1880年9月11日(真是吉日)孔祥熙出生於山西太谷縣，是孔子七十五代孫，先祖為明朝萬曆年間進士，曾多次赴山西任縣令，後加入山西籍。孔祥熙世代讀書做官，勤儉持家，勤儉持家，但是到了孔祥熙父親孔繁慈這裡，正值鴉片大量流入中國之時，孔父染上了惡習，家道衰微。
孔祥熙在9歲時患上腮腺炎，接受中醫治療後無效，轉而求救於西藥很快痊癒，孔家人頓時覺得西藥可信，第二年10歲的孔祥熙就進了基督教公理會館辦的華美小學，畢業後1894年考入直隸通州的潞河書院，學習期間受洗加入了基督教。義和團運動爆發後，為了躲避動蕩，孔祥熙回到了家鄉山西，結果也流行義和團，一般都是殺掉教民燒教堂，幸好老家孔祥熙順利地躲了過去，待風潮過去，孔祥熙向公理會報告了老家太谷縣的損失情況，並竭盡全力協助教眾進行善後工作，公理會對此十分讚賞。
孔祥熙1905年畢業於俄亥俄州歐柏林學院，攻讀耶魯大學礦物學碩士學位。回到家鄉太谷縣，1907年在家鄉創建銘賢學堂(現在的山西農業大學前身)。
一九一一年辛亥革命爆發，孔祥熙以他在山西辦學的號召力，組織民團維持當地秩序，後來被推舉為山西中路民軍總司令。但是不久後，1912年離職，與帶兵孔祥熙相比，更喜歡賺錢，那一年，中國民眾大多還在用煤油燈照明，看到商機的孔祥熙立即找到英國殼牌公司，取得其煤油產品在山西的獨家代理權，賺了第一桶金。
袁世凱上臺後開始迫害革命黨人，加上孔祥熙首任妻子韓玉梅病逝，令人沮喪的是，1913年東渡日本擔任「中華留日基督教青年會」總幹事時，積極為孫中山籌募活動經費，認識了孫中山的英文秘書宋靄齡，並於次年結婚。大家也許不太熟悉宋靄齡，但是看她的名字應該能猜出她的兩個妹妹，對，這兩個妹妹就是宋慶齡和宋美齡，後者後來分別嫁給了孫中山和蔣介石。
一九一五年孔祥熙夫婦回山西經商辦學，一九二五年孫中山在北京去世，蘇聯玻璃棺材還沒有運到，孔祥熙便拿出五萬元為妹夫定做了一副銅棺，並成了總理遺囑的見證人之一。一九二六年，孔祥熙在廣州任廣東省財政廳長，正式涉足政治。第二年蔣介石和宋美齡在上海結婚，孔祥熙的第二個妹夫就到了。
孔祥熙的妹夫蔣介石也在此後的年月裡，在宋子文敗亡後掌管著蔣家王朝的財政大權，接任之初，國民政府的財政幾乎崩潰，在孔祥熙的改革之後，略微穩定下來，為後來的抗日戰爭奠定了財政基礎，避免了民國財政徹底淪為外資的獵場。
抗日戰爭爆發後，孔祥熙採取「為己兩手抓」的辦法，竭盡所能地為民國政府出錢出力，同時又用權力發展家族企業，大肆斂財。1944年孔祥熙被揭發貪汙舞弊，免於財政部長一職，次年又辭去中央銀行和行政院的職務，1947年與夫人宋靄齡赴美定居，1967年在紐約去世，享年87歲。
曾有一段時間蔣經國對孔祥熙有兩種不同的評價，年輕時的蔣經國把孔祥熙說成是「國蛀人」，後來改為「兢業業」。兩者的評價實際上也是對照孔祥熙矛盾一生的。