辣椒炭疽病的防治：
一、種子消毒。方法是先用涼水預浸1~兩小時，然後用55℃的溫水浸十分鐘，再放入冷水中冷卻後催芽播種，或是將種子在涼水中浸泡6~15小時，再用1%硫酸銅溶液浸五分鐘，澇出後再用草木灰中和酸性，再進行催芽播種。
二、加強田間管理。合理密植，棚室要合理通風，避免高溫高溼，注意排水，適當增施磷鉀肥。及時清除病葉、病果及殘株，與瓜類豆類蔬菜實行2~3年輪作。
三、發病初期及時用藥，常用藥劑有50%甲基託布津可溼性粉劑400~500倍液，或80%代森鋅可溼性粉劑500倍液，或75%百菌清可溼性粉劑600倍液，或50%炭疽福美300~400倍液，每隔七至十天噴一次，共2至3次。
辣椒疫病的防治方法：
一、選用無病新土育苗或床土進行消毒，用25%瑞毒黴或75%百菌清每平方米8克農藥加10~15公斤細土拌勻，將1/3藥土施入床內，播種後將剩餘的2/3藥土覆蓋其上。
二、加強栽培管理，注意通風透光，防止溼度過大，選擇晴天澆水，澆水後注意提溫降溼，要避免高溫高溼，及時拔出病株。
三、藥劑防治：1、定植前用25%瑞毒黴或75%甲霜靈800倍液灌根，5~7天灌一次。2、定植後發病前可噴80%代森錳鋅600倍液加以保護，15天一次。3、發病初期可噴灑40%乙磷鋁可溼性粉劑200倍液，或75%百菌清可溼性粉劑600倍液，或64%殺毒礬可溼性粉劑400~500倍液，每畝施藥液40公斤，隔7~10天一次，連續2至3次。
4、保護地可用45%百菌清煙劑每畝250~300克。病害嚴重時，用藥間隔期可縮短。5、實行輪作，避免同瓜、茄果類蔬菜連作，可以十字花科、豆科蔬菜輪作。