1989年8月25日，阿法納西耶夫、薩哈羅夫和葉爾欽一起在莫斯科電影之家召開了第一次跨地區人民代表小組會議。「跨地區議員團的成立，成為在很大程度上決定代表大會隨後事態的重要時刻。民主派的代表是將其作為抵抗保守派，在代表大會實施自己計劃的機構考慮的。」
隨著跨地區議員團的成立，阿法納西耶夫清楚地向外界表明了自己的政治主張：改革就是蘇聯社會主義的終結。阿法納西耶夫的激進見解讓戈巴契夫大為惱火。戈巴契夫在10月15日與新聞界代表會晤時指責阿法納西耶夫、波波夫和什梅廖夫同離經叛道的最高蘇維埃共產黨代表鮑裡斯·葉爾欽一起組成了「一個爭奪權力的法西斯集團」。最終，戈巴契夫給了阿法納西耶夫「勸其退黨」的處分。
不過，阿法納西耶夫仍然堅持己見。10月20日，正在日本訪問的阿法納西耶夫第一次公開表明改革和社會主義的意識形態有其局限的觀點。在與日本共同社主持的關於蘇聯改革問題的討論會上發表講演時，阿法納西耶夫斷言蘇聯的社會主義已失去前途。他向與會者說：「改革作為歷史的現實是所謂蘇聯這個最後帝國的終結。」阿法納西耶夫全面否定蘇聯式的社會主義。他說：「應該從蘇聯的字典中刪掉共產主義一詞。」
政治形勢的日益發展，讓阿法納西耶夫政治主張更加激進和大膽。12月14日，第二次會議跨地區小組會議召開。改革派在圍繞是否創立一個共產黨的正式政治反對派問題上發生激烈爭論。建立政治反對派可能是走向建立另一個政黨的一個步驟。阿法納西耶夫明確表示：「我們贊成多黨民主制。」因此，他堅持要求建立「政治反對派」，並提議把它稱為「激進民主集團」。阿法納西耶夫聲稱：「同共產黨和政府領導人分道揚鑣的時候已經到了。」
1990年1月20-21日，來自蘇聯全國175名代表在莫斯科開會，經過兩天的討論，決定成立「民主綱領派」的組織，阿法納西耶夫入選由56人組成的協調委員會。「民主綱領派」決定，如果蘇共中央領導不接受民主改革，他們將脫離蘇聯共產黨，成立一個社會民主黨。這個組織的綱領要求蘇共作重大改革，以便使它能在一種多黨的體制下進行工作。
1990年2月4日，莫斯科20萬市民舉行了自革命勝利以來規模最大的示威，要求蘇聯領導人同非正式的民主反對派舉行公開的會談，並廢除共產黨對政權的壟斷。在許諾要清除強硬派的蘇共中央全會的前夕，莫斯科市民們高舉著要求把利加喬夫開除出政治局的標語牌示威，其中的一個標語牒上寫著「要戈巴契夫，不要利加喬夫！」的口號。示威群眾揮舞著幾乎所有加盟共和國的人民陣線的旗幟。阿法納西耶夫要求政府同代表莫斯科12個非正式政治改革團體的社會民主聯合會舉行圓桌會議。
2月25日，蘇聯首都大遊行組委會舉行新聞發布會宣布，遊行的目的是「幫助選民確定」在即將於3月4日舉行的地方人民代表蘇維埃和俄羅斯最高蘇維埃選舉中該投誰的票。集會將在花園環形路的一個區、首都重要的交通要道進行。正如阿法納西耶夫宣布的那樣，遊行示威要把所有激進情緒的人民代表聯合起來。
1990年3月12日，第三屆（非常）蘇聯人民代表大會在莫斯科舉行。阿法納西耶夫在代表大會上發言，指責列寧「把大規模實施恐怖和暴力列入國家政策的原則」。4月10日，蘇共中央委員會發表聲明，嚴厲譴責黨內「激進派」——民主綱領派——企圖分裂黨，並暗示有可能將這些「激進分子」清除出黨。4月18日，阿法納西耶夫宣布自願退出蘇共。
1991年1月16日，作為「民主俄羅斯」運動主席的阿法納西耶夫舉行記者招待會。他宣布，「民主俄羅斯」和跨地區議員團已經決定1月20日在莫斯科組織聲援立陶宛和抗議反動派進攻的示威遊行和集會。集會的基調將是反總統的，即反戈巴契夫的，主要口號之一是要求總統及其同夥下臺。此外，還要組織罷工。
1991年2月7日，阿赫羅梅耶夫元帥指出，從1990年底開始，葉爾欽、波波夫、索布恰克、阿法納西耶夫和其他人開始同蘇聯人民代表大會、蘇聯最高蘇維埃和蘇聯總統公開鬥爭。「他們同波羅的海沿岸共和國的民族主義和分立主義運動聯合在一起。」
1991年4月27日，「民主俄羅斯」提名葉爾欽為俄羅斯聯邦的當選總統候選人。儘管在此之前「民主俄羅斯」還尖銳地批評葉爾欽背叛了該運動，攻擊葉爾欽同蘇聯總統戈巴契夫籤署了一項要求結束長達8周的煤礦工人罷工的聯合聲明。
阿法納西耶夫說，由於籤署了這項聯合聲明，葉爾欽使得民主派聯合工人運動的力量反對戈巴契夫並進行富有意義的改革的努力付諸東流。但是，阿法納西耶夫承認，民主運動現在處在進退兩難的境地：儘管他們不同意這項聯合聲明，但是他們也不想表露出反對葉爾欽的意見，因為結束長達73年的共產黨統治是他們的最大願望。阿法納西耶夫說：「此時此刻，我們發現自己處在複雜的境地。我們必須支持葉爾欽。但是同時我們也必須向人民說明有關這項聲明的真相。」
1991年6月12日，葉爾欽以57.3%的選票成功當選俄羅斯歷史上第一位總統。7月10日，葉爾欽宣誓就任俄羅斯歷史上第一位總統。戈巴契夫參加了葉爾欽的宣誓儀式。「這個不僅隆重而且意味深長的儀式，大家都看出這兩位對抗4年有餘的政治家的心情有很大差別。葉爾欽處在成功的頂峰，他感到喜氣洋洋。他正在接受我們國家歷史上第一個民選總統的全權。戈巴契夫則抑鬱不歡。從表現上看，戈巴契夫當然還是蘇聯總統，俄羅斯聯邦不過是蘇聯的一個共和國而已。但選舉戈巴契夫擔任這個職務的，不是全體公民，而是蘇聯人民代表大會，而且還不是一致通過。更何況，俄羅斯不僅是蘇聯最大的共和國，而且還是蘇聯整個構造的基礎，這種構造的堅固性遭到很大的破壞。」
7月20日，俄羅斯聯邦總統葉爾欽頒布關於俄羅斯聯邦國家機關非黨化的命令。命令規定：不允許各政黨及群眾性社會運動在俄羅斯聯邦國家機關以及基層組織、委員會和其他組織機構中活動。
「八一九事變」後，戈巴契夫與葉爾欽的關係發生了戲劇性的變換。戈巴契夫成了自己的死對頭葉爾欽的政治債務人。
當戈巴契夫於1991年8月24日建議解散蘇共中央並宣布辭去總書記職務時，阿法納西耶夫孜孜以求的政治使命完成了。