吳三桂的功過是非，歷來爭議不小。在降清之前，吳三桂的運氣一直不錯，也算是官運亨通；在背叛明朝投降清朝之後，吳三桂在一件很關鍵的事情上犯了錯誤，殺了一個不該殺的人，致使之後的三藩起義以失敗告終。
公元1673年，吳三桂殺雲南巡撫朱國治，命令手下蓄髮，易衣冠，吳三桂自稱是"周王天下都招討兵馬大元帥"，在雲南起義。三藩起義持續了8年時間，公元1681年，三藩起義以失敗告終，清廷對此的定義是：三藩之亂。
三藩起義的起因，康熙自己也要負很大一部分責任，若不是他裁撤三藩違約在先，吳三桂也不會狗急跳牆，起兵造反。要知道，當時為了讓吳三桂死心塌地賣命，清廷給了他藩王的位置，如今天下已定，就開始下手了。
可是有一點讓人十分疑惑：吳三桂起兵的時候，為何不見漢人支持？
起義初期，吳三桂的軍隊勢如破竹，當時的清軍實力已經大不如前了，可以說是不堪一擊。而起義時最讓吳三桂傷心的是，沒有多少狠人支持他，這在很大程度上導致起義失敗。我們都知道，漢人當時受滿清的壓迫已經不是一天兩天了，矛盾一直很尖銳。按理說吳三桂起義的時候，響應者不應該如此之少。
然而現實卻是很多漢人袖手旁觀，根本不搭理吳三桂。這些漢人既不支持清廷，也不支持吳三桂，只是冷眼旁觀。為什麼會出現這種局面呢？這跟吳三桂之前殺的一個人有關係。
公元1662年，緬甸將南明皇帝永曆獻給吳三桂，吳三桂那叫一個高興呀，馬上就給京城上書，在書信中，吳三桂稱雲南到北京路途遙遠，若是將永曆押送回京，恐怕路途中會再生波折，說不定永曆會被反清人士設計就走，還不如在雲南殺了算了。這個請求清廷自然是批准的，於是在公元1662年6月1日，永曆被吳三桂絞殺於雲南。
就這件事來說，吳三桂確實不太聰明，這種吃力不討好，還落個汙名的事情，別人巴不得躲得遠遠的，可吳三桂偏要撲上去。永曆再怎麼說也是南明的皇帝，清廷是巴不得將這個燙手山芋扔給吳三桂，讓吳三桂做這個惡人。
果不其然，自從永曆被吳三桂殺掉之後，這全國各地的反清人士都恨透了吳三桂。明朝遺民也徹底認清了吳三桂這個人，不再對他抱有幻想，所以當吳三桂在雲南起義時，大部分的漢人都選擇袖手旁觀。
公元1678年，吳三桂逝世，這件事對起義的打擊相當大，就在他死後的第三年，起義徹底失敗。