孫文又兩手空空地回到日本，但事情終於迎來了轉機。有一個日本政客表示要支持孫文，他就是時任臺灣總督的兒玉源太郎。正是由於臺灣原住民的抗日鬥爭從未停止，還得到了逃到內地的唐景崧、丘逢甲等人的協助，兒玉源太郎對此頭疼不已，他認為必須斬斷原住民在大清內地的後援，但日本又不能直接出兵。兒玉源太郎不愧為老狐狸，他想到了孫文的興中會，想利用興中會在粵港幫會中的影響力，借他們之手去對付唐景崧、丘逢甲等勢力。作為交換，兒玉源太郎可以「支持」孫文的革命。
不得不說，這是一種赤裸裸的利用，但孫文並不怕被利用，他怕的是沒人來利用他，這樣他也無法去利用別人。這就是現實世界，支持來自需要，對方支持你，那也是因為對方需要你，不論需要的是利益還是情感。困境中的孫文不得不抓住這個「被利用」的機會。當然，他的方式又是「畫大餅」，表示「當在可能範圍內竭盡綿薄」，反正先為革命爭取到支持再說。9月25日，孫文化名「吳仲」，乘船前往臺灣，在臺北建立了起義總指揮部，聘請日本軍人作為顧問。不得不說，這是一個不小的突破。廣州起義後，孫文不得不漂泊於海外，無法把指揮部設在內地，而把指揮部設在臺灣，已經是離大清內地相當近的地方！起義的計劃和五年前的廣州起義基本相似：楊衢雲在香港籌款，鄭士良在廣東沿海收買幫會好漢，先在靠近大海邊的惠州歸善縣三洲田（今屬深圳）一帶打響，然後向西奪取廣州。在必要的時候，孫文會離開總指揮部，從臺灣冒險潛入內地，親自指揮，直到攻下廣州，建立「兩廣共和國」為止。計劃不缺，從來缺的只是錢和軍火。孫文向兒玉源太郎提出先借一筆錢，承諾革命成功後再連本帶利地歸還。兒玉方面的答覆是，建議起義打響後不要去攻廣州，而是沿著海岸線北上攻取廈門；日本在廈門設有銀行，只要攻下廈門，你們就可以動用銀行裡的資金，日本方面是不會計較的。主動讓孫文去打劫在廈門的日資銀行，用我們今天的話來說，這正是日本人的「釣魚執法」。日本在奪下臺灣之後，瞄準的就是海對岸的廈門，到時候日本人絕對不會「不計較」，而是有了出兵佔領廈門的藉口，可以向其他七位兄弟交代。孫文並不是不知道日本人以銀行為誘餌，誘使他改變原定計劃，這裡面一定包藏禍心，而且讓那些幫會分子不在家鄉兩廣活動，而去攻打福建，他們的動力一定是不大的，但是孫文沒有辦法，真的沒有辦法，哪怕明知是一個虛幻的「大餅」也要先抓住。孫文最終改變計劃：起義打響之後，攻取福建！繞來繞去，起義的錢還是沒有解決，孫文又孜孜不倦地向日本方面請求給予一點物力上的支援——軍火。當然，以日本人的精明，這也是徒勞的。沒辦法，孫文只好向同樣流亡在日本的菲律賓革命黨人彭西借，彭西同意了。現在，只要這批軍火到位，順利運到三洲田前線，起義就有了打響的可能！孫文有些興奮，他特意派宮崎寅藏去負責此事，然後給遠在前線的鄭士良方面寄去一面當年陸皓東設計的青天白日旗，作為起義軍的軍旗。所有的準備工作都在按部就班地進行。然而，世上沒有不透風的牆，使用化名的孫文和楊衢雲在臺灣、香港的活動還可以瞞過清廷密探的眼睛，但鄭士良在三洲田一帶的活動已經走漏風聲。10月8日，軍火還沒有運到，在不得已的情況下，三洲田起義提前打響！一支用錢僱傭的近600名幫會好漢組成的「雜牌軍」開始起義了。他們中的大部分人並沒有打出並不熟悉的青天白日旗，而是手扛紅旗，上面寫著「大秦國」「日月」等字樣，還有的乾脆寫著鬥大一個「鄭」字和「孫」字。士兵們頭上和腰部纏一條紅帶，褲頭上插一支紅旗子，褲腳一邊卷高，一邊放低。頭領們頭插雉雞翎，胸前掛著一個大紅繡球，都活像戲臺班子上的人物。武器就更是五花八門了，有土槍，有砍刀、梭鏢，還有鋤頭、扁擔、木棍。百姓們十分驚恐，紛紛奔走相告：不得了了，當年的紅頭賊（太平軍）又回來了！起義軍卻絕不騷擾百姓，通告老鄉們不必害怕，他們不是紅頭賊，而是「革命黨人」，居民不必閉戶，只需要在門前點一盞燈，取「反清復明」之意。同時，起義軍也絕不攻擊洋人，和北方的義和團打出「扶清滅洋」的口號不同，他們打出的是「保洋滅滿」的旗號。洋人果然沒有幹預。清軍的戰鬥力比想像中的更差，在軍火沒到位的情況下，起義軍竟然堅持了十幾天，四戰四捷，按照預定計劃向廈門挺進。不斷有老百姓跟在隊伍後面加入，最後竟然發展到了近兩萬人！鄭士良面對這個情況，不知是喜是憂。隊伍擴張，這自然是好事，但軍餉、軍火都沒有到位，為了不招致百姓們的抵抗，又不能去洗劫百姓人家，也不能洗劫洋人，義軍只有唯一的對手——清軍，但戰勝更多的清軍反過來又需要更多的軍餉和武器。鄭士良已經在急得團團轉，不斷派人向臺北指揮部裡的孫文求援。接到前線的戰報，孫文心急火燎。借來的那批軍火還是沒有運到，如果緊急從黑市購買軍火，又需要大筆資金，日本政府是絕對不會雪中送炭的。沒有辦法，孫文想到了一個人——劉學詢。10月15日，孫文派平山周緊急前往上海給劉學詢送信，希望劉學詢能夠私人出一筆錢，作為交換條件，將來起義成功後，劉學詢可以選擇當「總統」，也可以選擇直接當「皇帝」（或稱總統，或稱帝王）。孫文知道，劉學詢一直是有帝王之志的，像他這種富豪，才是真正的「財富不足以動我心」，錢對他來說只是數目而已，「皇帝」這樣的職業才具有真正的誘惑力。問題是孫文的革命是共和革命，本來就是要終結皇帝制度的，現在卻又要迎來一位皇帝。沒辦法，孫文也是病急亂投醫了。只可惜這邊的信還沒有送到，那邊鄭士良報告，起義軍無軍火無兵餉，連吃飯都是問題，已經堅持不下去了。孫文只好從指揮部派日本朋友山田良政潛往前線告訴鄭士良：兄弟你自己看著辦（司令自決進止）。接到指示，鄭士良仰天長號，下令起義軍就地解散，各自逃命，起義軍一鬨而散。在清軍的重重包圍下，不願離去的部分兵士緊跟鄭士良，沿著大海向香港方向突圍。鄭士良被手下兵士成功掩護到香港，而突圍的其他大部分人死在離香港一步之遙的海岸線上，清軍全部收復了被起義軍佔據的地方。當地老百姓撤去門前的紅燈，士紳們擺上香燭，伏地歡迎清軍。三洲田起義失敗。在這場起義中，孫文和革命黨人成功地打響了起義的第一槍，也付出了最慘痛的代價——一個個同伴即將永遠地離開孫文。