近年內地不斷調整加工貿易政策，而沿海東部地區亦不再批出新的來料加工牌照，不少內地港商都轉為三資企業，進行進料加工，但轉型後卻失去原本的稅務優惠，利得稅要倍增外，更被香港稅務局追收最多7年稅款差額，部分涉及資金數以百萬元計，受影響企業逾400家。香港工業總會主席孫啟烈表示，稅局在金融海嘯打擊、訂單急跌之際追收款項，只會加速企業倒閉，對香港和企業百害而無一利。
配合內地政策轉為三資企業
孫啟烈表示，現時香港稅務局對廠家在內地的來料加工和進料加工，實行兩種不同的徵稅方法，前者可以50：50的比例計算利得稅，即僅一半的利潤要在香港徵稅，且廠家在內地使用的機器也可享用折舊免稅額，但當該部分企業轉型為三資企業，進行進料加工時，香港稅務局即指這些廠家不再符合享有相關的稅務優惠，並向他們清查追收轉型後未繳交的相關稅款。
未能享受來料加工稅務優惠
他指出，其實來料加工和進料加工本質上並沒有分別，運作也大致相同，基本上是港商提供原材料或配件給內地的企業，待加工完成後再出口，因此稅務局應該一視同仁，給來料加工和進料加工同樣的評稅方法。"我自己間公司在92年轉型，但都在98年被稅局追款。如果有問題，為何當年不通知我，要之後幾年追款，這對企業造成很大的資金壓力。系唔系要迫廠家將更多業務搬去內地，等第時唔使香港交稅。"
稅局重新評稅廠家大失預算
孫啟烈表示，當初廠家申請以50：50比例計算利得稅和機器折舊免稅額，已得到稅務局批准，但稅務局突然要求重新評定稅款於理不合。同時，面對稅務局要求即時補回大筆稅款，廠家除了大失預算之外，也確實無法抽出資金應付。
至於機器折舊免稅額方面，現時不少從事進料加工的廠家有提供機器給內地的加工廠免費使用，但稅務局卻往往以《稅務條例》第39E條的反避稅條文，來限制港商取得有關機器的折舊免稅額。他認為，稅務局既要求廠家就進料加工所得的利潤全數課稅，同時又不允許扣除其機器的免稅額，實有違對納稅人公平的原則。
冀稅例顧及加工貿易新形勢
由於三資企業須以進料加工的形式從事加工貿易，如果特區政府不更改對進料加工的徵稅方式，企業決定轉型時要考慮增加的稅負，意欲會減低，最終影響國家推動產業轉型升級的大政策。因此，工總促請稅務局根據加工貿易發展的最新形勢，重新演繹《稅務條例》，並更改稅務局評稅的內部指引，讓從事來料加工和進料加工的企業，得到同樣的評稅方法。
另外，工總建議稅務局，容許從事進料加工的製造企業在符合稅務原則的情況下，可以申請機器折舊免稅額。同時，縮短稅務局可重新評定企業利得稅的年限，希望貼近外國的同類規定，其中不少外國地方把年限定在三至四年。最後，希望在企業提交了報稅表後，如一年內稅務局沒有提出查問，則報稅表應視作得到稅務局同意。
工總立法會代表梁君彥表示，早前已就有關問題向特首曾蔭權反映意見，但未有透露曾蔭權的回應。孫啟烈亦表示，曾向政務司司長唐英年和財經事務及庫務局局長陳家強反映相關意見。
擬設港商銷售中心助拓內銷
另外，為了協助港商打入內銷市場，工總計劃在內地設立港商銷售中心，長期展銷香港公司的產品，中心地點未定，但數目可能多於一個，將考慮深圳、廣東或東莞等交通便利之地。
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