當今對大學教師的考核當中，科研課題佔了很大一部分的比重，好像一個教師的能力，都體現在了承擔過什麼課題上，而一個學校的水平，也往往跟每年申請到的省部級、國家的課題數量有關，而研究課題就需要花錢，國家近年不斷增加科研經費的投入，這一大筆錢都用在什麼地方了，是不是都分給老師和學生花了？
科研經費的使用不外乎就是那幾項，調研、圖書資料、器材購置、會議、辦公用品，科研項目資金的使用有著一套嚴格的管理制度，每項費用支出都有嚴格的報銷流程。有些人可能在私下裡曾質疑：這些科研項目真值這麼多錢嗎，反觀這些年我們的諸多重大科研項目，有多少進入了世界的領先領域，又有多少能夠真正地幫我們解決了生活中遇到的重大問題？ 搞科研猶如創業，最終大多結果都是泛泛而過，少數有價值的成果能夠推動社會發展進步，但是你不去投入經費去搞科研，你就連這些少數成果也沒有，甚至長此以往慢慢地就落後於世界。
對科研經費的使用，高校裡有著不同的聲音，有些老師覺得現在大學和科研單位的經費主要不是用來提高學者的工資，而是用來造大樓，裝潢辦公室和研究室等等，全都用在硬體設施上，而目前學者的收入水平整體偏低。而相反的有些人覺得，有大把科研經費或頭銜的導師，與學生的關係變成了僱傭關係，你給我幹活發文章，我撈名，學生換來文憑加獎金，原本沒看出其有高超的水平，可是一旦有了經費或頭銜，論文就滾滾而來。
任何事物的發展都在曲折中前進，針對高校科研經費暴露出來的問題，近期以來，國家科技部制定了優化科研管理、提升科研績效的若干措施，建立以科技創新質量、貢獻、績效為導向的分類評價體系，並加大對領域核心技術攻關任務的科研人員的薪酬激勵等等，未來這些一系列問題將會逐步得到解決。