在《鑑定意見》中，專家們從考古學、歷史學、古文字學等角度就清華簡的時代、內容作出了鑑定。《鑑定意見》指出，從竹簡形制和文字看，這批竹簡應是楚地出土的戰國時代簡冊。這批竹簡內涵豐富，初步觀察以書籍為主，其中有對探索中國歷史和傳統文化極為重要的「經」「史」類書，大多在已經發現的先秦竹簡中是從未見過的，具有極高的學術價值；在簡牘形制與古文字研究等方面也具有重要價值。對於清華簡的學術意義，《鑑定意見》中有這樣一段話：
這批戰國竹簡是十分珍貴的歷史文物，涉及中國傳統文化核心內容，是前所罕見的重大發現，必將受到國內外學者重視，對歷史學、考古學、古文字學、文獻學等許多學科將會產生廣泛深遠的影響。
拍攝
清華簡是十分珍貴的歷史文物，對它的拍照必須要符合文物保護與研究的要求。為了更好地還原清華簡的真實面貌，清華大學決定探索性地採用溼版彩色拍攝法，即「飽水拍攝法」。飽水拍攝法更加符合竹簡保護與研究的要求，但是這種拍攝方法也有許多拍攝上的困難：第一，在拍攝過程中不能下透，竹簡表面必須保持一定的溼度；第二，竹簡本身是吸光體，在經過飽水保護處理之後表面形成一層水膜，形成類似鏡面的反射，在一定程度上又可以看做是反光體；第三，雖然竹簡外形大體一致，但是每一枚竹簡的細節都有所不同，如厚薄、寬窄和竹節的位置等。另外，由於清華簡已歷經兩千多年，部分竹簡發生黴變、腐化，凹凸不平的表面極易形成方向不同、形狀不一、難以控制的光斑，導致拍攝過程很難確保所有的轉折面都能避免光斑的形成。因此，如何原質原貌地表現竹簡是這一拍攝課題的最大難點。清華大學出土文獻研究與保護中心的工作人員與美術學院的攝影人員進行了共同研究，經過長期的反覆實驗，最終找到了解決的方案。研究人員發現，竹簡經過處理後，顏色顯得更加飽和、豔麗，竹簡與其表面文字的顔色反差加強，這為更加完美地表現竹簡,獲得高質量的竹簡圖版奠定了重要的基礎。
在出土文獻研究與保護中心積極準備清華簡拍照工作的同時，還有幾件工作也在同時進行。
2008年12月1日，《光明日報》發表了李學勤教授《初識清華簡》一文。李學勤教授在文中介紹了清華簡的相關情況，並指出：要認識清華簡的學術價值，可以王國維1925年在清華所作的《最近二三十年中中國新發現之學問》的講演作為參考。王國維將孔壁中經和汲冢竹書視為「自漢以來中國學問上之最大發現」，這兩項「最大發現」都是戰國時期的竹簡書籍，都在學術史上造成了重大影響。而孔壁中經和汲冢竹書中最重要的發現即為《尚書》和《紀年》,正好與此次清華入藏的竹簡內容相似。因此，清華簡的發現「給我們研究古代歷史和文化帶來了新的希望，也一定會在學術界造成深遠長久的影響。有關《尚書》《紀年》的一些懸疑不決的問題，很可能由於新的發現獲得解決」。
2008年12月16日—17日，由國家文物局主辦，清華大學、中國文物保護協會、出土木漆器保護國家文物局重點科研基地協辦的「出土飽水竹木漆器及簡牘保護學術研討會」在清華大學召開。與會學者對於飽水竹木漆器及簡牘保護的經驗和技術進行了交流，一些專門從事竹簡保護的專家還對清華簡的進一步保護和整理工作提出了中肯的建議。
2008年12月，受清華大學約請，北京大學加速器質譜實驗室、第四紀年代測定實驗室對清華簡無字殘片樣品做了AMS碳14年代測定，經樹輪校正的數據判斷竹簡時間為公元前305±30年，即相當於戰國中期偏晚，這與前述的鑑定專家對於清華簡的時代判定完全一致。在此之前，清華大學分析中心對清華簡多片樣本做了含水率的測定，竹簡絕對含水率約為400%；另外，中國林業科學院對清華簡無字殘片和漆笥殘片也做了種屬鑑定，竹簡殘片鑑定結果為「剛竹」，漆笥殘片鑑定結果為「楓楊」。
2008年12月，清華大學正式聘請李均明、趙桂芳、沈建華三位先生為出土文獻研究與保護中心的研究員。
從2008年12月下旬開始，清華簡的拍照工作正式開始，由於事先做了大量的實驗，拍照流程又設計得非常周密，拍照工作進展非常順利。經過二十多天的辛勤努力，到2009年1月中旬，清華簡的拍照工作基本完成。其中有一部分字跡模糊的竹簡還需要補拍紅外照片。
清華簡拍照的大致流程是：
1.脫色。竹簡照相前需要進行脫色，因為出土的竹簡顏色深淺不一，照相效果不夠理想，通過脫色，可以使竹簡色澤接近其最初的狀態。脫色後大部分竹簡色澤變為米黃色，基本上還原了竹簡的本來顏色，字跡也變得更加清晰，拍照效採較好。
2.登記編號。對原來沒有編號的竹簡進行登記編號，把若干枚竹簡放在一個版面上，為拍照做準備。
3.拍照。清華簡的拍照採用了對飽水竹簡進行彩色拍照的方法，由於科研人員事先反覆實驗，已經掌握了相關的拍照技術.所得到的竹簡照片效果十分出色，應該說是迄今為止最好的竹簡照片。
4.浸漂。把拍完照的竹簡放在蒸餾水中進行若干次的浸漂，清洗掉竹簡脫色時使用的化學藥劑。
5.固定。將浸漂好的竹簡放在玻璃條上，捆線固定。在玻璃條的上端加上不鏽鋼的編號牌，每一枚簡對應一個編號，然後按順序放到蒸餾水裡，這樣每枚竹簡都有了自己的編號，今後研究順序就以這個編號為準。
在照相過程中總共給竹簡編了2388個編號，這也是清華簡主要內容所在。後來工作人員在一些原以為是無字的殘簡中又發現了文字，總數有100多枚，因此清華簡最終的數量是接近於2500枚。