按照歷史記載，扁鵲應該是中醫的始祖，因為望聞問切這個被中醫奉做經典理論的診斷法就是源自扁鵲。但《史記》中卻說得非常明白，扁鵲之所以會治病，並不是因為有什麼人教會他，而是因為遇到了一位神仙給他吃了一種藥，而吃藥之後，扁鵲就有了透視眼，可以看清人的五臟六腑，而他採用的望聞問切，只是做做樣子而已。既然這樣，那日後怎麼會有人說望聞問切有效果呢？
司馬遷在描述扁鵲的來歷時，講得非常明白：扁鵲並不是天生的醫生，而是一個和醫生不相干的店小二，有一次，一位神仙來住店，扁鵲把他伺候得很舒服，於是這位神仙就給他吃了一種藥，讓他有了特異功能，成為神醫。這種說法一聽就知道是胡扯，但卻被司馬遷寫進史書。但即便拋開迷信成分，扁鵲還是一個說不清到底有沒有的人。
從名字上看，司馬遷說扁鵲原來叫秦越人，也就是說他父親是秦國人，他母親是越國人，所以他叫秦越人，但這明顯不是他的真名，因為後來醫術高超，才以黃帝時期的一位叫扁鵲的名醫作為自己的名字，所以扁鵲真名叫什麼？司馬遷不知道，那麼他又是憑什麼寫扁鵲呢？多半是糅合了當時的許多有關名醫的傳說。
這麼說是有根據的，因為司馬遷在傳記裡寫的扁鵲的事情不多，但每件事都充滿了疑問和荒誕，就拿我們最熟悉的扁鵲見蔡桓公來說，就讓人感到糊塗。
首先，蔡國是侯國，其國君應該是侯爺，也就是說，歷史上根本就沒有蔡桓公這麼個人，既然沒這麼個人，那扁鵲見的蔡桓公就不是真實的。或許有人說應該是司馬遷寫錯了，把侯寫成了公。但歷史上的蔡桓侯是在公元前714年到公元前695年，而扁鵲的生存年代雖然司馬遷沒有明說，但在扁鵲為秦國的君王秦武王看過病，這個時期是公元前407年，然後算上其他一些君王，可以延續到公元前310年，再加上蔡桓侯，這期間橫跨將近兩三百年，扁鵲即便是神醫，也不可能活這麼長吧？除非他是神仙。
扁鵲的年齡是一筆糊塗帳，身世自然也搞不清，按照扁鵲自己的說法，他有兩個哥哥，而且都是醫生，醫術都比他高明。這樣一來，扁鵲的醫學應該是家傳，和司馬遷說的吃了仙藥才會看病是兩碼事。但既然是醫學世家，那扁鵲即便不當醫生，也應該給自己的哥哥當助手幫忙，怎麼也不會去當店小二吧？
而且更神奇的是扁鵲雖然說自己醫術在兄弟三人中最差，但從典籍中看，他卻是一個全科大夫，而且每到一個地方，發現那裡的人得了什麼病，他就立馬變成專治地方病的醫生。他在趙國的時候，趙國女人地位高，他就做婦科大夫;在洛陽的時候，聽說那裡尊重老人，他就做五官科大夫，在鹹陽聽說秦國人喜歡小孩子，他就做兒科大夫。這樣的神醫技能，又證明了他的醫術不可能是學來的，只能是神仙教的。那麼，司馬遷的說法又應該是真的了？
更離奇的這樣一位神醫，最後的結局卻非常窩囊，竟然是因為有人嫉妒他而被殺死。從扁鵲的性格看，他是一位性情平和的人，這樣的人應該不會與人結仇，僅僅因為醫術高明而被競爭對手所殺，似乎說不過去。
總之，扁鵲的一切就是一個難以捉摸和解說的謎團。