在古代，揭竿而起、行軍打仗都講究師出有名，名不正則言不順。
太平天國起事之前，為了號召人心，公布了一份《義軍奉天討清檄文》，它開宗明義指出「予唯天下者中國之天下，非胡虜之天下也；衣食者中國之衣食，非胡虜之衣食也；子女民人者中國之子女民人，非胡虜之子女民人也。」站在太平天國的立場上，將清朝列為外族，當作以十數萬之眾奴役中國的罪魁禍首，這樣才能屹立在道義之上。
為了達到這種目的，太平天國還刨根問底，從制度、文化、風俗，甚至身世來源上，徹底否定滿清祖先，檄文中寫道「予細查滿韃子之始末，其祖宗乃一白狐一赤狗交媾成精，遂產妖人」。
這篇充滿火藥味的討伐檄文，很直白地指出了討伐的對象，但卻存在一個致命的漏洞，那就是推翻滿清之後，該建設一個什麼樣的國家？是尊孔還是反孔？我們都知道，自西漢獨尊儒術以來，孔孟之道已經深入每一個中國人的骨髓、血液，幾千年來，皇帝可以輪流做，但是烙印一樣深刻的孔孟思想從來沒有換過。可在太平天國看來，尊孔不足取，上帝才是主宰。「公等苦滿洲之禍久矣，至今而猶不知變計，同心戮力，掃蕩胡塵，其何以對上帝於高天乎」，其實，對中國人來說與其對上帝「負責」，不如對皇天后土、列祖列宗「負責」。
與之一樣，曾國藩起兵時，也布告了一份《討粵匪檄》，它很精準地利用了太平軍檄文中反孔孟、拜上帝的「異樣」，提出「士不能誦孔子之經，而別有所謂耶穌之說、《新約》之書，舉中國數千年禮義人倫詩書典則，一旦掃地蕩盡」，簡單說就是，尊奉上帝，會動了中國社會根基。
但洪秀全等人不以為然。在太平天國前期，孔孟儒學成了攻擊對象，清算很徹底，凡是太平軍所過之處，孔廟、學宮、孔子神牌以及一些孔孟典籍全部被搗毀，禁絕，為的就是打倒孔子，把「拜上帝教」扶上馬，變成立國之本。但是這種極端的做法，不但沒有收到良效，反而給太平天國帶來了很大的負面影響，比如，當時之社會，精英層都是熟讀四書五經的知識分子，反孔孟無疑就是排斥這些人，打天下需要勇猛，但是治理天下光有匹夫之勇遠遠不夠，歸根到底要依靠社會精英。
相傳，湖南名士左宗棠就曾想要投靠太平天國，他面見洪秀全時，竭力勸說洪秀全不要提倡上帝教，不要毀禁儒、釋，以此來聚攏知識分子，但洪秀全、楊秀清完全聽不進去，他們認為拜上帝教是起事的源頭根基，不能自毀。如此一來，左宗棠只得棄之而去，最後成了曾國藩帳下的中堅力量，也是晚清四大名臣之一。
所以，從這兩份檄文來看，太平天國偏離了當時中國的大方向，雖然天下皆兄弟，人人平等的思想很超前，但畢竟難以適應大環境，很難吸引真正的人才為之效力，從這一點來說，太平天國自然是鬥不過清朝和曾國藩了。