東漢末年至魏晉南北朝時期是中國歷史上最混亂的時期之一，人們一般認為，造成這種混亂局面的是數不清的戰爭。但事實上，戰爭只是一個方面，還有一個很重要的原因是瘟疫流行。
東漢末年，尤其是桓靈期間，瘟疫已經相當嚴重了。延熹七年，方士襄楷上疏說，當時的現狀是「天象異，地吐妖，人疾疫。」漢靈帝時期，15年間爆發了五次瘟疫，其中以公元182年最為猛烈，那次瘟疫導致中原「家家有扶屍之痛，室室有號泣之聲。或合門而亡，或舉族而喪。」
瘟疫的橫行，加上皇帝賣官鬻爵，大臣貪汙受賄，本來就生活在水深火熱中的老百姓更是沒有了活路。第二年，醞釀黃巾起義的張氏三兄弟趁機建立太平道，用符水給人治病，救活了不少人，贏得了眾多人的信任。十多年間擁有了幾十萬的信徒。太平道用治病的方式拉攏人心，可見當時的疫情很嚴重。之後，張角等人終於拉起起義的大旗，發動了歷史上著名的黃巾起義。
我國古代著名醫學家張仲景在他的《傷寒雜病論》序中寫道：「餘宗族素多，向餘二百。建安經年以來，猶未十年，其死亡者，三分有二。傷寒十居其七。」曹丕在《與吳質書》中也寫道「昔年疾疫，親故多離其難。」一個是大族兼名醫，一個是王族後裔，他們的家庭條件和醫療條件要比一般人好得多，在疾病面前都損失慘重，普通人的情況就可想而知了。
瘟疫不僅發生在人們的生活中，戰爭中也會發生。公元222年，曹丕派夏侯尚圍攻江陵。曹軍把江陵城被圍得水洩不通，攻城的地道也已經挖好，馬上就要發起合圍的總攻。就在這時，江陵「城中疫氣疾病，夾江塗地。」曹丕怕軍隊被傳染，不得不下令撤軍。這是曹丕第一次與東吳作戰，他雖然不甘心撤軍，但在天災面前也只好如此。
同一時期，地處歐洲的羅馬帝國也是各種流行病肆虐，好幾位羅馬皇帝在外出徵戰時染病死亡，致使羅馬帝國的對外擴張不得不中止。
全球範圍瘟疫橫行，而那時候因為交通不發達，交流還不順暢，為何會在差不多同一時期發生如此大範圍的疾病呢？科學家通過研究給出答案：氣候變遷。
疾病的流行需要在一定的天氣條件和氣候環境中產生。一般來說，氣候異常會導致病菌生存環境發生變化。病菌為適應新的環境，會產生過度繁殖或變異等現象。而病菌的這一變化會讓它的毒性大大增強，甚至使人體的免疫系統失效。隨著變異病菌的四處傳播，疫情會迅速蔓延。
從歷史記錄來看，重大疫病的發生和氣候有很大關係，越是寒冷時期，發生的頻率越高。寒冷期易發病還有一個重要原因就是，這一時期，農作物產量減少，人們的生活水平普遍下降，從而出現營養不良等狀況，致使人體的免疫力下降。人體和病毒的對抗就像兩個人打架，你弱了他就強，你強了他就弱。
我國著名科學家竺可楨在《中國近五千年來氣候變遷的初步研究》中指出，東漢末年到魏晉南北朝時期是我國古代史上第一個寒冷期。氣候的突變、統治者不恤民情和戰爭的多發交織在一起，讓社會變得更加混亂。百姓流離失所，出現「白骨露於野，千裡無雞鳴」的悲慘局面。