滿清能夠入關得了天下，純粹是因為李自成和崇禎之間的鷸蚌相爭，讓清朝這個漁翁得利，撿了一個大便宜。而且，滿清的這位大恩人李自成，還幫忙解決了一個大問題，就是太廟中明朝皇帝的牌位問題。
清軍統帥多爾袞，在李自成陝西稱帝，進攻明朝前，曾寫信向李自成求和，希望能夠「協謀同立，並取中原」，以實現滅明之後，「富貴共之」的目標。不過，多爾袞的請求並沒有得到李自成的回應。
李自成反而在破北京之前，給崇禎上書，希望崇禎立他為王，賞銀百萬，那麼，他就願意率領大軍去滅了盤踞遼東的清國。
最終，崇禎並沒有答應李自成的請求。
隨即李自成率軍攻入北京城。崇禎皇帝煤山自縊，明朝定格在了1644年。多爾袞則趁機收降了吳三桂，擊敗了李自成，率清軍入關，成功佔領了北京紫禁城。
滿清的八旗軍，此時雖然戰鬥力非常強悍，但是，當他們面對廣闊博大的漢人腹地之時，多爾袞心裡還是發虛。於是，他又玩起了聯合南明，攻打李自成的把戲。
多爾袞為了達到收買明朝勳貴，安撫漢人，同時結好南明的目的，賊喊捉賊，打出了「為爾等復君父仇」的大旗。甚至，他還寫信給當時的南明督師、兵部尚書史可法，表達了聯合南明，一起消滅李自成的決心。單純的史可法，竟然還信了，唉。
既然是要替崇禎報仇，多爾袞自然是要有所表示了。他下令，為已經駕崩的崇禎舉哀三日，並對外宣稱將以最高規格安葬崇禎。然後，還祭祀了明朝的帝陵。
接著，清廷又以非常隆重的儀式，將明太祖朱元璋的神主，安放到了歷代帝王廟祭祀，並以明朝開國功臣徐達、劉基從祀。
通常，太廟用來奉祀當朝先皇的神主牌位，而歷代帝王廟，則是祭祀之前歷朝賢明帝王的廟宇。
最初，朱元璋在明朝都城南京建造了太廟和歷代帝王廟。朱棣遷都北京後，修建了北京太廟。嘉靖時期，嘉靖帝又按照南京歷代帝王廟的樣式，在北京興建了歷代帝王廟。嘉靖的這一舉措倒是很有先見之明，在滿清入關後，終於讓明朝的歷代帝王神主有了安放的地方。
既然明太祖朱元璋的神主牌位被放到了歷代帝王廟，那北京太廟中其他明朝皇帝的牌位呢？
答案很明確，被焚毀了。只不過，這事不是多爾袞幹得，而是李自成幹得。
據《明史》記載，李自成進入北京城之後，「焚太廟神主，遷太祖主於帝王廟。」
李自成絕對是滿清的神助攻呀，把麻煩事全都提前幫多爾袞處理好了。所以，多爾袞進了紫禁城之後，實際上只需要舉行個儀式，昭告天下，他們還是很尊重明朝先祖就行了。
明朝共有十六帝，最初入歷代帝王廟的只有明太祖朱元璋，其後，又陸續進了十二帝。
康熙十七年，康熙下旨，將明孝宗增祀歷代帝王廟。
康熙六十一年，康熙又突然對歷代帝王廟進行大擴容，將明成祖、仁宗、宣宗、英宗、景帝、憲宗、孝宗、武宗、世宗、穆宗、愍帝（即崇禎）全部入祀歷代帝王廟。此時，加上明太祖，明朝共有十二帝入祀。
而明神宗萬曆帝、明光宗泰昌帝、明熹宗天啟帝，被康熙認為是真正亡了明朝的昏庸之君，神主就沒有增祀。康熙的這一主張，也得到了後世乾隆的贊同。
到了乾隆元年，乾隆又下旨將建文帝神主入祀，位次明太祖。
至此，明朝十六位皇帝中，除了萬曆、泰昌和天啟，其他十三位帝王的神主全都進了歷代帝王廟祭祀，一直維持到現在。