故事發生在二十世紀的二十年代，一個落後偏遠的山區「夕陽西下斷腸人在天涯」。
楊天青牽著的也是一頭瘦馬，他從外面流浪幾個月終於回到了染坊主楊金山家，即從小收養他的叔叔家。
叔一見他就罵：「你才回來，兵荒馬亂的，咋沒死在外頭。」天青給了他一捧大洋，堵了他的嘴，他現場就揀了兩塊打發了二賴子，剩下的就又順手退到天青裝錢的空袋子裡，他全部拿走了。
二賴子一邊收拾鋪蓋準備走，一邊罵叔老東西，說他最近又花大錢買了第三個老婆，長得十分漂亮、水嫩，名字叫做菊豆。他在天青面前發洩什麼似的，繼續罵著天青他叔說，前倆老婆沒留下娃也是他的報應，他又開始折磨這個新買的了。
晚上天青剛睡下，就聽到女人的時斷時續的嘶喊聲，第二天起床卻又沒事一般。叔讓他喊嬸子下樓幹活，天青從樓梯一眼望見嬸子，就躊躇著不再往上，只是傳了叔的話就不好意思地下去了。
來給染坊送貨的人和老楊頭嘮嗑了兩句，說天青像兒子一個抵好幾個幹活的，認為老楊頭應該早給他找個媳婦。老楊頭卻說，他身上又沒流他的血，也不是他的後，算什麼兒子。要不是三十多年前他父母雙亡，他是看鄰居收養了他，他還活不到現在。
養他三十多年，難道一個不夠還要養兩個嗎？而實際上，天青那麼多年也就算是一個拿那麼點工錢卻累死累活的長工而已。還不知道到底誰在養活誰呢？
夜晚老楊頭卻常常掛在嘴上，對菊豆說：「買來個牲口還要騎要打，都隨老子高興。你算個啥？還不一樣！聽話就好，不聽話我抽你。」
天青聽著慘叫聲，似乎同樣被折磨的睡臥不安，忍不住跑到樓梯口，眼巴巴望著卻幫不上她半點忙。心想，菊豆宛若一朵嬌柔的花，卻夜夜被這樣折磨到慘叫。他心裡不禁深深憐惜她的命太苦。
日間勞作時，他也會忍不住的偷看菊豆兩眼。而當他們一對上視線，天青就會慌忙著抽回目光。天青在馬棚裡木板上鑽了個窟窿，能看到菊豆洗澡，結果被她看到了，但她心裡有數，卻沒說破。
再後來，天青趕集是賣染好的布回來，見菊豆臉上手臂上都是有傷，他就喊著她嬸子問，菊豆瞞著說是她自己不長眼摔傷的。
晚上菊豆又被折磨得像殺豬一樣的嚎叫。天青實在忍無可忍了，直接提著斧頭刀砍在樓梯上。他叔聽到這麼大響動就停了下來問誰，天青又只好佯裝問嬸子病了嗎等一些話而應付過去了。
菊豆似乎是實在忍受不了了，他把馬房裡的動突然堵上，接著又馬上扒開她這樣猶豫不定著，卻又想著天青能救她。
於是她弄出水的響聲引來天青，可從洞眼看到她。當她褪去衣服後，天青可以看到她脊背和轉過來的面前，全身都是被鞭子抽的繩子勒的新傷舊傷。
然後，老楊頭不在家，白天天青在幹活，菊豆直接過去告訴他，罵他叔不是個人，他自己不行就變態的折磨她。她對天青說，你就看著吧，你叔遲早會殺了我的，反正我也沒打算活了。說完，她傷心的嚎啕大哭了一場。
後來牛生病了，老楊頭不在家，菊豆就直接拿話勾著天青問他怕什麼？她見天青沒反應，就說他是個懦夫。
天青極端矛盾著，畢竟他曾是收養他的堂叔，趴著被指責唾棄為亂倫，可是菊豆又太遭罪，他知道菊豆非常需要他溫暖的懷抱。於是他就這樣猶豫來矛盾去，而一時下不了決心，他腳剛邁上嬸子了樓梯，菊豆見了心就一番狂跳著，他卻又縮了回去。
下一頓飯，天青把碗端著遠離菊豆吃，菊豆卻問他怕什麼？然後直接蹭到他身邊。本來就是心心相惜，天青一下子被她點燃，而一剎之間崩潰了所有的防線。
接著菊豆竟然一次就懷上了孕，十月懷胎生了一個大胖小子。從菊豆懷孕老楊頭就高興的暈暈忽忽找不到北了似的，只一味的給祖宗磕頭，壓根一點都沒有懷疑，不是他的孩子。
孩子出生後，老楊頭興師動眾的用一族之力，為孩子取了「天白」的美名。小天白和天青父子倆就成了一個輩分，而族長輩卻說，可正算是青青白白啊。
一天，老楊頭去趕集市了。天青趕忙溜進樓上房間，看兒子相會菊豆，正當他們三口第一次開心團圓盡興時，樓下門被轟響撞開。天青嚇死了，趕忙下床穿衣欲逃，而菊豆都已經做好了一切敗露的準備了。可是卻虛驚一場，原來回來的只是驢。
天青尋路找去，叔卻摔暈在了山路下了。天青背著他確實是想把他丟下山崖，就一了百了了，但他終還是把他叔背回來了。
這一摔，楊老頭卻是被摔成下肢無覺的癱子了。菊豆和天青卻釋然一笑，似乎他們的好日子有望可以從此開始了。
夜晚，他們一家三口炒了三個菜，一壺酒。菊豆穿了大紅衣服，盤了新娘頭髮，成了一個美豔的新娘子。天清也穿得整齊，端著酒杯舉案齊眉，算是簡單的儀式中，完成了他們心中神聖的婚禮。
完了，他們盡情開心的洞房花燭笑在了一起。歡笑聲傳到了楊老頭耳朵裡，即使讓他聽到了，也算是對他曾把菊豆當成牲口一樣來折磨的一種補償性回報了。
菊豆剛洞房夜開心完回來，一進老楊頭房間，腳就被爬在地上的老楊頭絆住了，差點被老楊頭掐脖子弄死，菊豆索性全告訴了他，說上天賜給他天青，天青才是天白的爹。
不久，他們帶著兒子一家三口，在楊家大院裡盡情的過活著，老楊頭聽著就更恨死了他們。接下來一次，他差點把房間裡的天白，從床上推到地下摔死。菊豆和天青聽到響聲，衝進房間裡，天青恨得差點一口氣不留的，把他掐死。然後警告他叔：「要是活夠了，就再動他們母子倆看看。」
也許老楊頭真是不想再活了，或者說他僥倖，他真的能成功。老楊頭的報復心是有增無減。接下來的日子，老楊頭盤算著怎麼報復他們一家三口。
一天夜裡，他看床另一邊的母子倆都睡熟了。老楊頭拖著殘軀，一級一級艱難的爬下樓梯，還先用大鎖把大門趴著鎖好。想把天青擋著進不來，又把所有染好晾在外面的布匹全都扯下拖著堆到樓梯口，然後點著火把想著把他們隔開，全都活活燒死。
孩子先被燻醒哇哇大哭，天青趕忙趕來，和菊豆一起滅了樓梯口的大火。他一桶水往還拿著火把的叔身上潑去，還踢了他一腳說：「想把我們一家都燒死是吧，沒那麼容易。」菊豆也附和著天青對他說：「老不死的，沒那麼容易。從今往後。我和天青好好的伺候你，讓你精精神神地看我們的好日子。」
天晴時，天青把它裝在木桶裡，載著他去洗澡，躺河邊曬太陽，還幫他叔扇著風。李嬸子都誇他說，金山有福啊。天青比兒子對他還孝順。回來，天青就把木頭掉在祖宗靈前半空中，他們又去他們那邊的新房裡開心去了。
有一天，天白抓著一大把毛兒草，跑回家趴在染池旁邊。這時，老楊頭一看又來了機會，於是劃著木桶輪子悄悄挪到天白後面，想把他推入池中。天白卻站起身，第一次開口說話，喊了他三聲爹。
老楊頭就抱著天白哭著說，我的兒我就是你的爹啊。於是抱著天白傷心激動的哭了起來。隨後他用繩子套在天白身上，牽著木桶他倆出來玩，正碰上著急火燎，到處找天白的天青和菊豆。
老楊頭得意地教著天白，喊他為爸，菊豆為媽，天青為哥。天白一一都清楚乾脆地喊了一遍，這著實讓天青和菊豆，悽楚地難過了好大一會兒。
接下來更讓天青更難過，更可憐的，是天白三歲生日宴上。他被大家要求著祝賀一下說兩句，可是天青一喊出：「天白，我的好兄弟」直接端著酒杯就痛哭流涕了。大家不懂，還以為他喝酒醉了，想要媳婦兒。楊老頭卻在一邊得意著，這也算是他的成功報復了。
打那以後，他們的好日子似乎越來越艱難。首先意識到再懷孕就無遮無擋了，事情若敗露，也許族裡就判他們沉潭那樣的死罪。而天青又不同意他們這樣逃走，急得菊豆把砒霜都備了，天青勸菊豆想開點。
有一天，小天白拉著老楊頭木桶從外面進來。老楊頭想到染池邊染紅毛兒草給天白，結果天白一下子跑向池子另一面，而綁在他身上的木桶繩，一下子把老楊頭拉翻掉池裡去了，他就站著看老楊頭在水裡掙扎撲騰，看著看著卻又笑了。
老楊頭送葬，族長說按規矩，菊豆和天青都要攔路擋棺七七四十九次，以示孝心。況且村裡也有風言風語，要他們用行動驗證孝心和清白。而老楊頭喪事後，菊豆一直要守婦道，保貞潔，不許改嫁。
楊天青要搬出楊家大院，住到王家，以保楊家世代清清白白的門風。菊豆和天青一起去擋棺，他們悽厲的哭嚎著，是在為他們三個這宿命孽緣的悽惶半生糾纏之痛而哭，為他們自己兩個苦命鴛鴦，可哀可憐的半生飄零，而終逼散開而哭吧。
當官儀式結束，他們也就累癱了，坐在地上繼續失聲哀嚎痛哭著。似乎這半輩子所受的苦根本哭不完似的。
自從天青搬走後，隨著天白一天天長大，變成少年。天青和菊豆也就越來越難相會了。天青進大院門，都越來越要看天白臉色，天白從來都不理他，臉上掛著明顯的鄙視。
有一次，天青趕集給他們母子倆帶了些禮物，菊豆的紅頭巾，鏡子等，還給天白帶了毛筆。趁天白出去偷偷的在背地裡打開，可是似乎一轉眼功夫他們就看到，天白正冷冷的盯著他們看。
然後天青一出門，天白就轟的一聲，把門關上了。後來他們就偷偷的在野外相會，可是終還是有人發現了，風言風語就越傳越多了。
一次，天白看到二賴子和一群圍繞著他的人，眉飛色舞，添油加醋地描述著老楊家的事。看到天白，他舌頭一下子僵住了，拔腿就沒命的狂奔，還一路喊著救命。而天白提著刀跟在後面緊緊追趕，對方要不是腿快鑽入人家，肯定會被天白砍死了。
外面天太冷了，他們又常常瞅著天白出去，在家裡會。一次天青在吃蘿蔔，他們就想到了當初，他們就躲在地窖裡幽會、開心。可地窖裡氧氣太稀薄，他們就暈了。
天白回來一見沒人，就恨恨的找。在地窖裡找到了衣衫不整的他們。天白背出了他媽放在床上，意識朦朧中，他媽還只是喊天青的名字。
於是天白恨不打一處來，就把天青背出來扔到染池中殺害，而讓染布埋了他。就這樣，天青向老楊頭一樣，也在天白面前終死在了染池，這樣天白就可以不用再面對時時活著的羞辱。而子已殺夫滅父，天青已死。
最後菊豆就點了一場熊熊燃燒的大火，把她的苦命和楊家大院的一切都化為煙塵，追隨天青尚未走遠的魂而去了。
影片《菊豆》由張藝謀、楊鳳良導演，1990年在日本上映，由鞏俐，李保田，李偉主演。故事無疑是一場悲劇，他可以說是生活在二十世紀二十年代人們的縮影。
似乎那時人們的生活不是被這樣就是被那樣的影子照著，影響著人們對美好的自由追求。是的，也正如魯迅先生說的一樣，禮教是吃人的，而且是吃人不吐骨頭，殺人也不見血的。
在封建時代的社會存在中，不管是執行者還是維護者，他們都是封建思想的中毒者。他們縱使千難萬苦，也終沒有違背做人的美好良心。
而他們對天白的愛，也讓他們寧願忍受著無盡的苦，而沒有輕易告訴他身世的事實。而以至於他們苦命的人，苦命的情，最終隨大火從世上煙消雲散。