開始
這個智謀故事開始於《三國演義》第四十六回「用奇謀孔明借箭 獻密計黃蓋受刑」，結束於第四十九回「七星壇諸葛祭風 三江口周瑜縱火」。
草船借箭
諸葛亮草船借箭以後，又不謀而合地與周瑜一起提出了火攻曹操水旱大營的作戰方案。恰在此時，已投降曹操的荊州將領蔡和、蔡中兄弟，受曹操的派遣，來到周瑜大營詐降。心如明鏡的周瑜又裝聾賣傻，將計就計，故意接待了二蔡。一天夜裡，周瑜正在帳內靜思，黃蓋潛入帳中來見，也提出火攻曹軍的作戰方案。周瑜告訴黃蓋：他正準備利用前來詐降的蔡中、蔡和為曹操通報消息的機會，對曹操實行詐降計。並說：要使曹操墮於詐降計，必須有人受些皮肉之苦。黃蓋當即表示：為報答孫氏厚思和江東的事業，甘願先受重刑，爾後再向曹操詐降。
破曹準備
第二天，周瑜召集諸將於大帳之中，他命令諸將各領取3個月的糧草，分頭作好破曹的作戰準備。黃蓋打斷周瑜的話茬，搶先說：「不要說3個月，就是支用30個月的糧草，也無濟於事。如果這個月內能打敗曹操，那再好不過了；如一月之內不能擊潰他，倒不如依了張子布的主意，乾脆束手投降。」周瑜聞聽到這種滅自家威風、長他人志氣、動搖軍心的投降論調後，勃然大怒，喝令左右將黃蓋推出帳外，斬首示眾。黃蓋也不示弱，他以江東舊臣的資格倚老賣老，根本就沒把周瑜放在眼裡。這就越發使周瑜怒不可遏，他立命從速斬決。周、黃矛盾的升級激化使諸將悄悄不安。大將甘寧以黃蓋乃東吳舊臣為由，替黃蓋求情，被一陣亂棒打出大帳。眾文武一見大都督火衝腦門，老將黃蓋死在眼前，就一齊跪下，苦苦為黃蓋討饒。看在眾人的面子，周瑜這才鬆了口，將立即斬決改為重打100脊杖。眾文武還覺得杖罰過重，仍苦求周瑜抬手。周瑜此次寸步不讓，他掀翻案桌，斥退眾官，喝令速速行杖。行刑的士兵把黃蓋掀翻在地，剝光衣服，狠狠地打了50脊杖。眾官員見狀再次苦苦求免，周瑜這才恨聲不絕地退入帳中。周瑜和黃蓋導演的雙簧苦肉計，幾乎瞞過了所有的文武官員。惟獨一人心裡清楚，他一言不發，袖手旁觀，他就是諸葛亮。
這50軍棍將黃蓋打得也真夠慘的，他皮開肉綻，鮮血迸流，一連昏死過幾次。其他將領來探視時，黃蓋守口如瓶，只是長籲短嘆，似乎有許多難言的隱情。當他的密友闞澤抱著懷疑的態度前來視疾時，黃蓋才道出了實情，並轉請素有忠義和膽識的闞澤替他潛去曹營代獻詐降書信。富有閱歷、老謀深算的曹操，面對潛至的闞澤和詐降書，將信將疑。但闞澤也決非等閒之輩，他既具膽識，又能言善辯，最終使曹操不得不信。恰在此時，已混入周瑜帳下的蔡中、蔡和兩人也遣人送來了周瑜怒杖黃蓋的密報。闞澤離開曹營回去之後，又使人給曹操帶去了密信，進一步約定了黃蓋來降時的暗號和標識。這期間，蔡和、蔡中也從江南岸為曹操暗通消息。這一切，做得天衣無縫，更使曹操對黃蓋「投降」一事深信不疑了。
曹操水軍多由北方人組成，他們不適應水上生活，不少人因顛簸暈船而發生疾病。另外，周瑜等雖然確定了火燒戰船的作戰方案，但曹操水軍戰船各自獨立，一船著火，他船尚可以迅速離去。為了為火攻創造更有利的條件，周瑜又巧妙地讓龐統潛至曹營，為曹操獻上了將戰船拴到一起的「連環計」。這樣一來，曹操的戰船或30隻一隊，或50隻一組，都用鐵鎖連到了一起，並在船上鋪了木板，士卒戰馬往來如履平地。暈船的問題解決了，不僅士卒為之歡呼雀躍，就是久經戰陣、深明兵法的曹操，面對穩如泰山的船陣，也自以為得計。
建安十三年(208年)十一月二十日，孫劉聯軍方面已作好大戰前的準備與部署。諸葛亮設壇祭風三日，是夜將近三更時分，果然東南風漸起，並越來越急。黃蓋也將準備好的20隻大船，裝滿蘆葦乾柴，澆上魚油，鋪好引火用的硫黃、焰硝等物，然後用青布油單遮蓋好，船頭還釘滿大釘，船上又豎起詐降的聯絡標識「青龍牙旗」。每條大船後面各繫著行動便捷的小船「走舸」。黃蓋還特派小卒持書與曹操約定當晚來降。周瑜也安排好接應黃蓋的船隻和進攻的後續隊伍。
江北的曹操，正在大寨中與諸將等待消息。詐降的黃蓋開船來投降曹操，黃蓋把十隻戰船排在最前頭，（到）江中掛起船帆，其餘船隻都依次前進。曹操軍中的將領、士兵都走出營房站在那裡觀看，指著說黃蓋前來投降。離曹操軍隊二裡多遠時，（各船）同時點起火來，火勢很旺，風勢很猛，船隻往來象箭一樣，把曹操的戰船全部燒著，並蔓延到岸上軍營。霎時間，煙火滿天，燒死的、淹死的人和馬很多。周瑜等率領著輕裝的精兵跟在他們後面，擂鼓震天，曹操的軍隊徹底潰散了。曹操帶領軍隊從華容道步行逃跑，遇上泥濘的道路，道路不能通行，天又（颳起）大風，就命疲弱的士兵都去背草填路，騎兵才得以通過。疲弱的士兵被騎兵踐踏，陷在泥中，死的很多。劉備、周瑜水陸一齊前進，追擊曹操到了南郡。這時，曹操的軍隊飢餓、瘟疫交加，死了將近大半。曹操於是留下徵南將軍曹仁、橫野將軍徐晃把守江陵，折衝將軍樂進把守襄陽，（自己）率領（其餘）的軍隊退回北方。
其中在打黃蓋時有一個很小的插曲：周瑜要將黃蓋斬首時，魯肅替黃蓋求情，而且暗示一旁觀看的諸葛亮一起求情，但是諸葛亮一點要求情的意思都沒有。等到黃蓋被打五十大板之後，魯肅去營中找諸葛亮質問：「黃蓋被打，我等都去求情，你是貴客，為什麼見死不救？」諸葛亮聽完臉色一變：「子敬(魯肅的字)欺負我啊！」魯肅就疑惑了：「我一直對待你都不錯，哪來欺負你?」諸葛亮大笑著說：「這是周瑜和黃蓋在用苦肉計，利用假情報讓蔡中蔡和傳消息，我怎麼可以隨便說出?」魯肅顯得有點不相信，諸葛亮又說：「這事千萬別告訴周瑜，要不他又要找我麻煩了，你只說我也埋怨他就行了」。魯肅便答應了，回到周瑜營中，周瑜問魯肅：「諸葛亮對此事有何看法?」魯肅便按照諸葛亮教他的回答：「他說他也埋怨都督做法」。周瑜聽完非常高興，這次瞞過他了。魯肅問怎麼回事，周瑜回答：「這是我和黃蓋為了麻痺曹操使的詐降計，看來諸葛亮完全不知道，這人未必是我對手。」魯肅聽完大吃一驚，心裡暗暗佩服諸葛亮的先見之明。
可見苦肉計瞞得過曹操，瞞不過諸葛亮。要是曹操像諸葛亮一樣謹慎，那麼黃蓋那五十杖不單白打，赤壁之戰的歷史也要改寫了。
成語
周瑜打黃蓋後來演變成一條歇後語：周瑜打黃蓋 —— 一個願打，一個願挨。用以比喻兩方面都願意的事情。