三拍子主題音樂每次響起都是一個情節發展的標誌，這段音樂在電影中一共出現了9次。
1. 剛搬家，男女主在房東的麻將桌上相遇。
2. 兩人因彼此的愛人總不在家，經常出現在樓梯口和麵攤，但並沒有交集，都是兩人獨自外出吃飯的畫面，音樂表達出兩人在有名無實婚姻中的孤獨和寂寞。
3. 女主外出吃飯回來，兩人在樓梯口邂逅。外面下起雨，男主靠牆抽菸，女主眼睛無神地望著窗外。他們有著同樣的遭遇，我們似乎可以預見到他們接下來生活的交集。
4. 兩人確定彼此愛人出軌後，私會在2046房間。畫面中的一切都是紅色的，紅色是欲望和火熱，在音樂的烘託下，他們之間的曖昧氣息迅速瀰漫開來。
5. 兩人在工作時各自思考著自己的婚姻，男主在辦公室抽菸，女主在紙上寫著什麼，然後兩人一起看書。他們疑惑彼此的愛人是怎麼開始的，但是他們之間的故事也就這樣不知不覺地開始了。
6. 兩人在一起研究武俠小說，一起看報，曖昧的氛圍充斥在空氣中，兩人關係愈演愈烈。
7. 兩人為躲避旁人的言語減少往來，女主徘徊在窗前，木訥地看著窗外。男主在辦公室也無心工作，惆悵地望著窗口發呆。擺脫不了世俗的的聲音，愛的人可望不可即。
8. 女主難掩內心痛苦在男主肩頭痛哭。雖然都遭到背叛，但內心的道德底線不允許他們做出和自己愛人一樣的事情。他們在車裡輕輕牽手，卻點到為止，不敢觸碰那道防線。
9. 片尾。不舍，惋惜，無奈，他們深愛著彼此，卻是對方不該愛上的人，所以不能再見。
這首歌出現在女主生日當天，丈夫通過電臺給她點了《花樣的年華》。本來她和男主在車上輕輕牽手已確定對方的心意，因為這首歌讓她內心極為矛盾。她撥通男主的電話卻沒有說話。他們之間的一切在這一刻戛然而止，這首歌也呼應了電影的名字。
1. 彼此愛人出軌已是不爭的事實，這是他們第二次一起吃飯，氣氛相對於第一次的緊張更多了曖昧的感覺。女主嘗試男主太太的口味，兩人試圖在對方的身上尋求安慰。
2. 如果再多一張船票，你會跟我一起走嗎？男主獨自一人在2046房間回想和女主發生的一切，但現實深深刺痛著他，暗示兩人的感情即將走到盡頭。男主走出房間的時候，音樂聲音到了最大，這是情緒的爆發點，此刻最心痛，心痛到恨不得沒長這顆心。
3. 男主隻身離開香港，為過去的一切畫上句號。音樂總結全片，男主把這段無疾而終的感情化作一堆枯草，在寺廟中祭奠自己的愛情，希望能在另一個平行世界裡永存。
4. 女主回到原來的住處，男主回來拜訪原來的房東，兩人明明那麼近卻不能靠近，人生只剩遺憾。這段音樂不是要我們痛哭，而是在我們眼角有淚水的時候就催促我們進入下一種情緒。