荷蘭人在向東印度海上擴張的過程中，仿效以前的葡萄牙人，在他們所到之處的海岸 線上建立「商站」，這些商站，有的建築有要塞，有的則沒有。在 1605年以後，荷蘭人想要經營摩鹿加群島的香料貿易以及其他所有地區的胡椒貿易，他們也想在海外建立軍事的特別是海軍的基地，他們還想再回歐洲的航線上建立一個總的集合地點，以便在外海遊弋的艦隊可以在此裝運和卸下它們的貨物。
亞洲各個港口之間的貿易的貨物可以在這裡集中、儲存或轉運。在香料群島，荷蘭人從葡萄牙人那裡獲得的那些港口都相距遙遠，不能滿足他們的需要。因此他們意識到這個在遠東海域的總的集合點必須建立在馬六甲海峽或是巽他海峽的什麼地方，這也是貿易的航線以及季風匯聚的地方。1605年，荷蘭人擊敗膽怯的葡萄牙人守軍，不費一槍一彈佔領了安汶島。但同年，他們攻佔特爾納多島以及蒂多雷島的戰鬥就要艱苦得多。1606年，從馬尼拉來的西班牙人奪回了這兩座島嶼。儘管一年以後荷蘭的將軍科奈利斯·馬特裡夫率領部隊控制了大部分的特爾納多島，但是西班牙人在該島仍然維持有一座要塞並且在以後的六年裡面一直控制著蒂多雷島。
1606年，荷蘭人第一次企圖從葡萄牙人手中奪取馬六甲， 但是沒有成功。也就在同年，《十二年停戰協定》訂立，荷蘭東印度公司的「17紳士」鑑於 海外的屬地距離遙遠，聯繫不易，決定設立總督一職以及東印度公司在遠東的「評議會」，以便更加有效地管理其貿易活動以及對亞洲其他地區進行徵服。 最初荷蘭人指揮在亞洲的貿易帝國的總部設在爪哇島西部的萬丹島。公司向 亞洲派出的第一任總督是皮特·博斯，他既不是荷蘭人，也不是澤蘭人，而是位於烏特勒支省的阿默斯福德人，這很可能是他被委任的原因之一，因為他的出身使得他不太會偏向公司的6個部門中的任何一個部門。
儘管他在荷蘭的 文獻裡也被稱為「總督」，但是他的職位和職能與西班牙和葡萄牙的那種在殖民地的總督是有所不同的，他既不是王室在東印度的代理人，也不是那種寡頭議員集團中的政治家，甚至還不是貴族，他實際上只是公司的一名重要職員。他的這種身份和地位反映了荷蘭作為 一個共和國的特性，當時它的政治體制的形式不同於歐洲其他的那些君主國家。從1618年開始，由簡·皮特遜·科恩擔任這個職務。他出生於北方城市霍倫，他的父親是一個商人，可能在葡萄牙從事過鹽業的貿易，有 了一點財產的積蓄。他們原來是姓忒斯克的，因為父親看到霍倫城市裡有 太多的同姓的人，所以就改名科恩了。
霍倫也是當時荷蘭海外貿易非常活躍的城市，它雖然沒有阿姆斯特丹那樣重要，但是也有許多外來的船隻出沒法國和葡萄牙等地，成為葡萄酒、無花果、橄欖油、蜂蜜以及葡萄乾的集散地。他的家族信奉嚴格的加爾文主義的信條，是虔誠的加爾文教派的信徒。1600年，科恩在13歲的時候，辭別雙親，去義大利羅馬的荷蘭人設立在那裡的商業機構學習簿記。就在他離開荷蘭的兩年以後，荷 蘭東印度公司在阿姆斯特丹成立了，霍倫也是派出船隻和資金入股的城市之一。1606年底 或者1607年初，霍倫派出的加入東印度公司的頭一批船隻從亞洲回到了荷蘭，賺了數百萬荷蘭盾，股東獲利75%。從那時起，霍倫城市中的人們都開始熱衷於海外貿易了。
科恩正是在此時回到了荷蘭，受到了當時這種從商的社會氣氛的感染。他以自己所學習到的知識，加入了東印度公司，在霍倫入股的船上當起了一名次級商務官員，也就是那 種最基層的商務官和職員。1607年年底，他所在的霍倫船隻加入荷屬東印度公司並參加遠 航萬丹島的航行，次年11月抵達了馬六甲海峽。幾個月以後，他們又來到了爪哇最南端的 貿易港口萬丹，隨後又渡海參加了遠徵遙遠的香料群島的戰役，並於1610年底回到荷蘭。 他向東印度公司提交了關於如何展開東南亞貿易可能性的報告，受到「17紳士」的賞識。
1612年10月，他被任命為東印度公司首席會計師以及荷蘭人在萬丹以及雅加達的商站的站長，率領2艘戰艦前往摩洛加群島，又於1613年2月抵達萬丹。不久再次抵達香料群 島，他與東印度公司的總督博斯建立了良好的工作關係，後者十分欣賞他的才幹。這年9 月，他們兩人一同返回萬丹。在回程途中，他們聽到小巽他群島中的索洛島被荷蘭艦隊從葡萄牙人手中攻佔的消息。這個島是唯一通向中國人最喜歡的盛產 檀香木的帝汶島的門戶。科恩寫信給東印度公司董事會說：「有了檀香木，我們就可以迫 使中國人用他們的絲與我們交易。」
10月6日，博斯與科恩回到了萬丹，正好原來的商站站長去世了。兩個星期以後，科恩就被任命為萬丹和雅加達兩個商站的站長以及公司在遠東的總簿記長。他憑藉著武力與談判並用的手段，佔據並且開發盛產豆蔻的班達島、盛產丁香的摩洛加群島以及胡椒產地爪哇。1614年11月，他又被任命為東印度公司地區評議會的評議員以及總管，直接聽命於新的總督雷恩斯特，成為公 司在海外的第二把手。然而雷恩斯特在一年以後就去世了。公司又任命雷約爾為總督，但是他對於公司支付的薪酬不滿意，要求公司董事會加薪，公司於是便改任科恩為總督。
在1614年12月27日科恩在萬丹給東印度公司「17紳士」的信中指出：「諸位紳士應當很清楚地從以往的經驗中了解到在亞洲的貿易應當在武器的優勢保護之下進行操作和維持，貿易所獲得的利益會拓展武器的力量，貿易的維持不能沒有戰爭，戰爭也離不開貿易。」1618年4月30日，科恩接到前一年公司總部任命他為第四任東印度公司總督的決議。 1619年5月30日，科恩指揮的荷蘭艦隊與萬丹王國以及與之聯手的英國東印度公司的軍隊發生激戰，並且以武力奪取了當時基本上是由爪哇人居住的雅加達，易名為「巴達維亞」。 1620年1月，巴達維亞的人口記錄是當地有873人，其中71人是日本人，大約每12至13人中 就有1人是日本人，日本人口的比例相當可觀。
當時荷蘭已經在平戶設立商站，渡海來到這裡的日本人，多半是受僱於荷蘭東印度公司的僱傭兵。科恩佔據巴達維亞的舉動引發萬丹的蘇丹抗議，因為蘇丹認為雅加達是他的屬地。當時荷蘭國內的公司領導「17紳士」則向科恩強調，建立荷蘭人在遠東總的集合點的舉動必須是通過和平的談判而不是武力的徵服。科恩則向他們陳述自己的理由，他的看法與一個世紀以前葡萄牙人在葡屬印度的第二任總督、「金色的果阿」的奠基者阿爾伯奎克的想法非常接近：「這些地方所有的土王都明白我們在雅加達建立殖民地意味著什麼，接著會發生什麼，就像最有遠見卓識的歐洲政治家那樣。」正是這個原因，井裡汶的土王稱荷蘭人在雅加達的廢墟上建立的要塞城市巴達維亞 為「新馬六甲」。
從那時起，不僅萬丹的蘇丹，而且所有其他爪哇的土王都拒絕荷蘭人在他 們的任何港口建立築有要塞的商站，他們擔心荷蘭人步葡萄牙人的後塵，逐漸地以這些要 塞為中心蠶食周圍其他的地區以及城鎮。在攻佔雅加達以後一年的時間裡，科恩逐漸地規 劃他的「王國」的邊界，他如下的這番描繪既不顧歷史的真實，也違反現實的情況：「王國」的西部邊界在萬丹、東邊到井裡汶，北部一直到外海的島嶼，南邊則是印度洋。這個紙上談兵的計劃存在了很長的時間，因此直到18世紀荷蘭人才有效地控制了爪哇島西部多山的普雷陽格高地。
然而，在當時的亞洲各地的人們以及後來的歷史學家看來，荷蘭人佔領雅加達就像葡萄牙人佔領果阿，二者的意義是一樣的，正如阿爾伯奎克在徵服果阿以後給葡萄牙國王曼奴埃爾一世寫信時指出的那樣：「印度的人民知道我們在這片土地上建立了一個永久的居留地，因為他們看到我們在這裡種樹、用石頭和灰泥建造房屋並且生兒育女。」科恩作為荷屬東印度公司在亞洲權勢最大的首長，曾經於1619年至 1623年以及1627年至1629年兩度出任荷屬東印度公司的總督。在他的領導之下，巴達維亞已經被建成了荷屬東印度公司在亞洲最大和最重要的根據地，荷蘭人以此地為中心建立了龐大的海外殖民事業，在17世紀中葉，荷蘭人的勢力已經擴張至摩鹿加群島的大部分、馬來西亞和錫蘭，並重創葡萄牙人在印度西海岸的殖民地。