天啟六年即天命十一年（1626年），八月十一日，努爾哈赤在清河的返回途中，距離瀋陽東40裡的靉雞堡與世長辭。努爾哈赤的死因，《清太祖高皇帝實錄》記載：「庚戌，未刻，上崩，在位凡十一年，年六十八。」從實錄上來看，對死因的記載非常簡單。
關於努爾哈赤的死因，還能找到其他資料，（明東江疏報：八月初二日，急歸報臣：老努背生惡瘡，帶兵三千，見到威寧堡狗兒嶺湯泉洗瘡……）、（明遼東督師王之臣、遼東巡撫袁崇煥疏報：奴酋恥寧遠之敗，遂蓄慍患疽，死於八月初十日）（朝鮮《李朝仁祖大王實錄》記載：七月問得肉毒病，沐浴於遼東溫井，而病逝漸重，回向瀋陽之際，中路而斃，立其第四子。）
努爾哈赤雕像
從這三個記載來看，都說努爾哈赤因病而死，進一步分析，努爾哈赤在寧遠城下可能受炮傷，被眾貝勒簇擁著撤退，當時的消炎藥不是多好，到了七八月份天氣炎熱的時候，傷口容易化膿、敗血，他又到湯泉洗溫泉澡，這樣病情加重，結果來不及返回瀋陽，就在靉雞堡去世了。
努爾哈赤屍骨未寒，後金內部就發生皇位繼嗣之爭。努爾哈赤共16個兒子，當時四大貝勒為代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極，四小貝勒為阿濟格、多爾袞、多鐸、濟爾哈朗，這一場承嗣汗位淘汰賽就這樣拉開帷幕了。
努爾哈赤雕像
阿敏和濟爾哈朗是舒爾哈齊的兒子，屬於旁支，不能爭位，淘汰！三貝勒莽古爾泰的生母富察氏，因夫君戰死而改嫁努爾哈赤，富察氏有過錯，莽古爾泰便親手殺死了他的生身母親。這件事雖博得努爾哈赤的信任，但是在他的兄弟、大臣中威望下降。所以莽古爾泰在爭奪汗位中也沒有什麼競爭力了，淘汰！
努爾哈赤最愛的多爾袞，為何也被淘汰的呢？還得從多爾袞的母親阿巴亥說起，阿巴亥是努爾哈赤晚年的寵妃，為阿濟格、多爾袞和多鐸的生母。《清太祖武皇帝實錄》記載：「諸王告訴她，努爾哈赤留下遺言要她殉葬，阿巴亥支吾不從。」
多爾袞雕像
諸王曰：「先帝有命，雖欲不從，不可得也。」阿巴亥遂穿禮服，飾珠寶，哀謂諸王曰：「吾自十二歲事先帝，豐衣美食，已二十六年。吾不忍離，故相從無地下。吾二幼子多爾袞、多鐸，當恩養之。」諸王泣而對曰：「二幼弟吾等若不恩養，是忘父也。」十二日，自盡，年僅37歲。遂與努爾哈赤同葬。
然而《清太祖高皇帝實錄》則沒有這段記載，只寫大妃身殉，沒有寫原因。《北遊錄·紀聞下》記載：「大妃「被宗室大臣勒令自盡。」就這樣，大福晉阿巴亥成為後金爭奪的政治犧牲品。同時殉葬的還有兩位庶妃阿濟根和德因澤。阿巴亥死後，多爾袞和多鐸年少，無力爭奪汗位，淘汰出局。
皇太極畫像
汗位的爭奪主要在皇太極和代善之間角逐，代善雖然是大貝勒，在汗位爭奪中，也敗給了皇太極。《滿文老檔》記載：「天命五年即萬曆四十八年（1620年）三月，努爾哈赤小福晉德因澤告發代善與繼母大福晉阿巴亥關係曖昧：「阿巴亥曾二次備辦飯食，送與大貝勒，大貝勒受而食之。」
又一次送飯食與四貝勒，四貝勒受而未食。且大福晉一日二三次差人至大貝勒家，如此往來，諒有同謀也！福晉自身深夜出院亦已二三次之多。」德因澤又告，每當諸貝勒大臣在汗的家裡宴會時，大福晉飾金佩珠、錦緞妝扮，傾視大貝勒，彼此眉來眼去。
皇太極雕塑
努爾哈赤派大臣去調查，後來查明告發屬實。努爾哈赤對大貝勒同大福晉的關係非常憤怒，但他既不願加罪於兒子，又不願家醜外揚，便藉口大福晉竊藏金帛，勒令離棄。小福晉德因澤因為告發有功，被榮升與努爾哈赤同桌吃飯。
有學者認為：「大福晉送皇太極飯食而皇太極未吃，德因澤身在宮中，是怎樣知道的？」可見德因澤告發阿巴亥和代善，這個計謀出自皇太極。皇太極這是一箭雙鵰，可以使得阿巴亥被廢，又是代善聲名狼藉，從而為自己繼位準備了條件。
代善因為德因澤的舉辦，被削奪一旗。無力與皇太極抗爭，四貝勒皇太極兼領二旗，得眾心，官兵精，智勇俱全，戰功獨多，又得到代善的推讓，以及侄子等擁護，於是繼嗣父汗登上大位。天啟六年即天命十一年（1626年）九月初一日，代善、阿敏、莽古爾泰三大貝勒及諸貝勒大臣等，聚於大政殿前，為皇太極舉行登基大典，以明年為天聰元年。