清軍攻入雲南之後，洪承疇就被調回了北京。這個曾經受命經略湖廣、廣東、廣西、雲南、貴州等處，總督軍務兼理糧餉的降清將領結束了他輝煌的時光。替代他登上歷史舞臺的另一位投降將領便是吳三桂。
事實上，吳三桂在清政府的職位遠低於洪承疇倒並非是因為他才能不如後者，而是因為吳三桂是所有投降的明朝將領之中唯一有自己軍隊的，清政府始終不信任他，一直到與李國翰一起入川，殺了張獻忠，還屠殺了大量的反清復明人士。
平西王吳三桂
順治元年（1644年），山海關大戰，吳三桂與清軍聯合擊敗李自成的農民軍，清軍佔領北京城後，封吳三桂為平西王。
順治八年（1651年），多爾袞命皇太極的大兒子豪格為帥，率領吳三桂與李國翰入川平定張獻忠的農民軍，殺死張獻忠，走了李定國。
順治十五年（1658年），洪承疇對南明政權永曆皇帝朱由榔兵分三路發起總攻。吳三桂由四川重慶向南，進攻桐梓、遵義。李國翰在進攻途中於遵義死於軍中，清政府放開手腳重用吳三桂。
晉王李定國
當年入川平定張獻忠時候，走掉的李定國，在永曆的南明政權充分發揮了自己的才能，此時面對洪承疇的進攻，永曆拜李定國為招討大元帥。
李定國讓驍勇善戰的白文選守七星關，抵禦吳三國的北路大軍。吳三桂見畢節西邊的七星關有將領鎮守，轉道水西苗烏撒土司的地盤，繞道進了雲南。
李定國急忙趕回昆明，保護永曆退守永昌，吳三桂輕鬆佔領雲南。清政府借鑑了明朝重視雲南這一戰略，準備派人在此長期鎮守。
此時多爾袞已死，鰲拜是四大輔政大臣之一，在他與洪承疇的保薦之下，吳三桂順理成章的成了鎮守雲南的不二人選，在雲南開藩設府，總管軍民事務。
鰲拜
順治十八年（1661年），吳三桂率兵進入緬甸，逼迫緬甸王交出永曆皇帝朱由榔，並將他帶回雲南絞殺。可是這一年，吳三桂並沒有得到任何封賞，因為此時皇宮之中發生了一件更重要的大事——順治皇帝出家了。
康熙元年（1662年），因擒殺永曆之功，被晉封親王爵位，開國和碩親王。這個爵位在清朝皇室宗親之外僅次一例。
吳三桂鎮守雲南期間簡直就是雲南的土皇帝。他不僅僅是鎮守雲南，還兼有貴州，雲貴的大小官吏一概歸他任免，稅收一概由他經管，清政府連帳都不查。在雲貴他可以流通自己鑄造的銅錢、銀錢，朝廷還規定其他省份每年都要輸送「協餉」給他，數目兩千萬兩以上。
除了雲貴本土的官吏任命之外，他還可以保舉其他各省的官吏，相對於清政府還具有優先權。
昆明沐王府
吳三桂在雲南的住所也是十分豪華，那是永曆留下來的五華山宮殿，他還侵佔了沐王府所遺留下來的七萬畝莊園。錢是花不完的，女人每天睡一個也是不重複的，四面觀音與八面觀音卻是他的最愛，此時的陳圓圓早已年老色衰，出家做了尼姑。
吳三桂在雲南權利如此大，清政府為何能容忍？不是容忍是縱容，此時的康熙皇帝還年輕，洪承疇在給他撐腰，鰲拜也在給他撐腰，誰敢惹！
清朝雖然是關外少數民族統治的一個封建王朝，但自入關以來始終在儘量保留明朝的統治結構，可以說是明朝統治制度的一個延續。
康熙皇帝
吳三桂沒有沐英的謹慎，更沒有沐英的忠心，他只不過是清政府穩定雲貴的一顆棋子。當雲貴的百姓慢慢接受了這個新的王朝之後，吳三桂也就失去了他的價值。
藩王不利於政權統一，削藩是在所難免的，可惜吳三桂權勢大而不知收斂，康熙年紀輕卻是初生牛犢。或許在等十年八年五吳三桂自然死後，百姓便不用再忍受那八年的戰亂之苦。
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