金丹派南宗從紫陽真人肇始起，發展演化而成兩個支流:
清修派：自張伯端傳石泰、薛道光以至於陳楠、白玉蟾、彭耜等，乃清修一派，向來被視為金丹派南宗正宗；
雙修派：自張伯端之後，經劉永年、翁葆光，後傳至陳達靈、戴起宗、陳致虛、陸西星等人，則是雙修一派(陰陽派)，多被視為南宗旁支。
雙修派在修煉理路上認為坎中真陽、真鉛必取於「同類彼體」(即異性之身)，因此在具體修煉實踐上應當男女雙修，其中男子更必須如此。但由於在世俗人看來，該派修法與傳統世俗倫理觀念相違背，頗受質疑，故其道不彰。此外，還有李簡易、餘洞真等，也繼承、修習傳統丹法，其修煉方法上接近《悟真篇》或者白玉蟾之法，但是與二者並無直接師承關係，這類修習傳承者在民間有著一定的影響力。
就南宗正統清修一派來看，金丹派南宗具有以下幾點主要特色。
第一，金丹派南宗的內丹之法主張性命雙修。
在性命雙修問題上，南宗主張性、命不可分割，性無命不立，命無性不存，二者分繫心與身，名雖有二，理卻相同為一，因此主張性命雙修，不可偏廢。只不過在入手先後上當需先命後性，即以修命功為入手之始，以修性功了道為最終之目標。
紫陽真人云:學仙須是學天仙，惟有金丹最的端。夫修金丹者，先探本源，次知蹊徑。入門之初，辨水火，識龍虎，然後採太玄真精，以為金丹之母。觀烏兔升沉，龜蛇交合。故能三室開明，六窗晃耀，於內景之中，蓬萊方丈，昭然可觀。億真萬聖，其來如雲。天然宮廷，香花繚繞。紅樓翠閣，鍾梵鏗鏘。中有六靈五武之神，禁丹鼎，司華池，衛神室，即日丹成，與道合真。
第二，金丹派南宗作為道教的重要分支，也以修鍊金丹進而成仙證真為最終目標，但是其教理教義並不嚴格強調出家、出世，而是力主入世修行，即提倡在塵世中、在世俗中修煉，或居家，或執業，均不影響修煉證道。
白玉蟾《修道真言》中說：今之文人，只因理障，難以入道。不知道即孔孟之道。濂溪、堯夫非此乎?不可專作道家看，要知儒與道是合一的。周邵二子，何嘗出家修行耶?今人將道作出世一派而畏之，何其誤也。
南宗道士夏元鼎所言：有志之士若能精勤修煉，初無貴賤之別，在朝不妨為治國平天下之事，在市不失為士農工商之業。
南宗的這種做法，不但促進了南宗法脈的傳播發展，而且實際上亦利於社會百姓，因此廣為世人所追隨。
第三，金丹派南宗兼行雷法
南宗祖四祖陳楠祖師、五祖白玉蟾祖師以及後世眾多弟子多修習包括清微雷法、神霄雷法在內的雷法，將雷法與內丹法相融合，體現出與眾不同的鮮明特色。
第四，金丹派南宗倡導「三教歸一」的三教觀。
南宗自紫陽真人張伯端開始，便大力倡導三教同源、博學眾宗的觀念。
紫陽真人《悟真篇序》中說：教雖分三，道乃歸一，奈何後世黃、緇之流，各自專門，互相非是，致使三家宗要迷沒邪歧，不能混一而同歸矣。
五祖白玉蟾祖師曰：道釋儒門，三教歸一，算來平等肩齊。道分天地，萬化總歸基。佛在靈山證果，六年後、雪嶺修持。儒門教，溫良恭儉，萬代帝王師。道傳秘訣，佛流方便，忍辱慈悲。大成至聖，豈辯高低。都是後學晚輩，分人我、說是談非。休爭氣，三尊一體，瞻仰共皈依。