」則是時間概念，《靈樞·衛氣行》篇說：「歲有十二月，日有十二辰，子午為經，卯酉為緯」。即將一年或一天中的時間，用子午卯酉劃分為四季的晝夜、朝夕、光熱、強弱的不同。古人經過長期臨床觀察，注意到自然變化與人體變化存在密切聯繫，因此發現其規律。實際治療時，特別重視日時寒溫與經氣盛衰的關聯，這種觀點為創立子午流注按時開穴奠定了基礎。
繼《內經》後，又有《難經》發揮了這種理論，補充了《內經》的內容。涉及五輸穴、原穴、輸穴等，對經脈氣血流注的盛衰開闔亦多論及，提出了母子補瀉法、四時五臟的針刺方法等。說明古代醫家已注意到時間在針刺治療上的作用。
醫聖張仲景在《傷寒雜病論》認為一晝夜中從巳時到未時（即9-15時）是自然界陽氣最旺盛的時候，人體此時陽氣也旺，所以太陽病不論是自愈或服藥而解多在此時，這就是「人與自然相應」、「因時制宜」等理論法則的實際應用，為後世醫家研究按時針灸的方法提供了更具體的理論依據與實踐基礎。
西晉時期，皇甫謐對《內經》、《難經》中的針灸理論及操作方法，進行了一次大總結。他根據《素問》、《針經》、《明堂孔穴針灸治要》的基本內容，撰寫《針灸甲乙經》十二卷，128篇，涉及臟腑、經絡、腧穴、病機、診斷、治療等多方面，為我國現存最早的較有系統的針灸專書。特別值得一提的是，他很重視氣血流注的時辰及迎隨補瀉手法，在多卷中均有論述。此外，晉代《抱樸子·雜應》中還有《明堂流注偃側圖》的記載，說明經絡氣血流注的規律己被正式研究，為形成「子午流注針法」打下了堅實的基礎。
由晉至唐，臨證醫學的發展特點是日益趨向專業化，針灸學這門專科也有較大的發展。
宋金時期，何若愚率先提出「子午流注」之稱，並系統地論述了子午流注納甲法，撰寫《流注指微論》三卷、《流注指微賦》一篇。
貞元元年（公元1153年）閻明廣在其基礎上撰寫《流注經絡》、《井滎圖》多篇，形成《子午流注針經》。該書為我國最早的較為完善的子午流注論著。
另外，金代針灸醫家竇漢卿在《標幽賦》、《通玄指要賦》等篇章均涉及了子午流注針法，他提出的八脈交會穴及相關配穴法，為後世靈龜八法的形成奠定了基礎。
明代形成的針灸著作較多，諸家對子午流注的研究亦更深入，如徐鳳撰寫了《針灸大全》六卷，提出了「靈龜八法」、「飛騰八法」，詳細論述了子午流注及日時開穴推算方法，撰寫《子午流注逐日按時定穴訣》，為子午流注納甲法的臨床運用提供了方便。
明代嘉靖年間，高武匯集明以前的針灸文獻，包括《內經》、《難經》、《明堂針灸圖》等16種著作，結合自己的學術見解與臨床經驗，編著了《針灸節要》、《針灸聚英》，提出了「十二經病井滎輸經合補虛瀉實法」，即今人所稱「子午流注納支法」。
同一時期，徐春甫著《古今醫統》對子午流注針法有許多有價值的發揮；李梃所著的《醫學入門》，以歌賦形式為正文，以注釋作補充說明，簡要易懂，其中有「流注開闔」、「流注時日」兩文，提出了「合日互用開穴什的取穴法則，為擴大應用流注開穴，作出了貢獻。
《針灸大成》是明代針灸醫家楊繼洲所著，全書分為十卷。卷一為集錄《內經》、《難經》等；卷二、卷三為針灸歌賦；卷四為針法；卷五為子午流注及靈龜八法；卷六、卷七為經絡、經穴經外奇穴；卷八為諸症治法；卷九為名醫治法與灸法、楊氏醫案；卷十為《陳氏小兒按摩經》。
《針灸大成》總結了明代以前針灸學的成就以及他的學術見解，內容包括針灸理論、方法和腧穴圖等，是針灸學專著中流傳較廣，影響很大的一部書。其中卷五載各家對子午流注、靈龜八法的有關論述，並附圖解及歌訣，從書得各卷中也可以看出他對流注取穴的重視。在收錄的醫案中也有不少「擇時針穴」或用八法取穴的驗案。
清代對於子午流注的研究似乎陷於停頓狀態。道光二年（公元1822年）清王朝下令太醫院永遠廢止針灸科，針灸學術趨於衰落，子午流注針法的應用越來越少。同治十三年（公元1872年）由廖潤鴻撰寫的《針灸集成》一書，雖然特別重視五輸穴的應用，但對與子午流注針法，並未深入論及。
民國時期，不少人認為以天幹、地支、陰陽、五行等為基礎的子午流注針法具有唯心論的色彩，研究的人較少。
解放後，針灸又獲得新生。解放初期朱璉編寫的《新針灸學》雖未具體論及子午流注，但卻認識到選擇適當的時機進行針刺的重要性，把「刺激的時機」、「刺激的穴位」、「刺激的手法竹並列為針灸治療的三大關鍵。
重慶第一中醫院吳棹仙所著的《子午流注環周圖》、《子午流注說難》及承淡安、陳璧琉、徐惜年合編的《子午流注針法》很好地推動了子午流注學說的發展。
明 徐鳳
甲日戌時膽竅陰，丙子時中前谷滎，
戊寅陷谷陽明俞，返本丘墟木在寅，
庚辰經注陽溪穴，壬午膀胱委中尋，
甲申時納三焦水，滎合天幹取液門。
乙日酉時肝大敦，丁亥時滎少府心，
己丑太白太衝穴，辛卯經渠是肺經，
癸巳腎宮陰谷合，乙未勞宮火穴滎。
丙日申時少澤當，戊戌內庭治脹康，
庚子時在三間俞，本原腕骨可祛黃，
壬寅經火崑崙上，甲辰陽陵泉合長，
丙午時受三焦木，中渚之中仔細詳。
丁日未時心少衝，己酉大都脾土逢，
辛亥太淵神門穴，癸丑復溜腎水通，
乙卯肝經曲泉合，丁巳包絡大陵中。
戊日午時厲兌先，庚申滎穴二間遷，
壬戌膀胱尋束骨，衝陽土穴必還原，
甲子膽經陽輔是，丙寅小海穴安然，
戊辰氣納三焦脈，經穴支溝刺必痊。
己日巳時隱白始，辛未時中魚際取，
癸酉太溪太白原，乙亥中封內踝比，
丁丑時合少海心，己卯間使包絡止。
庚日辰時商陽居，壬午膀胱通谷之，
甲申臨泣為俞木，合谷金原返本歸，
丙戌小腸陽穀火，戊子時居三裡宜，
庚寅氣納三焦合，天井之中不用疑。
辛日卯時少商本，癸巳然谷何須忖，
乙未太衝原太淵，丁酉心經靈道引，
己亥脾合陰陵泉，辛丑曲澤包絡準。
壬日寅時起至陰，甲辰膽脈俠溪滎，
丙午小腸後溪俞，返求京骨本原尋，
三焦寄有陽池穴，返本還原似嫡親，
戊申時註解溪胃，大腸庚戌曲池真，
壬子氣納三焦寄，井穴關衝一片金，
關衝屬金壬屬水，子母相生恩義深。
癸日亥時井湧泉，乙丑行間穴必然，
丁卯俞穴神門是，本尋腎水太溪原，
包絡大陵原並過，己巳商丘內踝邊，
辛未肺經合尺澤，癸酉中衝包絡連，
子午截時安定穴，留傳後學莫忘言。