努爾哈赤薨逝後，其四子皇太極繼承汗位，之後在瀋陽稱帝，並改瀋陽為盛京，改國號為大清，從此大清成為與大明並立的政權，並將入關作為戰略目標。
皇太極時期后妃制度逐漸完善，他建立了「五宮」，分別是中宮清寧宮，由皇后哲哲居住；東宮關雎宮，由宸妃海蘭珠居住；西宮麟趾宮，由貴妃娜木鐘居住；次東宮衍慶宮由淑妃巴特瑪璪居住；次西宮永福宮，由莊妃布木布泰，即後來的孝莊皇太后居住。
皇太極的後宮可參考電視劇《孝莊秘史》、《山河戀之美人無淚》等劇。
五宮嬪妃均來自蒙古，都姓博爾濟吉特氏，其中哲哲、海蘭珠、布木布泰是姑侄三人，三人都來自蒙古科爾沁部，最先嫁給皇太極的是博爾濟吉特·哲哲，那時科爾沁部和女真族組成了聯盟，皇太極很看重與蒙古的聯姻，所以出身蒙古氏族的哲哲受到皇太極的重視，皇太極先是晉封哲哲為福晉，很快又將她冊立為中宮皇后，諡號為「孝端文皇后」。哲哲是一位賢德的皇后，儘管她身份顯赫，但行事低調，將後宮打理的井井有條，深受皇太極的信任。
由於哲哲多年無子，為鞏固滿蒙聯姻，科爾沁部將哲哲的親侄女，13歲的布木布泰送至盛京與皇太極完婚，成為側福晉，後被封為永福宮莊妃，可惜她的命運與她的姑姑相似，成婚多年只有三個女兒，於是她的姐姐海蘭珠肩負重任，走進了清宮。
海蘭珠一進宮便得到皇太極的極致寵愛，被封為東宮大福晉，關雎宮宸妃，更為皇太極誕下麟兒，皇太極欣喜若狂，立刻決定冊封這個孩子為太子，並大赦天下。豈料孩子福薄，沒來得及命名就夭折了，海蘭珠痛失愛子，纏綿病榻四年後逝世，皇太極悲痛欲絕，為心愛的女人上諡號「敏惠恭和元妃」。
在皇太極打敗漠南蒙古察哈爾部大汗林丹汗後，林丹汗的正室大福晉，「囊囊福晉」博爾濟吉特·娜木鐘和「竇土門福晉」博爾濟吉特·巴特瑪璪，相繼歸順後金，改嫁皇太極。皇太極稱帝後，冊封娜木鐘為西宮大福晉，麟趾宮貴妃，冊封巴特瑪璪為衍慶宮淑妃。娜木鐘之後誕下皇十一子博木博果爾，
成為五宮中第三個誕下皇子的女人，那時雖然莊妃布木布泰已經誕下皇九子福臨，但因為貴妃娜木鐘的地位在布木布泰之上，因此她的兒子也比福臨尊貴，因此後來在與福臨爭奪皇位時，他的勝算應該更搭。
皇太極薨逝後，皇太極長子豪格和多爾袞爭奪帝位，為保八旗團結，所以決定另立皇子，最終福臨勝出，6歲繼位為帝，由多爾袞和齊爾哈為攝政王，共管朝政。福臨繼位後，改年號為順治，清軍入關後，順治遷都北京，從此清朝成為全國的統治者，並迅速統一了中國。