很多人認為，「灌頂」就是高僧在你頭頂上灑點聖水，或者在你頭頂上摸一摸，或者用佛像或法器在你頭頂上放一下，就是灌頂了。這實在是對灌頂極大的誤解。
灌頂，梵文為「阿毗曬噶」，原意是古印度帝王即位的儀式。佛教密宗效此法，凡弟子入門或繼承阿闍梨位時，必須先經本師按儀軌給予灌頂。灌謂灌持，表示諸佛的護念、慈悲；頂謂頭頂，代表佛行的崇高。
灌頂儀式具有多重意涵：如加持（令弟子得到上師及本尊的加持）、隨許（授權弟子觀想自己為本尊、持咒及作本尊手印等修持）、授記（令弟子種下在未來成為本尊、證悟佛境之種子）、淨化（減少或洗淨弟子身口意的各種惡業），等等。可見，灌頂的意義在於開發修持者的佛性，引導其走向成佛之路。
同時，灌頂在實質上還是一種高層次的授戒，即授密乘戒。它對上師和弟子都有所要求。上師必須具有灌頂的資格，即學問、戒行、密法修持缺一不可，其傳承必須毫無缺失；弟子方面，亦需符合一定的標準，如必須了悟顯乘法理（出離心、菩提心及空性正見）或至少對其有一定的理解，另外必須要有很強烈的求法心，並對上師具有堅定的信心。此外按照密宗的傳統，弟子必須供養才能獲得灌頂，上師在灌頂時接受供養，是為了顯示法的尊貴難得。
灌頂儀軌必須完全遵從傳承的密法經典的規定，在莊嚴的曼荼羅前舉行。舉例來說：首先，接受灌頂的修持者沐浴清潔身體，並依照密宗禮儀身著嶄新的僧衣；然後，金剛上師用一個盛滿聖水的寶瓶，向受灌頂者頭上灑少許聖水，之後再盛在嘎巴拉碗裡讓受灌頂者喝幾口（這能祛除修持者身心的無明煩惱及垢穢，洗淨身口意的各種惡業）；接著金剛上師根據密宗修持者的性格、生理等特點，為他選擇一尊本尊（佛菩薩），傳授如何修持本尊法，以及設立壇城或曼荼羅等密宗儀軌。以後修持者就可以自行修持密法了。
灌頂基本上可分為四級：身具金剛之功能者，應接受寶瓶灌頂，可修行生起次第的三摩地法；言具金剛之功能者，應接受秘密灌頂，可修氣、三脈五輪、明點；意具金剛之功能者，應接受智慧灌頂，可修樂空雙運；三密皆淨者，應接受勝義灌頂，可證得光明空性不二的境界。
在傳統上，弟子不會隨便參加灌頂（隨許法會、長壽灌頂及某些特別因緣下所舉行的集體大型公開時輪金剛灌頂為例外），他會謹慎選擇合格的明師，並考慮是否能遵守儀式內所授之戒條；而上師也要確定弟子有資格接受該灌頂後，才能正式舉行灌頂儀式，一點兒也不能馬虎。可見，這是一項神聖而嚴肅的佛教活動，並帶有某種神秘色彩！