明朝總督權力更大。
明朝的總督是臨時派遣，一般說來其使命都是總攬一方軍務，如保境安民，平定叛亂，主持防務等，有時也會負責一些重大民政事宜，如漕運、河務等。
在明朝，總督一職因事而設，事畢即撤，通俗說，有欽差大臣性質，所以往往由朝廷重臣擔任，權力很大，所到之處，入朕親臨，地方軍政要員皆要聽其節制。
舉幾個例子來說吧。
比如，明正統六年，明廷用兵麓川，以兵部尚書王驥總督軍務，這是中國歷史上第一次出現以總督來命名的官職。
再比如，正統至景泰初年，明廷以兵部尚書于謙總督京師軍務，主持北京保衛戰，抵禦瓦剌入侵。
可以說，在明朝，總督一職舉足輕重。能夠被託以總督一職的人，即便是在朝廷，那也是內閣要員，身居高位，影響力大，且為皇帝所信任。
而在清朝，總督一職則成為定製，管轄一至三省軍政，官品一般為正二品，但後來清廷規定地方總督可加兵部尚書銜以及都察院右都御史銜，遂為從一品。
有清一代，清朝共設置了九位總督，即直隸總督、兩江總督、兩廣總督、湖廣總督、閩浙總督、陝甘總督、四川總督、雲貴總督和東三省總督。此外，還有漕運總督以及河道總督。
與明朝的總督相比，清朝總督已蛻變為一類地方官職，不再具備中央派出的欽差性質，更無法代表皇權行事，其權力大為縮水。
而且，清朝總督並不能徹底節製作為一省之長的巡撫。因為從本質上看，總督的管轄權很多側重於軍務，而對於民政、財政、司法諸項權力，其權力未必能延伸至轄下各省。尤其面對一些具體情況，巡撫並不一定要弱於總督，比如江蘇巡撫在江蘇的影響力，就要高於兩江總督，這導致兩江總督在江蘇很掣肘。
更何況，由於清廷懼怕地方權力過大，所以便大量授予地方官專摺奏事的權力，令其互相參劾，以便皇權控制。到乾隆年間，不僅總督有此權力，巡撫和布政使都有此項權力，所以總督的權威被大大削弱，與明朝總督更是無法同日而語了。