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明朝皇帝世系大致上比較平穩，波折出現在三處：
第一，眾所周知，太祖四子燕王朱棣發動「靖難之役」，以藩王入主帝位，藩王以武力反抗中央還取得勝利的，在五代十國之後屬於首例，也僅此一例。從此大明皇位世系，由「太子家」轉到「燕王家」，是明朝歷史上第一次以小宗代替大宗。
第二次，明武宗無子嗣，大臣選中其堂弟世宗繼位，世宗為了給自己親父興獻王爭取「皇帝」的名分，與大臣發生「大禮議」之爭，最終獲得勝利。這是明朝第二次以小宗代替大宗。
第三次其實比較牽強，發生在崇禎煤山自縊、明朝滅亡後的南明小朝廷。其實，南明無法複製南宋半壁割據，根本原因在於明朝宗室眾多，為了皇位自相殘殺，才讓滿清鑽了空子。而南宋在「靖康之難」後，太宗一脈幾乎被一網打盡，僅剩康王趙構一棵獨苗，擁有繼位的「正統性」，這樣有利於凝聚力量，一致對外。
明朝皇帝世系的最大特徵就是——輩分名字規整分明。太祖朱元璋是一個精力旺盛，兼有「強迫症」的皇帝，他在位時就「規劃」好了大明朝之後幾百年的政治走向。表現在皇位繼承上，就是為子孫定好輩分、姓名，比如，在朱元璋制定的《皇明祖訓》中規定，「太子家」輩分是「允文遵祖訓，欽武大君勝……」，「燕王家」是「高瞻祁見祐，厚載翊常由……」，直到第20輩。
而取名按照「五行相生」的原則，即「木生火、火生土、土生金、金生水、水生木」，以此循環往復，而且取名多用生僻字，以方便避諱。因此，網上有段子說，我們能夠從明朝皇帝和宗室的名字中找到一張元素周期表。
明朝皇帝世系還有一大特點，就是皇帝普遍壽命不長。僅有太祖70歲，僅有成祖60歲，其餘大多都在30-40歲之間。其中兩個在位超過40年的皇帝（世宗、神宗）也未超過60歲。
從明太祖朱元璋開始，規定皇帝「不改元」，即正常情況下不改年號，因此明清兩代皇帝可以用年號來稱呼，故表中註明了皇帝年號。