總督、巡撫是地方最高行政長官，這兩個官職始設於明代。清入主中原後，沿襲明代官制，在地方也設立了總督、巡撫，但相比於明代，其性質已有了本質上的區別。
明代建國後，將元代在全國所設的行中書省改為承宣布政使司，簡稱布政使司（一般叫法仍稱行省），其意為代表中央宣布執行政令。布政使司的長官為布政使，主管轄區民政，又有提刑按察使，主管轄區監察和刑獄，再加上轄區的駐軍長官都指揮使，成為一省的三巨頭，統稱為「三司」。三權分立，共治全省，大事須三司會商。
在三司之外，中央又設總督、巡撫、巡按，這幾個職務本來是臨時性設置，由皇帝派遣大員充任，去臨時負責總管某項重大軍政事務，具有欽差性質。因而其官銜與管轄範圍各不相同，如「總督陝西三邊軍務」、「總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道」、「總理糧儲提督軍務兼巡撫應天等府」等等，或管轄一省或管轄數省。
明中葉以後，鑑於各省三司鼎立，指揮不靈，逐漸在很多地區設置了固定的巡撫以統馭三司，總覽軍事、行政、監察大權。明末時，為了對付遼東的邊患和鎮壓農民起義，不少督撫就成了固定官職了，而且又增設了不少督撫，乃至陝西置三巡撫，山海關內外置四總督、六巡撫。
清入主中原後，改布政司為省。康熙時期，全國共18個省，清末為23個省，每個省仍設布政使主民政，按察使主刑獄，另派翰林出身的提督學政管理全省的學校與科舉，成為和明代「三司」有所不同的三巨頭，一般簡稱為藩臺、臬臺和學臺。此外，在產鹽之省又設鹽運司主鹽政。除了學政之外，其他都是總督、巡撫的屬官。
清代的總督、巡撫和明代的不同，不再是因事而設的臨時性質，而逐漸成為固定的職務，成為代表中央節制「三司」的封疆大吏。總督轄區不等，少者一省，如四川；多者三省，如兩江。
清中葉以後，共有八總督，即直隸、兩江、湖廣、兩廣、閩浙、陝甘、四川、雲貴，另有專管河道與漕運的河道總督與漕運總督。清末時，又增加了東三省總督。按例，直隸總督為各總督之首。
清代的督撫都是固定職務，但仍然保留著明代的欽差官性質，與三司等地方官不同。其顯著特點有二：
一是管轄文武各官並行使監察權。為此，除了少數例外，各省總督例加「兵部尚書兼都察院右都御史」銜，巡撫與河道、漕運總督加「兵部侍郎兼都察院右副都御史」銜。
加兵部銜，就是為了節制指揮軍隊，加都察院銜就是為了監察各官。因此，總督除了如明代那樣別稱為「制臺」「制憲」「制軍」「大帥」外，又稱為「部堂」「總制」；巡撫則又別稱「撫臺」「撫軍」「撫院」「部院」「中丞」。由於督撫都是封疆大吏，所以又稱「疆臣」「疆吏」「嶽伯」
二是與三司之下有各種固定屬官不同。督撫因曾是臨時性欽差，所以下面沒有固定的屬官編制，督撫的輔佐均系私人聘請的有各種專長的無官銜人員，稱之為幕僚或幕賓。
需要注意的是，清代的總督、巡撫與明代一樣，仍是一般場合下的簡稱，在正式官方文書中則要用全稱。如直隸總督的全稱是「兵部尚書兼都察院右都御史總督直隸等處地方提督軍務糧餉管理河道兼巡撫事」，鹹豐時加「兼管長蘆鹽政」，同治時又加「管理三口通商事務、北洋通商大臣」。
清代各省還設有一種與歷代不同的高官——將軍。這在清初是設於各軍事要地的將軍，統率駐於該地的八旗軍隊，故將軍只能由滿人擔任，除河南外，在邊區和其他各省均設，用以鎮守險要，修舉武備。按例，各省駐防的八旗將軍地位在都督之上，但實際上他們並不能干涉地方行政事務，權力不及督撫遠甚。